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8xl0

Citrate-induced filament of human acetyl-coenzyme A carboxylase 1 (ACC1-citrate)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 349.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetyl-CoA carboxylase 1

物种未注明

UniProt Q13085

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2346 链 B； UniProt 1–2346 链 C； UniProt 1–2346 链 D； UniProt 1–2346 链 E； UniProt 1–2346 链 F； UniProt 1–2346 未记录 BTN BIOTIN × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XL0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2YL2 Crystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain 提交 2011-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–617（540 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2YL2 Crystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain 提交 2011-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 78–617（540 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 C 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 D 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 F 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
6G2D Citrate-induced acetyl-CoA carboxylase (ACC-Cit) filament at 5.4 A resolution 提交 2018-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6G2H Filament of acetyl-CoA carboxylase and BRCT domains of BRCA1 (ACC-BRCT) core at 4.6 A resolution 提交 2018-03-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 E 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6G2I Filament of acetyl-CoA carboxylase and BRCT domains of BRCA1 (ACC-BRCT) at 5.9 A resolution 提交 2018-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 E 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
链 G 1–2346（2346 aa）
链 J 1–2346（2346 aa）
链 Q 1–2346（2346 aa）
链 R 1–2346（2346 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
8XKZ Core region of the citrate-induced human acetyl-CoA carboxylase 1 filament (ACC1-citrate) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 98–2337（2240 aa）
链 D 98–2337（2240 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
8XL1 Core region of the human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
未记录 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å
8XL2 Human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
未记录 ACO ACETYL COENZYME *A × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.73 Å

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACACA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 B； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 C； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 D； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 E； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 F； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xl0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xl0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xl0
沉积日期 deposition_date2023-12-25
结构标题 titleCitrate-induced filament of human acetyl-coenzyme A carboxylase 1 (ACC1-citrate)
关键词 keywordsBiotin-dependent carboxylase, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron126.30 Å
零角强度 I(0) i023793800000.00
分子量 molecular_weight1324500.0 kDa
排除体积 excluded_volume1660900 ų
包络体积 envelope_volume3222100 ų
水化壳体积 shell_volume241890 ų
包络直径 envelope_diameter444.7 Å
壳层 Rg shell_rg86.96 Å
包络 Rg envelope_rg122.20 Å
形状 Rg shape_rg126.30 Å
总 Rg total_rg125.90 Å
总原子数 total_atoms93175
残基数 n_residues11692
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax349.2 Å
Rg (实空间) rg_real117.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.23 Å
I(0) (实空间) i0_real2.2950e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7980e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal104.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal22270000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9074
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary87.3 Å
偏度 Skewness skewness0.485
峰度 Kurtosis kurtosis-0.586
角度范围 angular_range— – 0.0600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.6678
最高正则化参数 α highest_alpha566600000.0000
实空间数据点数 n_real_points13
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.940; Stabil: 0.975; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.056
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)