SAXSdb — 8yx9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yx9
沉积日期 deposition_date	2024-04-02
结构标题 title	CD40 in complex with Dacetuzumab Fab
关键词 keywords	CD40, Dacetuzumab, Bleselumab, agonist activity, tumor necrosis factor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.80 Å
零角强度 I(0) i0	889391000.00
分子量 molecular_weight	239390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296330 Å³
包络体积 envelope_volume	494360 Å³
水化壳体积 shell_volume	77635 Å³
包络直径 envelope_diameter	308.2 Å
壳层 Rg shell_rg	51.18 Å
包络 Rg envelope_rg	65.92 Å
形状 Rg shape_rg	61.71 Å
总 Rg total_rg	61.74 Å
总原子数 total_atoms	16810
残基数 n_residues	2199
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	227.3 Å
Rg (实空间) rg_real	61.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	885000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7779
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.904
峰度 Kurtosis kurtosis	0.601
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0154
最高正则化参数 α highest_alpha	42290000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.426; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.893

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Dacetuzumab, Heavy chain
分子量 formula_weight	23858.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,B,E,G
原子数 atom_count	16889

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSFTGYYIHWVRQAPGKGLEWVARVIPNAGGTSYNQKFKGRFTLSVDNSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCAREGIYWWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Dacetuzumab, light chain
分子量 formula_weight	24025.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,C,F,I

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRSSQSLVHSNGNTFLHWYQQKPGKAPKLLIYTVSNRFSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYFCSQTTHVPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
分子量 formula_weight	20016.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,J,K

EPPTACREKQYLINSQCCSLCQPGQKLVSDCTEFTETECLPCGESEFLDTWNRETHCHQHKYCDPNLGLRVQQKGTSETDTICTCEEGWHCTSEACESCVLHRSCSPGFGVKQIATGVSDTICEPCPVGFFSNVSSAFEKCHPWTSCETKDLVVQQAGTNKTDVVCGPQDRLRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	199.194 Å
晶胞边长 b length_b	208.172 Å
晶胞边长 c length_c	198.061 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2617

fit	/app/data/saxs_computation/yx/8yx9/8yx9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/8yx9/8yx9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/8yx9/8yx9.dat

CD40 in complex with Dacetuzumab Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)