8x9w

portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

Human alphaherpesvirus 3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	coiled-coil domain of portal × 10 Tri2A × 1 Tri2B × 1 Tri1 × 1 CVC1 × 1 Capsid vertex component 2 × 2 （P10209） Large tegument protein deneddylase × 2 （P10220）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCP_VZVD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–1387； UniProt 14–1394 作者链 C； PDB构建体 7–1387； UniProt 14–1394

Capsid vertex component 2

Human alphaherpesvirus 3

UniProt P10209

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Major capsid protein × 2 （P09245） coiled-coil domain of portal × 10 Tri2A × 1 Tri2B × 1 Tri1 × 1 CVC1 × 1 Large tegument protein deneddylase × 2 （P10220）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CVC2_HHV11
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 l； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 m； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

Large tegument protein deneddylase

Human alphaherpesvirus 3

UniProt P10220

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 20	Major capsid protein × 2 （P09245） coiled-coil domain of portal × 10 Tri2A × 1 Tri2B × 1 Tri1 × 1 CVC1 × 1 Capsid vertex component 2 × 2 （P10209）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTP_HHV11
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 n； PDB构建体 1–47； UniProt 3117–3163 作者链 o； PDB构建体 1–47； UniProt 3117–3163

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x9w
沉积日期 deposition_date	2023-12-01
结构标题 title	portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid
关键词 keywords	VZV, capsid structure, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8x9w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8x9w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8x9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	64.79 Å
Rg（电子密度）	63.79 Å
总 Rg	63.33 Å
原子数	37344
残基数	5160
排除体积	657880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8x9w__assembly_1__model_1`	eicosameric （20）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	153965.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	37344

AAAAAATESDRIAGIFNIPAGIIPTGNVLSTIEVCAHRCIFDFFKQIRSDDNSLYSAQFDILLGTYCNTLNFVRFLELGLSVACICTKFPELAYVRDGVIQFEVQQPMIARDGPHPVDQPVHNYMVKRIHKRSLSAAFAIASEALSLLSNTYVDGTEIDSSLRIRAIQQMARNLRTVLDSFERGTADQLLGVLLEKAPPLSLLSPINKFQPEGHLNRVARAALLSDLKRRVCADMFFMTRHAREPRLISAYLSDMVSCTQPSVMVSRITHTNTRGRQVDGVLVTTATLKRQLLQGILQIDDTAADVPVTYGEMVLNGANLVTALVMGKAVRSLDDVGRHLLDITDPNTLNIPSIPPQSNSDSTTAGLPVNARVPADLVIVGDKLVFLEALERRVYQATRVAYPLIGNIDITFIMPMGVFQANSMDRYTRHAGDFSTVSEQDPRQFPPQGIFFYNKDGILTQLTLRDAMGTICHSSLLDVEATLVALRQQHLDRQCYFGVYVAEGTEDTLDVQMGRFMETWADMMPHHPHWVNEHLTILQFIAPSNPRLRFELNPAFDFFVAPGDVDLPGPQRPPEAMPTVNATLRIINGNIPVPLCPISFRDCRGTQLGLGRHTMTPATIKAVKDTFEDRAYPTIFYMLEAVIHGNERNFCALLRLLTQCIRGYWEQSHRVAFVNNFHMLMYITTYLGNGELPEVCINIYRDLLQHVRALRQTITDFTIQGEGHNGETSEALNNILTDDTFIAPILWDCDALIYRDEAARDRLPAIRVSGRNGYQALHFVDMAGHNFQRRDNVLIHGRPVRGDTGQAIPITPHHDREWGILSKIYYYIVIPAFSRGSCCTMGVRYDRLYPALQAVIVPEIPADEEAPTTPEDPRHPLHAHQLVPNSLNVYFHNAHLTVDGDALLTLQELMGDMAERTTAILVSSAPDAGAATATTRNMRIYDGALYHGLIMMAYQAYDETIATGTFFYPVPVNPLFACPEHLASLRGMTNARRVLAKMVPPIPPFLGANHHATIRQPVAYHVTHSKSDFNTLTYSLLGGYFKFTPISLTHQLRTGFHPGIAFTVVRQDRFATEQLLYAERASESYFVGQIQVHHHDAIGGVNFTLTQPRAHVDLGVGYTAVCATAALRCPLTDMGNTAQNLFFSRGGVPMLHDNVTESLRRITASGGRLNPTEPLPIFGGLRPATSAGIARGQASVCEFVAMPVSTDLQYFRTACNPRGRASGMLYMGDRDADIEAIMFDHTQSDVAYTDRATLNPWASQKHSYGDRLYNGTYNLTGASPIYSPCFKFFTPAEVNTNCNTLDRLLMEAKAVASQSSTDTEYQFKRPPGSTEMTQDPCGLFQEAYPPLCSSDAAMLRTAHAGETGADEVHLAQYLIRDASPLRGCLPL

