8xa8

Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 166.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Bacillus

UniProt P20429

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–314 链 B； UniProt 1–314	未记录	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：c-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3GFK Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 240–314（75 aa）片段：Alpha C-terminal domain (alpha-CTD)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：UNP residues 245-314	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6WVJ Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）链 I 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Bacillus

UniProt P37871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–1199	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1199（1199 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RPOC_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

Bacillus

UniProt A0A063XGL2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–69	突变：V33I	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称	A0A063XGL2_BACIU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Bacillus

UniProt O35011

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–67	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 E 1–67（67 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–67（67 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 1–67（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_BACSU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

DNA helicase IV

Bacillus

UniProt O32215

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–774	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–774（774 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HELD_BACSU
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Bacillus

UniProt P37870

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–1193	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 1 （P12464） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LY7 B-flap domain of RNA polymerase (B. subtilis) 提交 2012-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 784–923（140 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 500 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] b-flap, 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1193（1193 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_BACSU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

Bacillus

UniProt P12464

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–173	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P20429） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P37871） DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon × 1 （A0A063XGL2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （O35011） DNA helicase IV × 1 （O32215） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （P37870） ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 8XA8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KRC Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase 提交 2009-12-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–92（91 aa）片段：residues 2-92	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；301 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1 NMR样品组成 10 mM sodium chloride-1, 50 uM sodium azide-2, 20 mM phosphate buffer-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium chloride-4, 50 uM sodium azide-5, 20 mM phosphate buffer-6, 14.29 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage-7, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium chloride-8, 50 uM sodium azide-9, 20 mM phosphate buffer-10, 5 % polyacrylamide gel-11, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M4K Solution structure of the delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis 提交 2013-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–173（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 10 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 50 uM sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92 链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 1 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC7 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with I3C and nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92 链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 2 NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 290.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
4NC8 N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase complexed with nickel ions 提交 2013-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92 链 B 2–92（91 aa）片段：UNP residues 2-92	未记录	NI NICKEL (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290.15 K；2M sodium/potassium phosphate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；290.15 K；1.8M sodium/potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.15K	分辨率 2.17 Å R-free 0.283
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 L 1–173（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOE_BACSU
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–173； UniProt 1–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xa8
沉积日期 deposition_date	2023-12-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex
关键词 keywords	complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.43 Å
零角强度 I(0) i0	2395240000.00
分子量 molecular_weight	411830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	516700 Å³
包络体积 envelope_volume	718820 Å³
水化壳体积 shell_volume	114000 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.6 Å
壳层 Rg shell_rg	57.94 Å
包络 Rg envelope_rg	49.65 Å
形状 Rg shape_rg	50.45 Å
总 Rg total_rg	50.59 Å
总原子数 total_atoms	57754
残基数 n_residues	3723
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.4 Å
Rg (实空间) rg_real	50.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2396000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8137
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.422
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	296000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	34842.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	57754

MIEIEKPKIETVEISDDAKFGKFVVEPLERGYGTTLGNSLRRILLSSLPGAAVTSIQIDGVLHEFSTIEGVVEDVTTIILHIKKLALKIYSDEEKTLEIDVQGEGTVTAADITHDSDVEILNPDLHIATLGENASFRVRLTAQRGRGYTPADANKRDDQPIGVIPIDSIYTPVSRVSYQVENTRVGQVANYDKLTLDVWTDGSTGPKEAIALGSKILTEHLNIFVGLTDEAQHAEIMVEKEEDQKEKVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAKLEELGLGLRKDD

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	134445.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNNFEYMNIGLASPDKIRSWSFGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCERIFGPTKDWECHCGKYKRVRYKGVVCDRCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVSHIWYFKGIPSRMGLVLDMSPRALEEVIYFASYVVTDPANTPLEKKQLLSEKEYRAYLDKYGNKFQASMGAEAIHKLLQDIDLVKEVDMLKEELKTSQGQRRTRAIKRLEVLEAFRNSGNKPSWMILDVLPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPSIIVQNEKRMLQEAVDALIDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSHMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPHLKMYQCGLPKEMALELFKPFVMKELVEKGLAHNIKSAKRKIERVQPEVWDVLESVIKEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPTLVEGRAIRLHPLVCTAYNADFDGDQMAVHVPLSAEAQAEARILMLAAQNILNPKDGKPVVTPSQDMVLGNYYLTLERAGAVGEGMVFKNTDEALLAYQNGYVHLHTRVAVAANSLKNVTFTEEQRSKLLITTVGKLVFNEILPESFPYMNEPTKSNIEEKTPDRFFLEKGADVKAVIAQQPINAPFKKGILGKIIAEIFKRFHITETSKMLDRMKNLGFKYSTKAGITVGVSDIVVLDDKQEILEEAQSKVDNVMKQFRRGLITEEERYERVISIWSAAKDVIQGKLMKSLDELNPIYMMSDSGARGNASNFTQLAGMRGLMANPAGRIIELPIKSSFREGLTVLEYFISTHGARKGLADTALKTADSGYLTRRLVDVAQDVIIRETDCGTDRGILAKPLKEGTETIERLEERLIGRFARKQVKHPETGEVLVNENELIDEDKALEIVEAGIEEVWIRSAFTCNTPHGVCKRCYGRNLATGSDVEVGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRIQELFEARNPKGQATITEIDGTVVEINEVRDKQQEIVVQGAVETRSYTAPYNSRLKVAEGDKITRGQVLTEGSIDPKELLKVTDLTTVQEYLLHEVQKVYRMQGVEIGDKHVEVMVRQMLRKVRVIDAGDTDVLPGTLLDIHQFTEANKKVLLEGNRPATGRPVLLGITKASLETDSFLSAASFQETTRVLTDAAIKGKRDELLGLKENVIIGKLVPAGTGMMKYRKVKPVSNVQPTDDMVPVE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
分子量 formula_weight	8277.4 kDa
突变 mutation	V33I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MIYKVFYQEKADEVPVREKTDSLYIEGVSERDIRTKLKEKKFNIEFITPVDGAFLEYEQQSENFKVLEL

