8yer

Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 4

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 184.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yer
沉积日期 deposition_date	2024-02-23
最后修订 last_revision	2025-02-26
结构标题 title	Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 4
关键词 keywords	Inhibitor, complex, tubulin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.75 Å
零角强度 I(0) i0	1793130000.00
分子量 molecular_weight	231460.0 kDa
排除体积 excluded_volume	222280 Å³
包络体积 envelope_volume	413990 Å³
水化壳体积 shell_volume	66453 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.59 Å
包络 Rg envelope_rg	56.94 Å
形状 Rg shape_rg	56.75 Å
总 Rg total_rg	56.62 Å
总原子数 total_atoms	17484
残基数 n_residues	2178
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.7 Å
Rg (实空间) rg_real	56.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7930e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1789000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7214
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	39.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.552
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.568
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	78410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.573; Smooth: 0.013

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	48966.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	17484

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSV

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	48391.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEATGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVMPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDSKNMMAACDPRHGRYLTVAAIFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAD

来源 Source

来源生物 organism	Sus scrofa
通用名 common_name	pig
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9823
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Stathmin-4
分子量 formula_weight	16844.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MADMEVIELNKCTSGQSFEVILKPPSFDGVPEFNASLPRRRDPSLEEIQKKLEAAEERRKYQEAELLKHLAEKREHEREVIQKAIEENNNFIKMAKEKLAQKMESNKENREAHLAAMLERLQEKDKHAEEVRKNKELKEEASR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin--tyrosine ligase
分子量 formula_weight	43825.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MYTFVVRDENSSVYAEVSRLLLATGQWKRLRKDNPRFNLMLGERNRLPFGRLGHEPGLVQLVNYYRGADKLCRKASLVKLIKTSPELSESCTWFPESYVIYPTNLKTPVAPAQNGIRHLINNTRTDEREVFLAAYNRRREGREGNVWIAKSSAGAKGEGILISSEASELLDFIDEQGQVHVIQKYLEKPLLLEPGHRKFDIRSWVLVDHLYNIYLYREGVLRTSSEPYNSANFQDKTCHLTNHCIQKEYSKNYGRYEEGNEMFFEEFNQYLMDALNTTLENSILLQIKHIIRSCLMCIEPAISTKHLHYQSFQLFGFDFMVDEELKVWLIEVNGAPACAQKLYAELCQGIVDVAISSVFPLADTGQKTSQPTSIFIKLHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	6-fluoranyl-4-(6-methoxy-3,4-dihydro-2~{H}-quinolin-1-yl)-~{N}-methyl-quinazolin-2-amine
分子量 formula_weight	338.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 11 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.150 Å
晶胞边长 b length_b	157.260 Å
晶胞边长 c length_c	181.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.710 Å
最低分辨率 resolution_low	39.700 Å
R 因子 r_factor	0.2239
R_work r_work	0.2224
R_free r_free	0.2859

fit	/app/data/saxs_computation/ye/8yer/8yer.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ye/8yer/8yer.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ye/8yer/8yer.dat

Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)