8wiy

cryo-EM structure of alligator haemoglobin in oxy form

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 60.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wiy
沉积日期 deposition_date	2023-09-25
结构标题 title	cryo-EM structure of alligator haemoglobin in oxy form
关键词 keywords	Haemoglobin, OXYGEN BINDING; OXYGEN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.37 Å
零角强度 I(0) i0	18882300.00
分子量 molecular_weight	33641.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42295 Å³
包络体积 envelope_volume	48237 Å³
水化壳体积 shell_volume	20616 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.79 Å
包络 Rg envelope_rg	19.50 Å
形状 Rg shape_rg	19.35 Å
总 Rg total_rg	20.29 Å
总原子数 total_atoms	2373
残基数 n_residues	287
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	20.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9176
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.092
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.595
角度范围 angular_range	— – 0.3850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3373000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit alpha
分子量 formula_weight	15891.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2581

MVLSMEDKSNVKAIWGKASGHLEEYGAEALERMFCAYPQTKIYFPHFDMSHNSAQIRAHGKKVFSALHEAVNHIDDLPGALCRLSELHAHSLRVDPVNFKFLAHCVLVVFAIHHPSALSPEIHASLDKFLCAVSAVLTSKYR

Entity 2 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit beta
分子量 formula_weight	16641.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ASFDAHERKFIVDLWAKVDVAQCGADALSRMLIVYPWKRRYFEHFGKMCNAHDILHNSKVQEHGKKVLASFGEAVKHLDNIKGHFANLSKLHCEKFHVDPENFKLLGDIIIIVLAAHHPEDFSVECHAAFQKLVRQVAAALAAEYH

Entity 3 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	208

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	2.310 Å
R 因子 r_factor	0.3346
R_work r_work	0.3346
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.31 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	372582

fit	/app/data/saxs_computation/wi/8wiy/8wiy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wi/8wiy/8wiy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wi/8wiy/8wiy.dat

cryo-EM structure of alligator haemoglobin in oxy form

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)