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	coiled-coil domain of portal
分子量 formula_weight	7422.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,I,J,K,L,Q,R,S,T

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tri2A
分子量 formula_weight	32225.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AMPFEIEVLLPGELSPAETSALQKCEGKIITFSTLRHRASLVDIALSSYYINGAPPDTLSLLEAYRMRFAAVITRVIPGKLLAHAIGVGTPTPGLFIQNTSPVDLCNGDYICLLPPVFGSADSIRLDSVGLEIVFPLTIPQTLMREIIAKVVARAVEDLNPDPDLNVLYYNGARLSLVADVQQLASDAAIRTLVLNLMFSINEGCLLILALIPRLLALGYVNALLQMQSVTREAAQLIHPEAPMLMRRLPIYETISSWISTSSRLGDTLGTRAILRVCVFDGPSTVHPGDRTAVIQV

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Tri2B
分子量 formula_weight	33420.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

AMPFEIEVLLPGEISPAETSALQKCEGKIITFSTLRHRASLVDIALSSYYINGAPPDTLSLLEAYRMRFAAVITRVIPGKLLAHAIGVGTPTPGLFIQNTSPVDLCNGDYICLLPPVFGSADEIRLDSVGLEIVFPLTIPQTLMREIIAKVVARAVERTAAGRTPGELPGADVICYNGRRYELETNLQHRDGSDAAIRTLVLNLMFSINEGTTLILTLITRLLVQGAHDGYVNLLIQTANCVRETGQPMPRIQDGHRRFPIYEAISSWISTSSRLGDTLGTRAILRVCVFDGPSTVHPGDRTAVIQV

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Tri1
分子量 formula_weight	32583.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

TTQLIQQVSLTDFFRPDIEHAGSTVLILRHPTDLPHLARHRAPPGRQTERLAEAWGQLLEASESGCARAYVTSLSFIAACRAEEYTDKQAAEANRTAIVSAYGCSRMGARLIRFSECLRAMVQCHVFPHRFISFFGSLLEYTIQDNLCNITAVAKGPQEAARTDKTSTRRVTANIPACVFWDVDKDLHLSADGLKHVFLVFVYTQRRQREGVRLHLALSQLNEQCFGRGIGFLLGARICMYAAYTLIGTIPSESVRYTRRMERFGGYNVPTIWLEGVVWGGTNTWNECY

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CVC1
分子量 formula_weight	59751.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MNAHLANEVQYDLGHPSSLVHVIISSECLAAAGIPLAALMRANFQVEIQTRAHATGDCTPWCTAFAAYVPADAVGELLAPVVPAHPGLLPRASSAGGLFVSLPVVCDAQGVYDPYAVAALRLAWGSGASCARVILFSYDELVPPNTRYAADSTRIMRVCRHLCRYVALLGAAAPPAAKEAAAHLSMGLPPISPEEQLTAPGGDTTAAQDVSIAQENEEILALVQRRSLVEWLDRGWEALAGGDRPDWLWSRRSISVVLRHHYGTKQRFVVVSYENSVAWGGRRARPPLLSSALATALTEACAAERVVRPHQLSPAGQAELLLRFPALEVPLRHPRPVLPPFDIAAEVAFTARIHLACLRALGQAIRAALQGGPRISQRLRYDFGPDQRAWLGEVTRRFPILLENLMRAVEGTAPDAFFHTAYALAVLAHLGGRVVPLGDDLPARFADSDGHYVFDYYSTSGDTLRLNNRPIAVAMDEQSKCRFMEAPRRVCEQYLPGESYAYLCLGFNRRLCGIVVFPGGFAFTINIAAYLSLSDPVARAAVLRFCRKVS

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Capsid vertex component 2
分子量 formula_weight	10890.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l,m

MDPYCPFDALDVWEHRRFIVADSRNFITPEFPRDFWMSPVFNLPRETAAEQVVVLQAQRTAAAAALENAAMQAAELPVDIERRLRPIERNVHEI

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Large tegument protein deneddylase
分子量 formula_weight	5500.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n,o

QRTGRSALAVLIRACYRLQQQLQRTRRALLHHSDAVLTSLHHVRMLL

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28556

portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Major capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Capsid vertex component 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large tegument protein deneddylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8x9w__assembly_1__model_1

8x9w__assembly_1__model_1 | I(q)

8x9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)