8wms

Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wms
沉积日期 deposition_date	2023-10-04
结构标题 title	Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain
关键词 keywords	DNA methylation, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.12 Å
零角强度 I(0) i0	2814930.00
分子量 molecular_weight	10525.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12614 Å³
包络体积 envelope_volume	15274 Å³
水化壳体积 shell_volume	9802 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.5 Å
壳层 Rg shell_rg	18.95 Å
包络 Rg envelope_rg	14.70 Å
形状 Rg shape_rg	14.16 Å
总 Rg total_rg	15.00 Å
总原子数 total_atoms	707
残基数 n_residues	89
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.8 Å
Rg (实空间) rg_real	14.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4220e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2815000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7987
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.375
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.132
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	241600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.538; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.766; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
分子量 formula_weight	7762.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	708

GPSCKHCKDDVNRLCRVCACHLCGGRQDPDKQLMCDECDMAFHIYCLDPPLSSVPSEDEWYCPECRND

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified plasmid

Entity 2 polymer

描述 description	Developmental pluripotency-associated protein 3
分子量 formula_weight	4564.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRRGVRTLLSVQREKMARLRYMLLGGVRTHERRPTNKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	unidentified plasmid

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.802 Å
晶胞边长 b length_b	77.802 Å
晶胞边长 c length_c	140.674 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	43.330 Å
R 因子 r_factor	0.2346
R_work r_work	0.2329
R_free r_free	0.2664

fit	/app/data/saxs_computation/wm/8wms/8wms.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wm/8wms/8wms.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wm/8wms/8wms.dat

Crystal structure of human DPPA3 in complex with human UHRF1 PHD domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)