8yaa

Cryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 12	MDIS1-interacting receptor like kinase 2 × 1 （Q8VZG8） Serine rich endogenous peptide 12 × 1 （B3H7I1） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BAK1_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–177； UniProt 26–202

MDIS1-interacting receptor like kinase 2

Arabidopsis thaliana

UniProt Q8VZG8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 12	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 × 1 （Q94F62） Serine rich endogenous peptide 12 × 1 （B3H7I1） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MIK2_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–654； UniProt 43–696

Serine rich endogenous peptide 12

物种未注明

UniProt B3H7I1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 12	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1 × 1 （Q94F62） MDIS1-interacting receptor like kinase 2 × 1 （Q8VZG8） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SOP12_ARATH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 52–64

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yaa
沉积日期 deposition_date	2024-02-08
结构标题 title	Cryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1
关键词 keywords	LRR-RLK, SERK, MIK2, SCOOP, BAK1, PLANT PROTEIN, TRANSFERASE, PLANT PROTEIN complex, TRANSFERASE-PLANT PROTEIN complex; TRANSFERASE/PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8yaa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8yaa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

8yaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.18 Å
Rg（电子密度）	34.68 Å
总 Rg	35.14 Å
原子数	6985
残基数	844
排除体积	124460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`8yaa__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1
分子量 formula_weight	19160.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	6985

NAEGDALSALKNSLADPNKVLQSWDATLVTPCTWFHVTCNSDNSVTRVDLGNANLSGQLVMQLGQLPNLQYLELYSNNITGTIPEQLGNLTELVSLDLYLNNLSGPIPSTLGRLKKLRFLRLNNNSLSGEIPRSLTAVLTLQVLDLSNNPLTGDIPVNGSFSLFTPISFANTKLTPL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MDIS1-interacting receptor like kinase 2
分子量 formula_weight	71858.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

AVSATVEEANALLKWKSTFTNQTSSSKLSSWVNPNTSSFCTSWYGVACSLGSIIRLNLTNTGIEGTFEDFPFSSLPNLTFVDLSMNRFSGTISPLWGRFSKLEYFDLSINQLVGEIPPELGDLSNLDTLHLVENKLNGSIPSEIGRLTKVTEIAIYDNLLTGPIPSSFGNLTKLVNLYLFINSLSGSIPSEIGNLPNLRELCLDRNNLTGKIPSSFGNLKNVTLLNMFENQLSGEIPPEIGNMTALDTLSLHTNKLTGPIPSTLGNIKTLAVLHLYLNQLNGSIPPELGEMESMIDLEISENKLTGPVPDSFGKLTALEWLFLRDNQLSGPIPPGIANSTELTVLQLDTNNFTGFLPDTICRGGKLENLTLDDNHFEGPVPKSLRDCKSLIRVRFKGNSFSGDISEAFGVYPTLNFIDLSNNNFHGQLSANWEQSQKLVAFILSNNSITGAIPPEIWNMTQLSQLDLSSNRITGELPESISNINRISKLQLNGNRLSGKIPSGIRLLTNLEYLDLSSNRFSSEIPPTLNNLPRLYYMNLSRNDLDQTIPEGLTKLSQLQMLDLSYNQLDGEISSQFRSLQNLERLDLSHNNLSGQIPPSFKDMLALTHVDVSHNNLQGPIPDNAAFRNAPPDAFEGNKDLCGSVNTTQGLKPCS

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Serine rich endogenous peptide 12
分子量 formula_weight	1318.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PVRSSQSSQAGGR

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.340 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.34 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	319127

Cryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MDIS1-interacting receptor like kinase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Serine rich endogenous peptide 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8yaa__assembly_1__model_1

8yaa__assembly_1__model_1 | I(q)

8yaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of MIK2-SCOOP12-BAK1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 1-associated receptor kinase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MDIS1-interacting receptor like kinase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Serine rich endogenous peptide 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

8yaa__assembly_1__model_1

8yaa__assembly_1__model_1 | I(q)

8yaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)