8xjj

Co-crystal structure of SOS-1 and a potent, selective and orally bioavailable SOS1 inhibitor RGT-018

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 112.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Son of sevenless homolog 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 564–1149	未记录	A1LVJ 5-[4-[[(1~{R})-1-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-2-fluoranyl-phenyl]ethyl]amino]-2-methyl-6-morpholin-4-yl-7-oxidanylidene-pyrido[4,3-d]pyrimidin-8-yl]pyridine-2-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M imidazole 8.0, 6% PEG 8000	分辨率 2.10 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8XJJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AWE HUMAN SOS1 PLECKSTRIN HOMOLOGY (PH) DOMAIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-10-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 422–551（130 aa）片段：PLECKSTRIN HOMOLOG (PH) DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM KCL；压力 1	分辨率未提供
1BKD COMPLEX OF HUMAN H-RAS WITH HUMAN SOS-1 提交 1998-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 S 568–1044（477 aa）片段：RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.281
1DBH DBL AND PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAINS FROM HSOS1 提交 1998-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 198–551（354 aa）片段：DBL AND PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAINS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；5 MG/ML PROTEIN 100 MM BIS-TRIS PH 6.5 1-3% PEG6000 1 MM DTT	分辨率 2.30 Å R-free 0.269
1NVU Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1NVU Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 20 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.211
1NVV Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.18 Å R-free 0.241
1NVV Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 40 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.18 Å R-free 0.241
1NVV Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 20 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.18 Å R-free 0.241
1NVV Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-1046, including RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 10 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.18 Å R-free 0.241
1NVW Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）片段：RESIDUES 566-1046, INCLUDING RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 7 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
1NVW Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 S 566–1046（481 aa）片段：RESIDUES 566-1046, INCLUDING RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 8 PO4 PHOSPHATE ION × 56 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
1NVW Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 S 566–1046（481 aa）片段：RESIDUES 566-1046, INCLUDING RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 28 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；1.2-1.5 M phosphate, 100 mM Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
1NVX Structural evidence for feedback activation by RasGTP of the Ras-specific nucleotide exchange factor SOS 提交 2003-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）片段：residues 566-10466, including the RAS GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR FRAGMENT	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；2-8% PEG 4000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.20 Å R-free 0.261
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1Q9C Crystal Structure of the Histone domain of Son of Sevenless 提交 2003-08-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 1–191（191 aa）片段：N-terminal Histone domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350, L-proline, magnesium acetate, ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.21 Å R-free 0.292
1XD2 Crystal Structure of a ternary Ras:SOS:Ras*GDP complex 提交 2004-09-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 566–1049（484 aa）片段：residues 566-1049, including Ras guanine nucleotide exchange factor fragment	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Hepes, Na/K phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.245
1XD4 Crystal structure of the DH-PH-cat module of Son of Sevenless (SOS) 提交 2004-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 198–1049（852 aa）片段：residues 198-1049	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG200, ethylene glycol, strontium chloride, HEPES, sucrose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.64 Å R-free 0.371
1XD4 Crystal structure of the DH-PH-cat module of Son of Sevenless (SOS) 提交 2004-09-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 198–1049（852 aa）片段：residues 198-1049	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG200, ethylene glycol, strontium chloride, HEPES, sucrose, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.64 Å R-free 0.371
