SAXSdb — 8yyu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 4 DNA 8 PDB 声明：dodecameric（12）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–750 链 D； UniProt 1–750	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(PAPCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPGPC)-3') ; × 4 ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPTPG)-3') ; × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–750 链 D； UniProt 1–750	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(PAPCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPGPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPTPG)-3') ; × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
3	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 4 PDB 声明：hexameric（6）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–750 链 D； UniProt 1–750	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	;DNA (5'-D(PAPCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPGPC)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPTPG)-3') ; × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8YYU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BF5 TYROSINE PHOSPHORYLATED STAT-1/DNA COMPLEX 提交 1998-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 136–683（548 aa）片段：RESIDUES 136-710	突变：PHOSPHORYLATED TYR 701 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K	分辨率 2.90 Å R-free 0.293
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
1YVL Structure of Unphosphorylated STAT1 提交 2005-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–683（683 aa）片段：residues 1-683 链 B 1–683（683 aa）片段：residues 1-683	未记录	AU GOLD ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；HEPES, PEG 400, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
2KA6 NMR structure of the CBP-TAZ2/STAT1-TAD complex 提交 2008-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 710–750（41 aa）片段：UNP residues 710 to 750	未记录	ZN ZINC ION × 3	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；290 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] TAZ2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3WWT Crystal Structure of the Y3:STAT1ND complex 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–126（126 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 1-126	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG400, 0.2M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
7NUF Vaccinia virus protein 018 in complex with STAT1 提交 2021-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	突变：Delta183-190, H182A, E393A, E394A	SO4 SULFATE ION × 1 ACE ACETYL GROUP × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；300:300 nl drop of protein:condition Protein: 10 mg/ml STAT1:peptide complex in 20 mM Tris pH8.0, 300 mM NaCl, 1 mM EDTA, 5 mM TCEP Condition: 16% PEG 3350 (w/v), 175 mM KCl, 125 mM NH4SO4,	分辨率 2.00 Å R-free 0.256
8D3F Crystal structure of human STAT1 in complex with the repeat region from Toxoplasma protein TgIST 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–713（582 aa）片段：STAT1-binding region	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.3-6.0, 3 M sodium chloride and 50 mM sodium citrate tribasic	分辨率 2.97 Å R-free 0.288
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
8YYV A dimeric STAT1-DNA complex 提交 2024-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 1–750（750 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9IFX Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 132–684（553 aa）	未记录	OXE ORTHO-XYLENE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation condition: 4% v/v TacsimateTM pH 5.0 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 Protein:peptide complex: 5 mg /ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 3.64 Å R-free 0.271
9IGA Beta-hairpin macrocyclic peptide in complex with STAT1 提交 2025-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–684（553 aa）	突变：132-684,delta183-190,H182A,E393A,E394A	OXE ORTHO-XYLENE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallisation conditions: 0.1 M Bis-Tris 5.5 0.2 M Ammonium acetate 25 % w/v PEG 3350 Protein:peptide complex: 5 mg ml 20 mM Tris pH 8.0, 300 mM NaCl	分辨率 2.80 Å R-free 0.313

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 27–776； UniProt 1–750 作者链 D； PDB构建体 27–776； UniProt 1–750

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yyu
沉积日期 deposition_date	2024-04-04
结构标题 title	A tetrameric STAT1-DNA complex
关键词 keywords	innate immunity, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.08 Å
零角强度 I(0) i0	396385000.00
分子量 molecular_weight	150440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	183060 Å³
包络体积 envelope_volume	252030 Å³
水化壳体积 shell_volume	50410 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.11 Å
包络 Rg envelope_rg	47.33 Å
形状 Rg shape_rg	44.14 Å
总 Rg total_rg	43.91 Å
总原子数 total_atoms	10498
残基数 n_residues	1176
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	396100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7338
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.734
峰度 Kurtosis kurtosis	0.228
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.349; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.496; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta
分子量 formula_weight	90766.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	10498

MNHKHHHHHHHHHHSSGENLYFQGHMMSQWYELQQLDSKFLEQVHQLYDDSFPMEIRQYLAQWLEKQDWEHAANDVSFATIRFHDLLSQLDDQYSRFSLENNFLLQHNIRKSKRNLQDNFQEDPIQMSMIIYSCLKEERKILENAQRFNQAQSGNIQSTVMLDKQKELDSKVRNVKDKVMCIEHEIKSLEDLQDEYDFKCKTLQNREHETNGVAKSDQKQEQLLLKKMYLMLDNKRKEVVHKIIELLNVTELTQNALINDELVEWKRRQQSACIGGPPNACLDQLQNWFTIVAESLQQVRQQLKKLEELEQKYTYEHDPITKNKQVLWDRTFSLFQQLIQSSFVVERQPCMPTHPQRPLVLKTGVQFTVKLRLLVKLQELNYNLKVKVLFDKDVNERNTVKGFRKFNILGTHTKVMNMEESTNGSLAAEFRHLQLKEQKNAGTRTNEGPLIVTEELHSLSFETQLCQPGLVIDLETTSLPVVVISNVSQLPSGWASILWYNMLVAEPRNLSFFLTPPCARWAQLSEVLSWQFSSVTKRGLNVDQLNMLGEKLLGPNASPDGLIPWTRFCKENINDKNFPFWLWIESILELIKKHLLPLWNDGCIMGFISKERERALLKDQQPGTFLLRFSESSREGAITFTWVERSQNGGEPDFHAVEPYTKKELSAVTFPDIIRNYKVMAAENIPENPLKYLYPNIDKDHAFGKYYSRPKEAPEPMELDGPKGTGYIKTELISVSEVHPSRLQTTDNLLPMSPEEFDEVSRIVGSVEFDSMMNTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPCPAPGPTPTPTPCPCPCPGPTPAPAPAPTPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5475.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E

ACAGTTTCCCGTAAATGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPGPCPAPTPTPTPAPCPGPGPGPAPAPAPCPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5555.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,F

TGCATTTACGGGAAACTG

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.840 Å
最低分辨率 resolution_low	3.840 Å
R 因子 r_factor	0.2811
R_work r_work	0.2811
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.84 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17869

fit	/app/data/saxs_computation/yy/8yyu/8yyu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yy/8yyu/8yyu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yy/8yyu/8yyu.dat

A tetrameric STAT1-DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 1-alpha/beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)