8x9w

portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 200.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8x9w
沉积日期 deposition_date	2023-12-01
结构标题 title	portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid
关键词 keywords	VZV, capsid structure, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	64.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.79 Å
零角强度 I(0) i0	4132930000.00
分子量 molecular_weight	529860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	657880 Å³
包络体积 envelope_volume	1233300 Å³
水化壳体积 shell_volume	152790 Å³
包络直径 envelope_diameter	225.1 Å
壳层 Rg shell_rg	68.20 Å
包络 Rg envelope_rg	68.50 Å
形状 Rg shape_rg	63.95 Å
总 Rg total_rg	63.33 Å
总原子数 total_atoms	37344
残基数 n_residues	5160
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	200.7 Å
Rg (实空间) rg_real	65.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1320e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	64.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4129000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6072
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.466
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.235
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha	394900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.081

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	153965.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	37344

AAAAAATESDRIAGIFNIPAGIIPTGNVLSTIEVCAHRCIFDFFKQIRSDDNSLYSAQFDILLGTYCNTLNFVRFLELGLSVACICTKFPELAYVRDGVIQFEVQQPMIARDGPHPVDQPVHNYMVKRIHKRSLSAAFAIASEALSLLSNTYVDGTEIDSSLRIRAIQQMARNLRTVLDSFERGTADQLLGVLLEKAPPLSLLSPINKFQPEGHLNRVARAALLSDLKRRVCADMFFMTRHAREPRLISAYLSDMVSCTQPSVMVSRITHTNTRGRQVDGVLVTTATLKRQLLQGILQIDDTAADVPVTYGEMVLNGANLVTALVMGKAVRSLDDVGRHLLDITDPNTLNIPSIPPQSNSDSTTAGLPVNARVPADLVIVGDKLVFLEALERRVYQATRVAYPLIGNIDITFIMPMGVFQANSMDRYTRHAGDFSTVSEQDPRQFPPQGIFFYNKDGILTQLTLRDAMGTICHSSLLDVEATLVALRQQHLDRQCYFGVYVAEGTEDTLDVQMGRFMETWADMMPHHPHWVNEHLTILQFIAPSNPRLRFELNPAFDFFVAPGDVDLPGPQRPPEAMPTVNATLRIINGNIPVPLCPISFRDCRGTQLGLGRHTMTPATIKAVKDTFEDRAYPTIFYMLEAVIHGNERNFCALLRLLTQCIRGYWEQSHRVAFVNNFHMLMYITTYLGNGELPEVCINIYRDLLQHVRALRQTITDFTIQGEGHNGETSEALNNILTDDTFIAPILWDCDALIYRDEAARDRLPAIRVSGRNGYQALHFVDMAGHNFQRRDNVLIHGRPVRGDTGQAIPITPHHDREWGILSKIYYYIVIPAFSRGSCCTMGVRYDRLYPALQAVIVPEIPADEEAPTTPEDPRHPLHAHQLVPNSLNVYFHNAHLTVDGDALLTLQELMGDMAERTTAILVSSAPDAGAATATTRNMRIYDGALYHGLIMMAYQAYDETIATGTFFYPVPVNPLFACPEHLASLRGMTNARRVLAKMVPPIPPFLGANHHATIRQPVAYHVTHSKSDFNTLTYSLLGGYFKFTPISLTHQLRTGFHPGIAFTVVRQDRFATEQLLYAERASESYFVGQIQVHHHDAIGGVNFTLTQPRAHVDLGVGYTAVCATAALRCPLTDMGNTAQNLFFSRGGVPMLHDNVTESLRRITASGGRLNPTEPLPIFGGLRPATSAGIARGQASVCEFVAMPVSTDLQYFRTACNPRGRASGMLYMGDRDADIEAIMFDHTQSDVAYTDRATLNPWASQKHSYGDRLYNGTYNLTGASPIYSPCFKFFTPAEVNTNCNTLDRLLMEAKAVASQSSTDTEYQFKRPPGSTEMTQDPCGLFQEAYPPLCSSDAAMLRTAHAGETGADEVHLAQYLIRDASPLRGCLPL

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	coiled-coil domain of portal
分子量 formula_weight	7422.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,I,J,K,L,Q,R,S,T

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Tri2A
分子量 formula_weight	32225.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