1XDV Experimentally Phased Structure of Human the Son of Sevenless protein at 4.1 Ang. 提交 2004-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 198–1044（847 aa）片段：residues 198-1044	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；PEG 4000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 4.10 Å R-free 0.449
1XDV Experimentally Phased Structure of Human the Son of Sevenless protein at 4.1 Ang. 提交 2004-09-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 198–1044（847 aa）片段：residues 198-1044	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；PEG 4000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 4.10 Å R-free 0.449
2II0 Crystal Structure of catalytic domain of Son of sevenless (Rem-Cdc25) in the absence of Ras 提交 2006-09-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）片段：catalytic domain, RasGEF (residues 564-1049)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG3350, 0.2M ammonium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å R-free 0.248
3KSY Crystal structure of the Histone domain, DH-PH unit, and catalytic unit of the Ras activator Son of Sevenless (SOS) 提交 2009-11-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1049（1049 aa）片段：SOS-HDPC, (UNP residues 1-1049)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；Crystals of SOS-HDPC (residues 1-1049) were grown at room temperature using hanging-drop vapor diffusion by mixing equal volumes of protein (20 mg/ml) and reservoir solutions (140-190 mM sodium thiocyanate, 14%-16% PEG 3350, and 0.1 M SPG (Succinic acid, Phosphate, Glycine) buffer [pH 6.0 or 6.5]). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.18 Å R-free 0.312
3KSY Crystal structure of the Histone domain, DH-PH unit, and catalytic unit of the Ras activator Son of Sevenless (SOS) 提交 2009-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1049（1049 aa）片段：SOS-HDPC, (UNP residues 1-1049)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；Crystals of SOS-HDPC (residues 1-1049) were grown at room temperature using hanging-drop vapor diffusion by mixing equal volumes of protein (20 mg/ml) and reservoir solutions (140-190 mM sodium thiocyanate, 14%-16% PEG 3350, and 0.1 M SPG (Succinic acid, Phosphate, Glycine) buffer [pH 6.0 or 6.5]). , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.18 Å R-free 0.312
4NYI Approach for Targeting Ras with Small Molecules that Activate SOS-Mediated Nucleotide Exchange 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 2PX N-{1-[(5-methyl-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-L-tryptophanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.96 Å R-free 0.208
4NYJ Approach for Targeting Ras with Small Molecules that Activate SOS-Mediated Nucleotide Exchange 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 2PZ N-[1-(1H-indol-3-ylmethyl)piperidin-4-yl]glycinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.85 Å R-free 0.187
4NYM Approach for Targeting Ras with Small Molecules that Activate SOS-Mediated Nucleotide Exchange 提交 2013-12-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 RND N-[1-(1H-indol-3-ylmethyl)piperidin-4-yl]-L-tryptophanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.1 M sodium acetate, 1.8 M sodium formate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.55 Å R-free 0.214
4URU The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	6W2 4-METHOXY-N-(1,3-THIAZOL-2-YL)BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.2M SODIUM FORMATE, 2% DMSO	分辨率 2.83 Å R-free 0.237
4URV The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	FMT FORMIC ACID × 2 UMK 4-(4-BROMOPHENYL)PIPERIDIN-4-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.2M SODIUM FORMATE, 2% DMSO	分辨率 2.58 Å R-free 0.232
4URW The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	DXO 2-(2,6-DIMETHYLPHENYL)-4-(METHYLSULFANYL)-6-(PIPERAZIN-1-YL)-1,3,5-TRIAZINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 3.2M SODIUM FORMATE, 2% DMSO	分辨率 2.76 Å R-free 0.230
4URX The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：RESIDUES 564-1049	未记录	FK1 6-bromo-1H-indole × 1 HXY 1-(4-bromobenzyl)pyrrolidine × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.49 Å R-free 0.227
4URY The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：RESIDUES 564-1049	未记录	RV1 N-[(4-aminophenyl)sulfonyl]cyclopropanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.47 Å R-free 0.229
4URZ The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：RESIDUES 564-1049	未记录	VJP 1-[(4-aminophenyl)sulfonyl]piperidin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.24 Å R-free 0.212