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	7766.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MLDPSIDSLMNKLDSKYTLVTVSARRAREMQIKKDQMIEHTISHKYVGKALEEIDAGLLSFEKEDRE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA helicase IV
分子量 formula_weight	90052.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MNQQDKEWKEEQSRIDEVLKELEKKERFLETSAGGLKHDIIGLRKSFWEDVKVNFDDAHEAIETMASIKQQAELLSDREHNHRRMDQQLKRIHQLKKSPYFGRIDFIENGEEQAERIYIGLASCLDEKEEHFLIYDWRAPISSLYYNYSPGKAEYEVPGETIEGEMVLKRQFMIKNGTLKAMFNTDMTIGDEMLQEVLSHHSDTQMKNIVSTIQKEQNQIIRNEKSKILIVQGAAGSGKTSAALQRVAYLLYRHRGVIDAGQIVLFSPNFLFNSYVSSVLPELGEENMEQATFQEYIEHRLGRKFKCESPFDQLEYCLTETKGGDFPTRLAGITWKAGLSFQQFINEYVTRLSSEGMIFKNIIFRGQKLITKEQIQSYFYSLDQNHSIPNRMEQTAKWLLSELNKLEKKERRKDWVVHEAELLDKEDYLDVYKKLQERKRFSESTFNDYQREQQLLAAIIVKKAFKPLKQAVRLLAFLDVTQLYLQLFSGWGGKFQHEKMDAIGELTRSAFTDNKLLYEDAAPFLYMQDLIEGRKKNTKIKHLFIDEAQDYSPFQMAYMRSIFPAASMTVLGDINQSIYAHTINGDQRMDACFEDEPAEYVRLKRTYRSTRQIVEFTKAMLQDGADIEPFNRSGEMPLVVKTEGHESLCQKLAQEIGRLKKKGHETIAVICKTAHQCIQAHAHMSEYTDVRLIHKENQPFQKGVCVIPVYLAKGIEFDAVLVYDASEEHYHTEHDRRLLYTACTRAMHMLAVFYTGEASPFVTAVPPHLYQIAE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	133847.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTGQLVQYGRHRQRRSYARISEVLELPNLIEIQTSSYQWFLDEGLREMFQDISPIEDFTGNLSLEFIDYSLGEPKYPVEESKERDVTYSAPLRVKVRLINKETGEVKDQDVFMGDFPIMTDTGTFIINGAERVIVSQLVRSPSVYFSGKVDKNGKKGFTATVIPNRGAWLEYETDAKDVVYVRIDRTRKLPVTVLLRALGFGSDQEILDLIGENEYLRNTLDKDNTENSDKALLEIYERLRPGEPPTVENAKSLLDSRFFDPKRYDLANVGRYKINKKLHIKNRLFNQRLAETLVDPETGEILAEKGQILDRRTLDKVLPYLENGIGFRKLYPNGGVVEDEVTLQSIKIFAPTDQEGEQVINVIGNAYIEEEIKNITPADIISSISYFFNLLHGVGDTDDIDHLGNRRLRSVGELLQNQFRIGLSRMERVVRERMSIQDTNTITPQQLINIRPVIASIKEFFGSSQLSQFMDQTNPLAELTHKRRLSALGPGGLTRERAGMEVRDVHYSHYGRMCPIETPEGPNIGLINSLSSYAKVNRFGFIETPYRRVDPETGKVTGRIDYLTADEEDNYVVAQANARLDDEGAFIDDSIVARFRGENTVVSRNRVDYMDVSPKQVVSAATACIPFLENDDSNRALMGANMQRQAVPLMQPEAPFVGTGMEYVSGKDSGAAVICKHPGIVERVEAKNVWVRRYEEVDGQKVKGNLDKYSLLKFVRSNQGTCYNQRPIVSVGDEVVKGEILADGPSMELGELALGRNVMVGFMTWDGYNYEDAIIMSERLVKDDVYTSIHIEEYESEARDTKLGPEEITRDIPNVGEDALRNLDDRGIIRIGAEVKDGDLLVGKVTPKGVTELTAEERLLHAIFGEKAREVRDTSLRVPHGGGGIIHDVKVFNREDGDELPPGVNQLVRVYIVQKRKISEGDKMAGRHGNKGVISKILPEEDMPYLPDGTPIDIMLNPLGVPSRMNIGQVLELHMGMAARYLGIHIASPVFDGAREEDVWETLEEAGMSRDAKTVLYDGRTGEPFDNRVSVGIMYMIKLAHMVDDKLHARSTGPYSLVTQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYTLQEILTVKSDDVVGRVKTYEAIVKGDNVPEPGVPESFKVLIKELQSLGMDVKILSGDEEEIEMRDLEDEEDAKQADGLALSGDEEPEETASADVERDVVTKE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit delta
分子量 formula_weight	20417.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MGIKQYSQEELKEMALVEIAHELFEEHKKPVPFQELLNEIASLLGVKKEELGDRIAQFYTDLNIDGRFLALSDQTWGLRSWYPYDQLDEETQPTVKAKKKKAKKAVEEDLDLDEFEEIDEDDLDLDEVEEELDLEADDFDEEDLDEDDDDLEIEEDIIDEDDEDYDDEEEEIK

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	Bacillus subtilis

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.19 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	78265

fit	/app/data/saxs_computation/xa/8xa8/8xa8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xa/8xa8/8xa8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xa/8xa8/8xa8.dat

Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA helicase IV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)