SAXSdb — 8z3a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sonic hedgehog protein N-product

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–197	未记录	Heavy chain of antibody 5E1 × 1 Light chain of antibody 5E1 × 1 GOL GLYCEROL × 1 NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；200mM KNO3, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 8Z3A	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3HO5 Crystal structure of Hedgehog-interacting protein (HHIP) and Sonic hedgehog (SHH) complex 提交 2009-06-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 29–197（169 aa）片段：UNP residues 29-197	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；0.1 M bis-Tris propane pH 7.0 and 2.2-2.5 M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.01 Å R-free 0.287
3M1N Crystal structure of Human Sonic Hedgehog N-terminal domain 提交 2010-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 23–197（175 aa）片段：Sonic hedgehog protein N-product	突变：A23I, C24I	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；21-24% PEG 4000, 200 mM LiSO4, and 100 mM Tris, pH = 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.85 Å R-free 0.260
3M1N Crystal structure of Human Sonic Hedgehog N-terminal domain 提交 2010-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–197（175 aa）片段：Sonic hedgehog protein N-product	突变：A23I, C24I	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；273 K；21-24% PEG 4000, 200 mM LiSO4, and 100 mM Tris, pH = 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.85 Å R-free 0.260
3MXW Crystal structure Sonic hedgehog bound to the 5E1 fab fragment 提交 2010-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–197（169 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；protein solution (20 mM Hepes, pH 7.2, 0.1 M NaCl, 5 mM CaCl2) was mixed with equal volume of well solution (0.2 M lithium sulfate, 100 mM Hepes, pH 7.5, and 22% w/v PEG 4000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.83 Å R-free 0.218
6DMY Cryo-EM structure of human Ptch1 and ShhN complex 提交 2018-06-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 24–197（174 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 2 SER SERINE × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6E1H Structure of 2:1 human Ptch1-Shh-N complex 提交 2018-07-09	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–197（174 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 3.50 Å
6N7G Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form I) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 24–197（174 aa）链 F 24–197（174 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.80 Å
6N7H Cryo-EM structure of the 2:1 hPtch1-Shhp complex 提交 2018-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–197（174 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CLR CHOLESTEROL × 5 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6N7K Cryo-EM structure of tetrameric Ptch1 in complex with ShhNp (form II) 提交 2018-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 24–197（174 aa）链 F 24–197（174 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 20 CLR CHOLESTEROL × 10 ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 PLM PALMITIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.50 Å
6OEV Structure of human Patched1 in complex with native Sonic Hedgehog 提交 2019-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–197（175 aa）片段：residues 24-197	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7	分辨率 3.80 Å
6PJV Structure of Human Sonic Hedgehog in complex with Zinc and Magnesium 提交 2019-06-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–197（169 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；24% (w/v) polyethylene glycol 8000, 0.10 M TRIS pH 7.0, and 0.24 M MgCl2	分辨率 1.43 Å R-free 0.139
6RMG Structure of PTCH1 bound to a modified Hedgehog ligand ShhN-C24II 提交 2019-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–197（177 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 11 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6RVD Revised cryo-EM structure of the human 2:1 Ptch1-Shh complex 提交 2019-05-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–197（174 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.06% Digitonin, 1mM CaCl2. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7E2I Cryo-EM structure of hDisp1NNN-ShhN 提交 2021-02-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–462（462 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7MHZ Human Hedgehog acyltransferase (HHAT) in complex with a palmitoylated Hedgehog peptide product and a Fab antibody fragment 提交 2021-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 24–31（8 aa）片段：UNP residues 24-31	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 PKZ Palmitoyl-CoA × 3 AJP Digitonin × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7RHQ Cryo-EM structure of Xenopus Patched-1 in complex with GAS1 and Sonic Hedgehog 提交 2021-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–197（174 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PLM PALMITIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.53 Å
8YYZ Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant H-R102A in the absence of metals 提交 2024-04-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–197（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.222
8Z2V Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant H-R102A with metals 提交 2024-04-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–197（169 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；200mM MgCl2, 20% PEG 3350	分辨率 1.89 Å R-free 0.225
8Z39 Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 mutant L-T56A with metals 提交 2024-04-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 29–197（169 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.208

共 18 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SHH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–169； UniProt 29–197

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z3a
沉积日期 deposition_date	2024-04-15
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 without metals
关键词 keywords	Sonic hedgehog protein (SHH), antibody, flexible/fluctuated epitope, affinity improvement, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.51 Å
零角强度 I(0) i0	66544300.00
分子量 molecular_weight	63507.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79155 Å³
包络体积 envelope_volume	97782 Å³
水化壳体积 shell_volume	29902 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	34.42 Å
包络 Rg envelope_rg	28.26 Å
形状 Rg shape_rg	28.46 Å
总 Rg total_rg	29.23 Å
总原子数 total_atoms	4477
残基数 n_residues	574
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8663
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	92.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.475
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.898; Smooth: 0.718

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sonic hedgehog protein N-product
分子量 formula_weight	19122.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5139

GFGKRRHPKKLTPLAYKQFIPNVAEKTLGASGRYEGKISRNSERFKELTPNYNPDIIFKDEENTGADRLMTQRCKDKLNALAISVMNQWPGVKLRVTEGWDEDGHHSEESLHYEGRAVDITTSDRDRSKYGMLARLAVEAGFDWVYYESKAHIHCSVKAENSVAAKSGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of antibody 5E1
分子量 formula_weight	26318.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQQSGPELVRPGVSVKISCKGSGYTFIDEALHWVKQSHAESLEWIGVIRPYSGETNYNQKFKDKATMTVDISSSTAYLELARLTSEDSAIYYCARDWERGDFFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of antibody 5E1
分子量 formula_weight	26008.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIVMTQTPKFLLVSAGDKVTITCKASQSVSNDLTWYQQKPGQSPKLLIYYASNRYTGVPDRFTGSGYGTDFTFTISTVQAEDLAVYFCQQDYGSPPTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGECEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NITRATE ION
分子量 formula_weight	62.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	572

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.370 Å
晶胞边长 b length_b	83.990 Å
晶胞边长 c length_c	126.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.670 Å
R 因子 r_factor	0.1768
R_work r_work	0.1755
R_free r_free	0.2074

fit	/app/data/saxs_computation/z3/8z3a/8z3a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/8z3a/8z3a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/8z3a/8z3a.dat

Crystal structure of Sonic hedgehog in complex with antibody 5E1 without metals

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sonic hedgehog protein N-product

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)