8x28

Crystal structure of H5 hemagglutinin from human-infecting H5N8 influenza virus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x28
沉积日期 deposition_date	2023-11-09
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	Crystal structure of H5 hemagglutinin from human-infecting H5N8 influenza virus
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.90 Å
零角强度 I(0) i0	1688480000.00
分子量 molecular_weight	334370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	414630 Å³
包络体积 envelope_volume	582160 Å³
水化壳体积 shell_volume	93627 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.4 Å
壳层 Rg shell_rg	53.95 Å
包络 Rg envelope_rg	53.36 Å
形状 Rg shape_rg	53.92 Å
总 Rg total_rg	53.85 Å
总原子数 total_atoms	23525
残基数 n_residues	2914
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1688000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8467
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.489
峰度 Kurtosis kurtosis	0.014
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	262000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.616

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	57687.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,B,E,F
原子数 atom_count	23525

DQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKTHNGKLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERANPANDLCYPGSLNDYEELKHLLSRINHFEKILIIPKSSWPNHETSLGVSAACPYQGAPSFFRNVVWLIKKNDAYPTIKISYNNTNREDLLILWGIHHSNNAEEQTNLYKNPTTYISVGTSTLNQRLVPKIATRSQVNGQRGRMDFFWTILKPDDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSGVEYGHCNTKCQTPVGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLRNSPLREKRRKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYSEEARLKREEISGVK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Baculovirus transfer vector pFASTBAC1

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.932 Å
晶胞边长 b length_b	267.380 Å
晶胞边长 c length_c	131.188 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	3.190 Å
最低分辨率 resolution_low	32.040 Å
R 因子 r_factor	0.2423
R_work r_work	0.2419
R_free r_free	0.2592

fit	/app/data/saxs_computation/x2/8x28/8x28.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x2/8x28/8x28.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x2/8x28/8x28.dat

Crystal structure of H5 hemagglutinin from human-infecting H5N8 influenza virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)