SAXSdb — 8yn1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yn1
沉积日期 deposition_date	2024-03-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of NRG1A(LRR) in complex with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)
关键词 keywords	Plant immunity, ETI, NRG1A, EDS1, SAG101, ADPr-ATP, PLANT PROTEIN, PLANT PROTEIN-HYDROLASE complex; PLANT PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.53 Å
零角强度 I(0) i0	438133000.00
分子量 molecular_weight	173240.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217710 Å³
包络体积 envelope_volume	292910 Å³
水化壳体积 shell_volume	60684 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.7 Å
壳层 Rg shell_rg	45.70 Å
包络 Rg envelope_rg	39.97 Å
形状 Rg shape_rg	40.55 Å
总 Rg total_rg	40.75 Å
总原子数 total_atoms	12186
残基数 n_residues	1495
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	438100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8776
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.350
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	178300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.843

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein EDS1
分子量 formula_weight	70716.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12186

AFEALTGINGDLITRSWSASKQAYLTERYHKEEAGAVVIFAFQPSFSEKDFFDPDNKSSFGEIKLNRVQFPCMRKIGKGDVATVNEAFLKNLEAIIDPRTSFQASVEMAVRSRKQIVFTGHSSGGATAILATVWYLEKYFIRNPNVYLEPRCVTFGAPLVGDSIFSHALGREKWSRFFVNFVSRFDIVPRIMLARKASVEETLPHVLAQLDPRKSSVQESEQRITEFYTRVMRDTSTVANQAVCELTGSAEAFLETLSSFLELSPYRPAGTFVFSTEKRLVAVNNSDAILQMLFYTSQASDEQEWSLIPFRSIRDHHSYEELVQSMGKKLFNHLDGENSIESTLNDLGVSTRGRQYVQAALEEEKKRVENQKKIIQVIEQERFLKKLAWIEDEYKPKCQAHKNGYYDSFKVSNEENDFKANVKRAELAGVFDEVLGLMKKCQLPDEFEGDIDWIKLATRYRRLVEPLDIANYHRHLKNEDTGPYMKRGRPTRYIYAQRGYEHYILKPNGMIAEDVFWNKVNGLNLGLQLEEIQETLKNSGSECGSCFWAEVEELKGKPYEEVEVRVKTLEGMLGEWITDGEVDDKEIFLEGSTFRKWWITLPKNHKSHSPLRDY

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Senescence-associated carboxylesterase 101
分子量 formula_weight	61677.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SSSSLKGSALGKLVVTSGLLHSSWSKILEIHNPPYSNHDPGLQVSKKKKDSGLEFQIHREEKFTLVVFSAPPICRSSSSDSTLLHVKDKENPFPFLCSENNPSFSLHTPAFNLFTSASTSLTYLKSELLQTLKSEKPVIITGAALGGSVASLYTLWLLETIEPTLKRPLCITFGSPLIGDASLQQILENSVRNSCFLHVVSAQTRIKMDFFKPFGTFLICFDSGCVCIEDHVAVTELLNGVHDSGLVDYSQVLNRLDQSMLSLADSRLIPEDVIKGIEKRAEMKNLRFDMMFKKLNDMKISMAYIEWYKKKCKEVKIGYYDRFKTQLAFPSKEFDINIKNHHKSELNRFWKSVVEEVERRPQSDASILKRRFLFSGNNYRRMIEPLDIAEYYLEGRKEYRTTGRSHHYVMLEKWFGMESILIEKERCKKRDLSDLLTFDSCFWAEVEDSLIVINQLNTTVGMRDDVREVLTRKLVEFEGYVWEIITKREVSPEIFLEESSFMKWWKEYKKIKGFNSSYLTEFMNTRKYESYGK

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Probable disease resistance protein At5g66900
分子量 formula_weight	46461.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SFDALDPNLKECFLDMGSFLEDQKIRASVIIDMWVELYGKGSSILYMYLEDLASQNLLKLVPLGTNEHEDGFYNDFLVTQHDILRELAICQSEFKENLERKRLNLEILENTFPDWCLNTINASLLSISTDDLFSSKWLEMDCPNVEALVLNLSSSDYALPSFISGMKKLKVLTITNHGFYPARLSNFSCLSSLPNLKRIRLEKVSITLLDIPQLQLSSLKKLSLVMCSFGEVFYDTEDIVVSNALSKLQEIDIDYCYDLDELPYWISEIVSLKTLSITNCNKLSQLPEAIGNLSRLEVLRLCSSMNLSELPEATEGLSNLRFLDISHCLGLRKLPQEIGKLQNLKKISMRKCSGCELPESVTNLENLEVKCDEETGLLWERLKPKMRNLRVQEEEIEHNLNLLQMF

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.09 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	275262

fit	/app/data/saxs_computation/yn/8yn1/8yn1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yn/8yn1/8yn1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yn/8yn1/8yn1.dat

Cryo-EM structure of NRG1A(LRR) in complex with EDS1-SAG101-(ADPr-ATP)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)