4US0 The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	NEN 1-ETHYL-PYRROLIDINE-2,5-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.17 Å R-free 0.212
4US1 The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	L71 (3S)-3-[3-(aminomethyl)phenyl]-1-ethylpyrrolidine-2,5-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.65 Å R-free 0.231
4US2 The crystal structure of H-Ras and SOS in complex with ligands 提交 2014-07-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）片段：UNP RESIDUES 564-1049	未记录	L7S 3-[(3R)-1-ethyl-2,5-dioxopyrrolidin-3-yl]benzamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
5OVD Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in new crystal form 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 23% (v/v) ethylenglycol. No cryo required as grown from ethylenglycol as precipitant	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
5OVE Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor compound 1 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 AXE 6,7-dimethoxy-~{N}-[(1~{R})-1-naphthalen-1-ylethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 25% (v/v) ethylenglycol. Protein incubated with 2 MILLIMOLAR LIGAND prior to crystallization.	分辨率 1.85 Å R-free 0.323
5OVF Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor compound 17 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	AWT 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[3-(1~{H}-pyrazol-4-yl)phenyl]ethyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 27% (v/v) ethylenglycol. Protein incubated with 2 MILLIMOLAR LIGAND prior to crystallization.	分辨率 2.01 Å R-free 0.285
5OVG Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor compound 18 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	AWZ ~{N}-[(1~{R})-1-[5-(6,7-dihydro-5~{H}-pyrrolo[1,2-a]imidazol-3-yl)thiophen-2-yl]ethyl]-6,7-dimethoxy-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 27% (v/v) ethylenglycol. Protein incubated with 2 MILLIMOLAR LIGAND prior to crystallization.	分辨率 2.30 Å R-free 0.297
5OVH Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor compound 21 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	AWW [2-[5-[(1~{R})-1-[(6,7-dimethoxy-2-methyl-5,8-dihydroquinazolin-4-yl)amino]ethyl]thiophen-2-yl]phenyl]methanol × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 23% (v/v) ethylenglycol. Protein incubated with 5 MILLIMOLAR LIGAND overnight at 277K prior to crystallization.	分辨率 2.30 Å R-free 0.330
5OVI Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with small molecule inhibitor BAY-293 (compound 23) 提交 2017-08-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	突变：Q560G, E561A, E562M, K563A	AXH 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[4-[2-(methylaminomethyl)phenyl]thiophen-2-yl]ethyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Protein concentration 30.7 mg/ml. Protein buffer 25 Millimolar TRIS-HCL PH 7.5, 50 millimolar NaCl, 1 millimolar DTT. Reservoir 0.1 M TRIS pH 8.5, 25 % (w/v) PEG 3350. CRYO BUFFER WAS RESERVOIR SUPPLEMENTED WITH 2 MILLIMOLAR INHIBITOR (FROM 100 MILLIMOLAR DMSO STOCK) AND 15 % (v/v) ETHYLENE GLYCOL	分辨率 2.20 Å R-free 0.249
5WFO Ligand-bound Ras:SOS:Ras complex 提交 2017-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5UU 6-chloranyl-~{N}-(4-fluorophenyl)-1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.188
5WFP Ligand-bound Ras:SOS:Ras complex 提交 2017-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5UX 6-chloranyl-~{N}-(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.08 Å R-free 0.203
5WFQ Ligand-bound Ras:SOS:Ras complex 提交 2017-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5UV 7-chloranyl-~{N}-(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-1,2,3,4-tetrahydroacridin-9-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.196
5WFR Ligand-bound Ras:SOS:Ras complex 提交 2017-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 5UW ~{N}-(3,3-diphenylpropyl)piperidin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.46 Å R-free 0.194
6BVI Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2017-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EC4 6-chloro-N-{1-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-L-tryptophanamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；292 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.169
6BVJ Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2017-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EAS 5-chloro-N-{1-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-L-tryptophanamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；292 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.168
