8yw6

Cryo-EM structure of apo human mitochondrial pyruvate carrier in the IMS-open conformation at pH 8.0

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 101.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mitochondrial pyruvate carrier 2

Homo sapiens

UniProt O95563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–127 未记录 MPC specific nanobody 1 × 1 Mitochondrial pyruvate carrier 1 × 1 (Q9Y5U8) PC8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MPC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–127; UniProt 1–127

Mitochondrial pyruvate carrier 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y5U8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–109 未记录 Mitochondrial pyruvate carrier 2 × 1 (O95563) MPC specific nanobody 1 × 1 PC8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CDL CARDIOLIPIN × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.18 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MPC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8yw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8yw6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8yw6
沉积日期 deposition_date2024-03-29
结构标题 titleCryo-EM structure of apo human mitochondrial pyruvate carrier in the IMS-open conformation at pH 8.0
关键词 keywordsmitochondrial pyruvate carrier, MPC, pyruvate transport, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.17
零角强度 I(0) i023620300.00
分子量 molecular_weight39064.0 kDa
排除体积 excluded_volume49680 ų
包络体积 envelope_volume62981 ų
水化壳体积 shell_volume21211 ų
包络直径 envelope_diameter105.1
壳层 Rg shell_rg31.53
包络 Rg envelope_rg27.83
形状 Rg shape_rg27.15
总 Rg total_rg27.77
总原子数 total_atoms2747
残基数 n_residues333
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.3
Rg (实空间) rg_real28.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.40
I(0) (实空间) i0_real2.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9150e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23620000.0000
解质量估计 total_estimate0.7999
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.486
峰度 Kurtosis kurtosis-0.415
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3020000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.449; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)