AMPFEIEVLLPGELSPAETSALQKCEGKIITFSTLRHRASLVDIALSSYYINGAPPDTLSLLEAYRMRFAAVITRVIPGKLLAHAIGVGTPTPGLFIQNTSPVDLCNGDYICLLPPVFGSADSIRLDSVGLEIVFPLTIPQTLMREIIAKVVARAVEDLNPDPDLNVLYYNGARLSLVADVQQLASDAAIRTLVLNLMFSINEGCLLILALIPRLLALGYVNALLQMQSVTREAAQLIHPEAPMLMRRLPIYETISSWISTSSRLGDTLGTRAILRVCVFDGPSTVHPGDRTAVIQV

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Tri2B
分子量 formula_weight	33420.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

AMPFEIEVLLPGEISPAETSALQKCEGKIITFSTLRHRASLVDIALSSYYINGAPPDTLSLLEAYRMRFAAVITRVIPGKLLAHAIGVGTPTPGLFIQNTSPVDLCNGDYICLLPPVFGSADEIRLDSVGLEIVFPLTIPQTLMREIIAKVVARAVERTAAGRTPGELPGADVICYNGRRYELETNLQHRDGSDAAIRTLVLNLMFSINEGTTLILTLITRLLVQGAHDGYVNLLIQTANCVRETGQPMPRIQDGHRRFPIYEAISSWISTSSRLGDTLGTRAILRVCVFDGPSTVHPGDRTAVIQV

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Tri1
分子量 formula_weight	32583.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

TTQLIQQVSLTDFFRPDIEHAGSTVLILRHPTDLPHLARHRAPPGRQTERLAEAWGQLLEASESGCARAYVTSLSFIAACRAEEYTDKQAAEANRTAIVSAYGCSRMGARLIRFSECLRAMVQCHVFPHRFISFFGSLLEYTIQDNLCNITAVAKGPQEAARTDKTSTRRVTANIPACVFWDVDKDLHLSADGLKHVFLVFVYTQRRQREGVRLHLALSQLNEQCFGRGIGFLLGARICMYAAYTLIGTIPSESVRYTRRMERFGGYNVPTIWLEGVVWGGTNTWNECY

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	CVC1
分子量 formula_weight	59751.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	k

MNAHLANEVQYDLGHPSSLVHVIISSECLAAAGIPLAALMRANFQVEIQTRAHATGDCTPWCTAFAAYVPADAVGELLAPVVPAHPGLLPRASSAGGLFVSLPVVCDAQGVYDPYAVAALRLAWGSGASCARVILFSYDELVPPNTRYAADSTRIMRVCRHLCRYVALLGAAAPPAAKEAAAHLSMGLPPISPEEQLTAPGGDTTAAQDVSIAQENEEILALVQRRSLVEWLDRGWEALAGGDRPDWLWSRRSISVVLRHHYGTKQRFVVVSYENSVAWGGRRARPPLLSSALATALTEACAAERVVRPHQLSPAGQAELLLRFPALEVPLRHPRPVLPPFDIAAEVAFTARIHLACLRALGQAIRAALQGGPRISQRLRYDFGPDQRAWLGEVTRRFPILLENLMRAVEGTAPDAFFHTAYALAVLAHLGGRVVPLGDDLPARFADSDGHYVFDYYSTSGDTLRLNNRPIAVAMDEQSKCRFMEAPRRVCEQYLPGESYAYLCLGFNRRLCGIVVFPGGFAFTINIAAYLSLSDPVARAAVLRFCRKVS

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	Capsid vertex component 2
分子量 formula_weight	10890.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l,m

MDPYCPFDALDVWEHRRFIVADSRNFITPEFPRDFWMSPVFNLPRETAAEQVVVLQAQRTAAAAALENAAMQAAELPVDIERRLRPIERNVHEI

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 polymer

描述 description	Large tegument protein deneddylase
分子量 formula_weight	5500.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12,3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n,o

QRTGRSALAVLIRACYRLQQQLQRTRRALLHHSDAVLTSLHHVRMLL

来源 Source

来源生物 organism	Human alphaherpesvirus 3
通用名 common_name	Varicella-zoster virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10335
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28556

fit	/app/data/saxs_computation/x9/8x9w/8x9w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x9/8x9w/8x9w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x9/8x9w/8x9w.dat

portal vertex capsomer of the VZV C-Capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)