8x2c

Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 139.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x2c
沉积日期 deposition_date	2023-11-09
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus
关键词 keywords	VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.95 Å
零角强度 I(0) i0	444872000.00
分子量 molecular_weight	169200.0 kDa
排除体积 excluded_volume	210100 Å³
包络体积 envelope_volume	280370 Å³
水化壳体积 shell_volume	57285 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.2 Å
壳层 Rg shell_rg	45.40 Å
包络 Rg envelope_rg	41.64 Å
形状 Rg shape_rg	41.98 Å
总 Rg total_rg	42.02 Å
总原子数 total_atoms	11906
残基数 n_residues	1473
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	139.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	444800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8400
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.484
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.420
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.548

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin
分子量 formula_weight	57704.0 kDa
突变 mutation	A86V, T188I, H273N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	12022

DQICIGYHANNSTEQVDTIMEKNVTVTHAQDILEKTHNGKLCDLNGVKPLILKDCSVAGWLLGNPMCDEFIRVPEWSYIVERANPVNDLCYPGSLNDYEELKHLLSRINHFEKILIIPKSSWPNHETSLGVSAACPYQGAPSFFRNVVWLIKKNDAYPTIKISYNNTNREDLLILWGIHHSNNAEEQINLYKNPTTYISVGTSTLNQRLVPKIATRSQVNGQRGRMDFFWTILKPDDAIHFESNGNFIAPEYAYKIVKKGDSTIMKSGVEYGNCNTKCQTPVGAINSSMPFHNIHPLTIGECPKYVKSNKLVLATGLRNSPLREKRRKRGLFGAIAGFIEGGWQGMVDGWYGYHHSNEQGSGYAADKESTQKAIDGVTNKVNSIIDKMNTQFEAVGREFNNLERRIENLNKKMEDGFLDVWTYNAELLVLMENERTLDFHDSNVKNLYDKVRLQLRDNAKELGNGCFEFYHKCDNECMESVRNGTYDYPQYSEEARLKREEISGVK

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Baculovirus transfer vector pFASTBAC1

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.408 Å
晶胞边长 b length_b	107.033 Å
晶胞边长 c length_c	134.756 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	28.270 Å
R 因子 r_factor	0.2317
R_work r_work	0.2306
R_free r_free	0.2701

fit	/app/data/saxs_computation/x2/8x2c/8x2c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x2/8x2c/8x2c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x2/8x2c/8x2c.dat

Crystal structure of H5 hemagglutinin from swan-infecting H5N8 influenza virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction