9giw

Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by zaprinast

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 96.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9giw
沉积日期 deposition_date	2024-08-19
结构标题 title	Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by zaprinast
关键词 keywords	transporter SLC54 pyruvate UK5099-derivative, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.48 Å
零角强度 I(0) i0	43944300.00
分子量 molecular_weight	35063.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34244 Å³
包络体积 envelope_volume	60967 Å³
水化壳体积 shell_volume	21186 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.78 Å
包络 Rg envelope_rg	26.46 Å
形状 Rg shape_rg	26.46 Å
总 Rg total_rg	26.88 Å
总原子数 total_atoms	2661
残基数 n_residues	333
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.2 Å
Rg (实空间) rg_real	26.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7896
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.554
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.286
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5085000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.642; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.437; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial pyruvate carrier 1-like protein
分子量 formula_weight	15155.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2661

MARMAVLWRKMRDNFQSKEFREYVSSTHFWGPAFSWGLPLAAFKDMKASPEIISGRMTTALILYSAIFMRFAYRVQPRNLLLMACHCTNVMAQSVQASRYLLYYYGGGGAEAKARDPPATAAAATSPGSQPPKQAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial pyruvate carrier 2
分子量 formula_weight	15093.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSAAGARGLRATYHRLLDKVELMLPEKLRPLYNHPAGPRTVFFWAPIMKWGLVCAGLADMARPAEKLSTAQSAVLMATGFIWSRYSLVIIPKNWSLFAVNFFVGAAGASQLFRIWRYNQELKAKAHKENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 3 polymer

描述 description	Nanobody,Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
分子量 formula_weight	56307.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPSQVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRTFSAYGISTYTMGWFRQAPGKEREFVAAIGRDSGFTYYEDSVKGRFTINADNAENTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAASSYYGRPNVDLMAYWGKGTQVTVPPLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTPGSPDAAIEGRTSEDAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli MC1061

Entity 4 non-polymer

描述 description	5-(2-propoxyphenyl)-3,4-dihydro-[1,2,3]triazolo[4,5-d]pyrimidin-7-one
分子量 formula_weight	271.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.920 Å
最低分辨率 resolution_low	3.920 Å
R 因子 r_factor	0.3529
R_work r_work	0.3529
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.92 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	295345

fit	/app/data/saxs_computation/gi/9giw/9giw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gi/9giw/9giw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gi/9giw/9giw.dat

Structure of the human mitochondrial pyruvate carrier inhibited by zaprinast

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)