SAXSdb — 8yw1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yw1
沉积日期 deposition_date	2024-03-29
结构标题 title	Semliki Forest virus viron in complex with VLDLR
关键词 keywords	Semliki Forest virus, VLDLR, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	94.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	94.17 Å
零角强度 I(0) i0	13406800000.00
分子量 molecular_weight	966270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1200500 Å³
包络体积 envelope_volume	2505500 Å³
水化壳体积 shell_volume	227380 Å³
包络直径 envelope_diameter	316.0 Å
壳层 Rg shell_rg	87.50 Å
包络 Rg envelope_rg	88.09 Å
形状 Rg shape_rg	94.12 Å
总 Rg total_rg	94.30 Å
总原子数 total_atoms	67744
残基数 n_residues	8673
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	242.6 Å
Rg (实空间) rg_real	90.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2880e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1340e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	93.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13370000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9175
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	106.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.169
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.657
角度范围 angular_range	— – 0.0800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5185
最高正则化参数 α highest_alpha	722100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	17
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.977; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	47489.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,G,H,E,U,V,W
原子数 atom_count	67744

YEHSTVMPNVVGFPYKAHIERPGYSPLTLQMQVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPYVKCCGASECSTKEKPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCRHDHASAYKAHTASLKAKVRVMYGNVNQTVDVYVNGDHAVTIGGTQFIFGPLSSAWTPFDNKIVVYKDEVFNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESNDLYANTALKLARPSPGMVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGTALNTKAPFGCQIKTNPVRAMNCAVGNIPVSMNLPDSAFTRIVEAPTIIDLTCTVATCTHSSDFGGVLTLTYKTDKNGDCSVHSHSNVATLQEATAKVKTAGKVTLHFSTASASPSFVVSLCSARATCSASCEPPKDHIVPYAASHSNVVFPDMSGTALSWVQKISGGLGAFAIGAILVLVVVTCIGLRR

Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46468.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I,J,K,R,X,Y,Z

HFNVYKATRPYIAYCADCGAGHSCHSPVAIEAVRSEATDGMLKIQFSAQIGIDKSDNHDYTKIRYADGHAIENAVRSSLKVATSGDCFVHGTMGHFILAKCPPGEFLQVSIQDTRNAVRACRIQYHHDPQPVGREKFTIRPHYGKEIPCTTYQQTTAKTVEEIDMHMPPDTPDRTLLSQQSGNVKITVGGKKVKYNCTCGTGNVGTTNSDMTINTCLIEQCHVSVTDHKKWQFNSPFVPRADEPARKGKVHIPFPLDNITCRVPMAREPTVIHGKREVTLHLHPDHPTLFSYRTLGEDPQYHEEWVTAAVERTIPVPVDGMEYHWGNNDPVRLWSQLTTEGKPHGWPHQIVQYYYGLYPAATVSAVVGMSLLALISIFASCYMLVAARSKCLTPYALTPGAAVPWTLGILCCAPRAHA

Entity 3 polymer

描述 description	Very low-density lipoprotein receptor
分子量 formula_weight	13075.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

RTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENCGNITCSPDEFTCSSGRCISRNFVCNGQDDCSDGSDELDCAPPTCGAHEFQCSTSSCIPISWVCDDDADCSDQSDESLEQCGR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	capsid protein, partial
分子量 formula_weight	17791.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,O,P,Q,T,d,e,f

KRERMCMKIENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW

Entity 5 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E3
分子量 formula_weight	5848.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,N,S,a,b,c,g

MCVLANATFPCFQPPCVPCCYENNAEATLRMLEDNVDRPGYYDLLQAALTCR

Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	44701

fit	/app/data/saxs_computation/yw/8yw1/8yw1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yw/8yw1/8yw1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yw/8yw1/8yw1.dat

Semliki Forest virus viron in complex with VLDLR

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)