6BVK Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2017-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EAV N-{1-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-6-methyl-L-tryptophanamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.179
6BVL Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2017-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EBY N-{1-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]piperidin-4-yl}-5-methyl-L-tryptophanamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.171
6BVM Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2017-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EBV (2S)-2-amino-1-[(3aR,6aS)-5-[(5-chloro-1H-indol-3-yl)methyl]hexahydropyrrolo[3,4-c]pyrrol-2(1H)-yl]-3-(1H-indol-3-yl)propan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.178
6CUO Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 FFS N~2~-(3-chlorophenyl)-N~4~-[(furan-2-yl)methyl]quinazoline-2,4-diamine × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.73 Å R-free 0.178
6CUP Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FFV N~2~-(3-chloro-4-fluorophenyl)-N~4~-[(1R)-1-cyclopropylethyl]quinazoline-2,4-diamine × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.83 Å R-free 0.174
6CUR Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FFY N~2~-(3-chloro-4-fluorophenyl)-N~4~-[(1R)-1-cyclopropylethyl]-8-(1,2,3,6-tetrahydropyridin-4-yl)quinazoline-2,4-diamine × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.73 Å R-free 0.176
6D55 Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FWA 6-chloro-2-(2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-4-(4-methylpiperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.178
6D56 Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FVM 6-chloro-2-(2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)-4-(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-1H-benzimidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.171
6D59 Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FVJ 6-chloro-4-(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 1；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.173
6D5E Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 FVG 1-[(2S)-1-{6-chloro-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazol-4-yl}pyrrolidin-2-yl]methanamine × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.174
6D5G Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 CL CHLORIDE ION × 3 FVD 6-chloro-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-4-(1,2,3,6-tetrahydropyridin-4-yl)-1H-benzimidazole × 1 GOL GLYCEROL × 3 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.92 Å R-free 0.172
6D5H Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 FV7 6-chloro-4-(2-chlorophenyl)-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 5 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
6D5J Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FV4 6-chloro-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.175
6D5L Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 FW7 6-chloro-1-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.175
6D5M Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FW4 1-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-5,6-dimethyl-2-(piperazin-1-yl)-1H-benzimidazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 2.08 Å R-free 0.194
6D5V Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FVY 1-[(3-chloro-4-fluorophenyl)methyl]-5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 2.04 Å R-free 0.186
6D5W Ras:SOS:Ras in complex with a small molecule activator 提交 2018-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 566–1046（481 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FVV 10-[(4-fluorophenyl)methyl]-2,3,4,10-tetrahydropyrimido[1,2-a]benzimidazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6EPL Ras guanine exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 563–1049（487 aa）	突变：K563G	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (11.3 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl) and reservoir solution (3.65 M sodium Formate). No cryo protectant added.	分辨率 2.55 Å R-free 0.224
6EPM Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) and fragment screening hit F1 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 563–1049（487 aa）	突变：K563G	GOL GLYCEROL × 1 BQ5 (1-phenyl-5,6-dihydro-4~{H}-cyclopenta[c]pyrazol-3-yl)methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for one day using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment	分辨率 2.50 Å R-free 0.211
