8wnu

ZIKV rsNS1 in complex with Fab GB5 and anti-fab nanobody

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Non-structural protein 1

Zika virus

UniProt Q32ZE1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 791–1142 链 F; UniProt 791–1142 未记录 VL × 2 VH × 2 Anti-fab nanobody × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 263 个其他 PDB 条目、302 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_ZIKV
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–352; UniProt 791–1142 作者链 F; PDB构建体 1–352; UniProt 791–1142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wnu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wnu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wnu
沉积日期 deposition_date2023-10-06
结构标题 titleZIKV rsNS1 in complex with Fab GB5 and anti-fab nanobody
关键词 keywordsantibody, flavivirus, zika, cryoEM, non structural protein 1, ns1, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.47
零角强度 I(0) i0635235000.00
分子量 molecular_weight201230.0 kDa
排除体积 excluded_volume249400 ų
包络体积 envelope_volume377870 ų
水化壳体积 shell_volume72505 ų
包络直径 envelope_diameter148.9
壳层 Rg shell_rg48.88
包络 Rg envelope_rg42.21
形状 Rg shape_rg43.45
总 Rg total_rg43.78
总原子数 total_atoms14152
残基数 n_residues1824
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.7
Rg (实空间) rg_real43.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.07
I(0) (实空间) i0_real6.3520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal635300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8972
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary51.5
偏度 Skewness skewness0.179
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha53710000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.929

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)