8wcr

Cryo-EM structure of nanodisc (PE:PS:PC) reconstituted GLIC at pH 4 in open state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 130.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proton-gated ion channel

Gloeobacter violaceus

UniProt Q7NDN8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 47–358 链 B; UniProt 47–358 链 C; UniProt 47–358 链 D; UniProt 47–358 链 E; UniProt 47–358 未记录 CL CHLORIDE ION × 5 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 45 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.74 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 129 个其他 PDB 条目、135 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLIC_GLOVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–312; UniProt 47–358 作者链 B; PDB构建体 1–312; UniProt 47–358 作者链 C; PDB构建体 1–312; UniProt 47–358 作者链 D; PDB构建体 1–312; UniProt 47–358 作者链 E; PDB构建体 1–312; UniProt 47–358

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wcr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wcr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wcr
沉积日期 deposition_date2023-09-13
最后修订 last_revision2024-04-17
结构标题 titleCryo-EM structure of nanodisc (PE:PS:PC) reconstituted GLIC at pH 4 in open state
关键词 keywordspentameric ligand-gated ion channels, cis-loop, cryo-EM, nanodisc, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.28
零角强度 I(0) i0461899000.00
分子量 molecular_weight202700.0 kDa
排除体积 excluded_volume264890 ų
包络体积 envelope_volume343730 ų
水化壳体积 shell_volume71251 ų
包络直径 envelope_diameter129.9
壳层 Rg shell_rg46.57
包络 Rg envelope_rg38.69
形状 Rg shape_rg39.21
总 Rg total_rg40.04
总原子数 total_atoms14305
残基数 n_residues1560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax130.0
Rg (实空间) rg_real40.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real4.6190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal461900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8119
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.7
偏度 Skewness skewness0.319
峰度 Kurtosis kurtosis-0.320
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha60940000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)