SAXSdb — 1v9u

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1v9u
沉积日期 deposition_date	2004-02-03
结构标题 title	Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein
关键词 keywords	human rhinovirus, VLDL-receptor, virus-protein complex, Icosahedral virus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.97 Å
零角强度 I(0) i0	137703000.00
分子量 molecular_weight	91685.0 kDa
排除体积 excluded_volume	114080 Å³
包络体积 envelope_volume	148760 Å³
水化壳体积 shell_volume	40373 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.2 Å
壳层 Rg shell_rg	37.36 Å
包络 Rg envelope_rg	32.19 Å
形状 Rg shape_rg	30.92 Å
总 Rg total_rg	31.70 Å
总原子数 total_atoms	6451
残基数 n_residues	820
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6276
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.570
峰度 Kurtosis kurtosis	0.126
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.720; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.840

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Coat protein VP1
分子量 formula_weight	32924.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6451

NPVENYIDEVLNEVLVVPNINSSNPTTSNSAPALDAAETGHTSSVQPEDVIETRYVQTSQTRDEMSLESFLGRSGCIHESKLEVTLANYNKENFTVWAINLQEMAQIRRKFELFTYTRFDSEITLVPCISALSQDIGHITMQYMYVPPGAPVPNSRDDYAWQSGTNASVFWQHGQAYPRFSLPFLSVASAYYMFYDGYDEQDQNYGTANTNNMGSLCSRIVTEKHIHKVHIMTRIYHKAKHVKAWCPRPPRALEYTRAHRTNFKIEDRSIQTAIVTRPIITTAGPSDMY

Entity 2 polymer

描述 description	Coat protein VP2
分子量 formula_weight	29009.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPTVEACGYSDRIIQITRGDSTITSQDVANAIVAYGVWPHYLSSKDASAIDKPSQPDTSSNRFYTLRSVTWSSSSKGWWWKLPDALKDMGIFGENMFYHYLGRSGYTIHVQCNASKFHQGTLIVALIPEHQIASALHGNVNVGYNYTHPGETGREVKAETRLNPDLQPTEEYWLNFDGTLLGNITIFPHQFINLRSNNSATIIAPYVNAVPMDSMRSHNNWSLVIIPICPLETSSAINTIPITISISPMCAEFSGARAKRQ

Entity 3 polymer

描述 description	Coat protein VP3
分子量 formula_weight	26107.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVFITPGSGQFLTTDDFQSPCALPWYHPTKEISIPGEVKNLVEICQVDSLVPINNTDTYINSENMYSVVLQSSINAPDKIFSIRTDVASQPLATTLIGEISSYFTHWTGSLRFSFMFCGTANTTVKLLLAYTPPGIAEPTTRKDAMLGTHVIWDVGLQSTISMVVPWISASHYRNTSPGRSTSGYITCWYQTRLVIPPQTPPTARLLCFVSGCKDFCLRMARDTNLHLQSGAIAQ

Entity 4 polymer

描述 description	Coat protein VP4
分子量 formula_weight	7357.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSRQNVGTHSTQNSVSNGSSLNYFNINYFKDAASNGASKLEFTQDPSKFTDPVKDVLEKGIPTLQ

Entity 5 polymer

描述 description	LDL-receptor class A 3
分子量 formula_weight	4532.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5

RTCRIHEISCGAHSTQCIPVSWRCDGENDCDSGEDEENCGN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	LAURIC ACID
分子量 formula_weight	200.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1v9u.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1v9u1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1v9u3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1v9u5_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.12 — LDL receptor-like module
超家族 Superfamily superfamily	g.12.1 — LDL receptor-like module
家族 Family family	g.12.1.1 — LDL receptor-like module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1v9u100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v9u200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1v9u300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	313.100 Å
晶胞边长 b length_b	348.790 Å
晶胞边长 c length_c	380.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 21 2 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2850
R_free r_free	0.2950

fit	/app/data/saxs_computation/v9/1v9u/1v9u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v9/1v9u/1v9u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v9/1v9u/1v9u.dat

Human Rhinovirus 2 bound to a fragment of its cellular receptor protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)