6EPN Ras guanine exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) and fragment screening hit F2 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 563–1049（487 aa）	突变：G563K	GOL GLYCEROL × 1 BQ2 1-(3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)-2-oxidanyl-ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for 2.5 days using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment.	分辨率 2.50 Å R-free 0.218
6EPO RAS GUANINE EXCHANGE FACTOR SOS1 (REM-CDC25) IN COMPLEX WITH KRAS(G12C) AND FRAGMENT SCREENING HIT F3 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 563–1049（487 aa）	突变：K563G	GOL GLYCEROL × 1 BPW 3-(4-chlorophenyl)propan-1-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for two days using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment	分辨率 2.40 Å R-free 0.214
6EPP RAS GUANINE EXCHANGE FACTOR SOS1 (REM-CDC25) IN COMPLEX WITH KRAS(G12C) AND FRAGMENT SCREENING HIT F4 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 563–1049（487 aa）	突变：K563G	GOL GLYCEROL × 1 BOQ ethyl 2-(aminomethyl)-5-~{tert}-butyl-furan-3-carboxylate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for three days at 277 K using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment	分辨率 2.40 Å R-free 0.201
6F08 14-3-3 zeta in complex with the human Son of sevenless homolog 1 (SOS1) 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1155–1167（13 aa）链 Q 1155–1167（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 36% (v/v) PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.267
6F08 14-3-3 zeta in complex with the human Son of sevenless homolog 1 (SOS1) 提交 2017-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 1155–1167（13 aa）链 N 1155–1167（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 36% (v/v) PEG 300	分辨率 1.90 Å R-free 0.267
6SCM SOS1 in Complex with Inhibitor BI-3406 提交 2019-07-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 L7H ~{N}-[(1~{R})-1-[3-azanyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]-7-methoxy-2-methyl-6-[(3~{S})-oxolan-3-yl]oxy-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；13% PEG8000, 0.1M Imidazole pH=8.0	分辨率 1.87 Å R-free 0.220
6SFR SOS1 in Complex with Inhibitor BI-68BS 提交 2019-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 LBK 6,7-dimethoxy-~{N}-[(1~{R})-1-phenylethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；277 K；0.1 M Imidazole, 3% PEG8000	分辨率 1.92 Å R-free 0.245
6SFR SOS1 in Complex with Inhibitor BI-68BS 提交 2019-08-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 LBK 6,7-dimethoxy-~{N}-[(1~{R})-1-phenylethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.4；277 K；0.1 M Imidazole, 3% PEG8000	分辨率 1.92 Å R-free 0.245
6V94 Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QTV 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-methyl-4-nitro-1H-imidazole × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.172
6V9F Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 QTS 1-[(4-chlorophenyl)methyl]-1H-benzimidazol-2-amine × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.171
6V9J Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QTM 3-(2-aminoethyl)-4-(3-chloro-4-fluorophenoxy)benzene-1-sulfonamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.76 Å R-free 0.166
6V9L Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 QTJ 4-(3-chloro-4-fluorophenoxy)benzene-1-sulfonamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.70 Å R-free 0.175
6V9M Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QTG 4-fluoro-2-methyl-N-propylbenzene-1-sulfonamide × 1 FMT FORMIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.180
6V9N Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 6 QTD 4-phenoxybenzene-1-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.65 Å R-free 0.177
6V9O Expanding the Chemical Landscape of SOS1 Activators Using Fragment Based Methods 提交 2019-12-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 566–1046（481 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QTA 3-(phenylsulfonyl)benzene-1-sulfonamide × 2 FMT FORMIC ACID × 7 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate, 2.0 M sodium formate, pH 4.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.169
6Y44 14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated SOS1 peptide 提交 2020-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 1155–1167（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 8 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；28% (v/v) PEG400, 1.25% glycerol, 0.2M CaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM BME	分辨率 1.71 Å R-free 0.202
7AVI Crystal structure of SOS1 in complex with compound 2 提交 2020-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	S2Q 3-propan-2-yl-~{N}-[(1~{R})-1-(3-sulfamoylphenyl)ethyl]-[1,2]oxazolo[5,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 4000, 60 mM Tris, 2 mM DTT	分辨率 1.93 Å R-free 0.245
7AVI Crystal structure of SOS1 in complex with compound 2 提交 2020-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	S2Q 3-propan-2-yl-~{N}-[(1~{R})-1-(3-sulfamoylphenyl)ethyl]-[1,2]oxazolo[5,4-b]pyridine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 4000, 60 mM Tris, 2 mM DTT	分辨率 1.93 Å R-free 0.245
7AVL Crystal structure of SOS1 in complex with compound 4 提交 2020-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 4 S2Z 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-phenylethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 60 mM Tris, 2mM DTT	分辨率 1.72 Å R-free 0.269
7AVL Crystal structure of SOS1 in complex with compound 4 提交 2020-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 3 S2Z 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-phenylethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 60 mM Tris, 2mM DTT	分辨率 1.72 Å R-free 0.269
7AVS Crystal structure of SOS1 in complex with compound 6 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 S3Q 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 2.28 Å R-free 0.259
7AVS Crystal structure of SOS1 in complex with compound 6 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 S3Q 6,7-dimethoxy-2-methyl-~{N}-[(1~{R})-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 2.28 Å R-free 0.259
7AVT Crystal structure of SOS1 in complex with compound 7 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 S3T ~{N}-[(1~{R})-1-(3-aminophenyl)ethyl]-6,7-dimethoxy-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 1.88 Å R-free 0.252
7AVT Crystal structure of SOS1 in complex with compound 7 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 2 S3T ~{N}-[(1~{R})-1-(3-aminophenyl)ethyl]-6,7-dimethoxy-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 1.88 Å R-free 0.252
7AVU Crystal structure of SOS1 in complex with compound 8 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1 S3Z ~{N}-[(1~{R})-1-[3-azanyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]-6,7-dimethoxy-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 2.10 Å R-free 0.266
7AVU Crystal structure of SOS1 in complex with compound 8 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	S3Z ~{N}-[(1~{R})-1-[3-azanyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]-6,7-dimethoxy-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 2.10 Å R-free 0.266
7AVV Crystal structure of SOS1 in complex with compound 9 提交 2020-11-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1 S2W ~{N}-[(1~{R})-1-[3-azanyl-5-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl]-2-methyl-quinazolin-4-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；6-11 % PEG 8000, 2 mM DTT, 60 mM Tris	分辨率 2.12 Å R-free 0.240
7KFZ Structure of a ternary KRas(G13D)-SOS complex 提交 2020-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 564–1049（486 aa）片段：UNP residues 564-1049	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7UKR Crystal Structure of SOS1 with MRTX0902, a Potent and Selective Inhibitor of the SOS1:KRAS Protein-Protein Interaction 提交 2022-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	NKF 2-methyl-3-[(1R)-1-{[4-methyl-7-(morpholin-4-yl)pyrido[3,4-d]pyridazin-1-yl]amino}ethyl]benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；10% PEG 8000, 10% Ethanol, 100 mM Tris pH 8 at 8 C	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
7UKR Crystal Structure of SOS1 with MRTX0902, a Potent and Selective Inhibitor of the SOS1:KRAS Protein-Protein Interaction 提交 2022-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 564–1049（486 aa）	未记录	NKF 2-methyl-3-[(1R)-1-{[4-methyl-7-(morpholin-4-yl)pyrido[3,4-d]pyridazin-1-yl]amino}ethyl]benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；281 K；10% PEG 8000, 10% Ethanol, 100 mM Tris pH 8 at 8 C	分辨率 2.50 Å R-free 0.282
7UKS Crystal structure of SOS1 with phthalazine inhibitor bound (compound 15) 提交 2022-04-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	NL0 4-methyl-N-{(1R)-1-[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}-7-(piperazin-1-yl)phthalazin-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；281 K；5-15% PEG 8000, 5-15% Ethanol, 100 mM Tris pH 8	分辨率 2.29 Å R-free 0.275
8BE2 Crystal structure of SOS1-Nanobody77 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium sulfate 1.5 M, Tris 0.1 M pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
8BE4 Crystal structure of SOS1-KRasG12V-Nanobody14 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；14% PEG 1000, Tris 0.1 M pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.199
8BE5 Crystal structure of SOS1-KRasG12V-Nanobody22-Nanobody75 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 AAZA 564–1049（486 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, pH 5.5 and 0.2 M sodium acetate	分辨率 3.13 Å R-free 0.278
