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8xl2

Human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 258.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetyl-CoA carboxylase 1

物种未注明

UniProt Q13085

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2346 链 B； UniProt 1–2346 链 C； UniProt 1–2346 链 D； UniProt 1–2346 未记录 ACO ACETYL COENZYME *A × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.73 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8XL2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2YL2 Crystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain 提交 2011-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 78–617（540 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
2YL2 Crystal structure of human acetyl-CoA carboxylase 1, biotin carboxylase (BC) domain 提交 2011-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 78–617（540 aa） 片段：BIOTIN CARBOXYLASE (BC) DOMAIN, RESIDUES 78-617
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 20% PEG 3350, 200 MM NA(MALONATE) PH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.241
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 N 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
3COJ Crystal Structure of the BRCT Domains of Human BRCA1 in Complex with a Phosphorylated Peptide from Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 提交 2008-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 O 1258–1270（13 aa） 片段：residues 1258-1270
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；294 K；100 mM sodium acetate (pH 4.5), 25-27% (v/v) PEG400, and 200 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 3.21 Å R-free 0.307
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 C 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 D 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4ASI Crystal structure of human ACACA C-terminal domain 提交 2012-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
链 F 1493–2260（768 aa） 片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1493-2260
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.05M NA MALONATE; 19% (W/V) PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
6G2D Citrate-induced acetyl-CoA carboxylase (ACC-Cit) filament at 5.4 A resolution 提交 2018-03-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6G2H Filament of acetyl-CoA carboxylase and BRCT domains of BRCA1 (ACC-BRCT) core at 4.6 A resolution 提交 2018-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 E 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6G2I Filament of acetyl-CoA carboxylase and BRCT domains of BRCA1 (ACC-BRCT) at 5.9 A resolution 提交 2018-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 E 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
链 G 1–2346（2346 aa）
链 J 1–2346（2346 aa）
链 Q 1–2346（2346 aa）
链 R 1–2346（2346 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
8XKZ Core region of the citrate-induced human acetyl-CoA carboxylase 1 filament (ACC1-citrate) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 98–2337（2240 aa）
链 D 98–2337（2240 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
8XL0 Citrate-induced filament of human acetyl-coenzyme A carboxylase 1 (ACC1-citrate) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
链 C 1–2346（2346 aa）
链 D 1–2346（2346 aa）
链 E 1–2346（2346 aa）
链 F 1–2346（2346 aa）
未记录 BTN BIOTIN × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.14 Å
8XL1 Core region of the human acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact) 提交 2023-12-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–2346（2346 aa）
链 B 1–2346（2346 aa）
未记录 ACO ACETYL COENZYME *A × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.57 Å

共 9 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACACA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 B； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 C； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346 作者链 D； PDB构建体 1–2346； UniProt 1–2346

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8xl2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8xl2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8xl2
沉积日期 deposition_date2023-12-25
最后修订 last_revision2024-10-23
结构标题 titleHuman acetyl-CoA carboxylase 1 filament in complex with acetyl-CoA (ACC1-inact)
关键词 keywordsBiotin-dependent carboxylase, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier91.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron94.21 Å
零角强度 I(0) i04359050000.00
分子量 molecular_weight562460.0 kDa
排除体积 excluded_volume705500 ų
包络体积 envelope_volume1199600 ų
水化壳体积 shell_volume121580 ų
包络直径 envelope_diameter331.0 Å
壳层 Rg shell_rg65.52 Å
包络 Rg envelope_rg93.74 Å
形状 Rg shape_rg94.21 Å
总 Rg total_rg93.80 Å
总原子数 total_atoms39556
残基数 n_residues4901
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax258.6 Å
Rg (实空间) rg_real85.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal83.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4255000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8714
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.8 Å
偏度 Skewness skewness0.471
峰度 Kurtosis kurtosis-0.724
角度范围 angular_range— – 0.0850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.7229
最高正则化参数 α highest_alpha162700000.0000
实空间数据点数 n_real_points18
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.822; Stabil: 0.974; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.006
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)