SAXSdb — 8yo4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yo4
沉积日期 deposition_date	2024-03-12
结构标题 title	structure of phage T4 topoisomerase II central domain bound with DNA
关键词 keywords	topoisomerase II, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.77 Å
零角强度 I(0) i0	530803000.00
分子量 molecular_weight	181030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	223760 Å³
包络体积 envelope_volume	311920 Å³
水化壳体积 shell_volume	66029 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.7 Å
壳层 Rg shell_rg	45.09 Å
包络 Rg envelope_rg	38.73 Å
形状 Rg shape_rg	38.75 Å
总 Rg total_rg	39.19 Å
总原子数 total_atoms	12698
残基数 n_residues	1500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.2 Å
Rg (实空间) rg_real	38.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2030e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	530900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9025
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.198
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.957

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase medium subunit
分子量 formula_weight	51952.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12698

MQLNNRDLKSIIDNEALAYAMYTVENRAIPNMIDGFKPVQRFVIARALDLARGNKDKFHKLASIAGGVADLGYHHGENSAQDAGALMANTWNNNFPLLDGQGNFGSRTVQKAAASRYIFARVSKNFYNVYKDTEYAPVHQDKEHIPPAFYLPIIPTVLLNGVSGIATGYATYILPHSVSSVKKAVLQALQGKKVTKPKVEFPEFRGEVVEIDGQYEIRGTYKFTSRTQMHITEIPYKYDRETYVSKILDPLENKGFITWDDACGEHGFGFKVKFRKEYSLSDNEEERHAKIMKDFGLIERRSQNITVINEKGKLQVYDNVVDLIKDFVEVRKTYVQKRIDNKIKETESAFRLAFAKAHFIKKVISGEIVVQGKTRKELTEELSKIDMYSSYVDKLVGMNIFHMTSDEAKKLAEEAKAKKEENEYWKTTDVVTEYTKDLEEIKHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	phage T4 topoisomerase II gp39-gp60 subunit
分子量 formula_weight	77524.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MIKNEIKILSDIEHIKKRSGMYIGSSANETHERFMFGKWESVQYVPGLVKLIDEIIDNSVDEGIRTKFKFANKINVTIKNNQVTVEDNGRGIPQAMVKTPTGEEIPGPVAAWTIPKAGGNFGDDKERVTGGMNGVGSSLTNIFSVMFVGETGDGQNNIVVRCSNGMENKSWEDIPGKWKGTRVTFIPDFMSFETNELSQVYLDITLDRLQTLAVVYPDIQFTFNGKKVQGNFKKYARQYDEHAIVQEQENCSIAVGRSPDGFRQLTYVNNIHTKNGGHHIDCAMDDICEDLIPQIKRKFKIDVTKARVKECLTIVMFVRDMKNMRLIRQTKERLTSPFGEIRSHIQLDAKKISRDILNNEAILMPIIEAALARKLAAEKAAETKAAKKASKAKVHKHIKANLCGKDADTTLFLTEGDSAIGYLIDVRDKELHGGYPLRGKVLNSWGMSYADMLKNKELFDICAITGLVLGEKAFEEKEDGEWFTFELNGDTIIVNENDEVQINGKWITVGELRKNLMKFVKIDSSSVDMKKYKLQNNVRRSIKSSSMNYANVAIMTDADHDGLGSIYPSLLGFFSNWPELFEQGRIRFVKTPVIIAQVGKKQEWFYTVAEYESAKDALPKHSIRYIKGLGSLEKSEYREMIQNPVYDVVKLPENWKELFEMLMGDNADLRKEWMSQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPTPGPTPGPTPAPTPAPTPAPTPAPCPAPCPAPTPAPTPAPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	16058.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATGCATATATATGTATATGTATGTGTGTATATATACACATATATATATATAT

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPAPTPAPTPGPTPGPTPAPTPAPTPAPTPAPCPAPCPAPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	15965.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATATATATATATATGTGTATATATACACACATACATATACATATATATGCAT

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	269648

fit	/app/data/saxs_computation/yo/8yo4/8yo4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yo/8yo4/8yo4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yo/8yo4/8yo4.dat

structure of phage T4 topoisomerase II central domain bound with DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)