8BE6 Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic2 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0	分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8BE7 Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic3 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
8BE8 Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic4 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
8BE9 Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic5 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 FMT FORMIC ACID × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0	分辨率 2.51 Å R-free 0.229
8BEA Crystal structure of SOS1-HRas-peptidomimetic10 提交 2022-10-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 564–1049（486 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；sodium formate 3 M, Tris 100mM pH 8.0	分辨率 2.47 Å R-free 0.233
9MJL SOS1 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	A1BME 6-({(1R)-1-[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}amino)-8-(oxan-4-yl)-1,3,4,8-tetrahydropyrido[3,4-c][1,6]naphthyridin-9(2H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M imidazole, 8-18% PEG 8000	分辨率 2.62 Å R-free 0.321
9MJM SOS1 IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR 提交 2024-12-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 564–1049（486 aa）	未记录	A1BMD 2-({(1R)-1-[2-methyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]ethyl}amino)-3-(2-oxaspiro[3.3]heptan-6-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[4,3-d]pyrimidin-4(3H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M imidazole, 8% - 18% PEG 8000	分辨率 2.17 Å R-free 0.265
9QFF Structure of SOS1 in complex with compound 3 提交 2025-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 560–1049（490 aa）	未记录	A1I6H 3-[[3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2~{H}-1$l^{6},2,4-benzothiadiazine 1,1-dioxide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10-20% (w/v) PEG3350, 5% (v/v) ethanol and 100mM PCTP pH 8.0	分辨率 1.88 Å R-free 0.304

共 90 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–590； UniProt 564–1149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8xjj
沉积日期 deposition_date	2023-12-21
结构标题 title	Co-crystal structure of SOS-1 and a potent, selective and orally bioavailable SOS1 inhibitor RGT-018
关键词 keywords	SOS1, selective inhibitor, KRAS-driven cancers, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.87 Å
零角强度 I(0) i0	50244100.00
分子量 molecular_weight	56831.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71770 Å³
包络体积 envelope_volume	91994 Å³
水化壳体积 shell_volume	27650 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.37 Å
包络 Rg envelope_rg	30.43 Å
形状 Rg shape_rg	29.84 Å
总 Rg total_rg	30.41 Å
总原子数 total_atoms	4007
残基数 n_residues	473
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.8 Å
Rg (实空间) rg_real	30.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	50240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7674
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.669
峰度 Kurtosis kurtosis	0.038
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.525; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.476; Smooth: 0.920

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Son of sevenless homolog 1
分子量 formula_weight	67985.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4109

GAMAEEQMRLPSADVYRFAEPDSEENIIFEENMQPKAGIPIIKAGTVIKLIERLTYHMYADPNFVRTFLTTYRSFCKPQELLSLIIERFEIPEPEPTEADRIAIENGDQPLSAELKRFRKEYIQPVQLRVLNVCRHWVEHHFYDFERDAYLLQRMEEFIGTVRGKAMKKWVESITKIIQRKKIARDNGPGHNITFQSSPPTVEWHISRPGHIETFDLLTLHPIEIARQLTLLESDLYRAVQPSELVGSVWTKEDKEINSPNLLKMIRHTTNLTLWFEKCIVETENLEERVAVVSRIIEILQVFQELNNFNGVLEVVSAMNSSPVYRLDHTFEQIPSRQKKILEEAHELSEDHYKKYLAKLRSINPPCVPFFGIYLTNILKTEEGNPEVLKRHGKELINFSKRRKVAEITGEIQQYQNQPYCLRVESDIKRFFENLNPMGNSMEKEFTDYLFNKSLEIEPRNPKPLPRFPKKYSYPLKSPGVRPSNPRPGTMRHPTPLQQEPRKISYSRIPESETESTASAPNSPRTPLTPPPASGASSTTDVCSVFDSDHSSPFHSSNDTVFIQVTLPHGPRSASVSSISLTKGTDEVPV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;5-[4-[[(1~{R})-1-[3-[bis(fluoranyl)methyl]-2-fluoranyl-phenyl]ethyl]amino]-2-methyl-6-morpholin-4-yl-7-oxidanylidene-pyrido[4,3-d]pyrimidin-8-yl]pyridine-2-carbonitrile ;
分子量 formula_weight	535.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	97

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.760 Å
晶胞边长 b length_b	83.850 Å
晶胞边长 c length_c	179.020 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	44.800 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2198
R_free r_free	0.2639

fit	/app/data/saxs_computation/xj/8xjj/8xjj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xj/8xjj/8xjj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xj/8xjj/8xjj.dat