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4XAK
Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD
提交 2014-12-15
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
367–601(235 aa)
片段:Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
GOL GLYCEROL × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5
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分辨率 2.45 Å
R-free 0.249
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4XAK
Crystal structure of potent neutralizing antibody m336 in complex with MERS Co-V RBD
提交 2014-12-15
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 B
367–601(235 aa)
片段:Receptor-binding domain (UNP residues 367-601)
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;20% PEG 2000MME, 100 mM HEPES, pH7.5
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分辨率 2.45 Å
R-free 0.249
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4ZPT
Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1)
提交 2015-05-08
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 R
381–588(208 aa)
片段:receptor-binging domain, UNP residues 381-588
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293 K;0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000
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分辨率 2.59 Å
R-free 0.244
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4ZPT
Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 1)
提交 2015-05-08
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 S
381–588(208 aa)
片段:receptor-binging domain, UNP residues 381-588
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.5;293 K;0.1 M sodium acetate pH 5.5, 50 mM sodium chloride, 10 % PEG 400, 11 % PEG 8,000
|
分辨率 2.59 Å
R-free 0.244
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4ZPV
Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2)
提交 2015-05-08
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 R
381–588(208 aa)
片段:UNP residues 381-588
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.281
|
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4ZPV
Structure of MERS-Coronavirus Spike Receptor-binding Domain (England1 Strain) in Complex with Vaccine-Elicited Murine Neutralizing Antibody D12 (Crystal Form 2)
提交 2015-05-08
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 S
381–588(208 aa)
片段:UNP residues 381-588
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 80 mM magnesium acetate, 14.5 % PEG 8,000
|
分辨率 3.20 Å
R-free 0.281
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4ZPW
Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain).
提交 2015-05-08
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 R
381–588(208 aa)
片段:receptor-binding domain, UNP residues 381-588
|
未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500
|
分辨率 3.02 Å
R-free 0.259
|
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4ZPW
Structure of unbound MERS-CoV spike receptor-binding domain (England1 strain).
提交 2015-05-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白单体
单体;蛋白 × 1
PDB 声明:monomeric
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链 S
381–588(208 aa)
片段:receptor-binding domain, UNP residues 381-588
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2
PO4 PHOSPHATE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 10 % MPD, 29 % PEG 1,500
|
分辨率 3.02 Å
R-free 0.259
|
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6C6Y
Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain
提交 2018-01-19
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 S
381–588(208 aa)
片段:Receptor Binding Domain residues 381-588
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未记录
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SO4 SULFATE ION × 1
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.5;293 K;90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000
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分辨率 3.32 Å
R-free 0.267
|
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6C6Y
Crystal structure of Middle-East Respiratory Syndrome (MERS) coronavirus neutralizing antibody JC57-14 isolated from a vaccinated rhesus macaque in complex with MERS Receptor Binding Domain
提交 2018-01-19
|
构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 R
381–588(208 aa)
片段:Receptor Binding Domain residues 381-588
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9.5;293 K;90 mM CHES pH 9.5, 18% PEG 8,000
|
分辨率 3.32 Å
R-free 0.267
|
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7M55
B6 Fab fragment bound to the MERS-CoV spike stem helix peptide
提交 2021-03-22
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构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
1230–1244(15 aa)
片段:residues 1230-1244 of the spike glycoprotein
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未记录
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GOL GLYCEROL × 3
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.2 M Magnesium Chloride and 20% (w/v) PEG3350
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分辨率 1.40 Å
R-free 0.200
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7X27
MERS-CoV spike complex
提交 2022-02-25
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 G
19–1229(1211 aa)
链 I
19–1229(1211 aa)
链 J
19–1229(1211 aa)
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突变:H1020Q, V1060P, L1061P
突变:H1020Q, V1060P, L1061P
突变:H1020Q, V1060P, L1061P
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.49 Å
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8DGV
Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC99.103 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent
提交 2022-06-24
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
1221–1247(27 aa)
片段:stem helix domain, residues 1221-1247
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;295.15 K;19% (v/v) Isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, 5% (v/v) Glycerol, 0.095 M Sodium citrate pH 5.6
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分辨率 2.30 Å
R-free 0.249
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8DGX
Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent
提交 2022-06-24
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 C
1221–1247(27 aa)
片段:Stem helix domain, residues 1221-1247
|
未记录
|
未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293.15 K;0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5
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分辨率 2.89 Å
R-free 0.280
|
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8DGX
Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent
提交 2022-06-24
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构建体不同
聚集状态不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 2
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 D
1221–1247(27 aa)
片段:Stem helix domain, residues 1221-1247
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未记录
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未记录非水小分子
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X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293.15 K;0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5
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分辨率 2.89 Å
R-free 0.280
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8Z4O
MERS-CoV post-fusion S ectodomain trimer
提交 2024-04-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白同源多聚体
同源多聚体;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
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链 A
752–1290(539 aa)
链 B
752–1290(539 aa)
链 C
752–1290(539 aa)
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未记录
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NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.79 Å
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8Z4T
MERS-CoV S ectodomain trimer in complex with receptor DPP4-750E
提交 2024-04-17
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构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 5
PDB 声明:pentameric
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链 A
19–1224(1206 aa)
链 B
19–1224(1206 aa)
链 C
19–1224(1206 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.93 Å
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9IXV
Cryo-EM structure of MERS-CoV S1-NTD bound with KNIH-88 Fab
提交 2024-07-29
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构建体不同
聚集状态不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白异源复合物
异源复合物;蛋白 × 3
PDB 声明:trimeric
|
链 A
1–350(350 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.11 Å
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