SAXSdb — 8za6

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8za6
沉积日期 deposition_date	2024-04-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex
关键词 keywords	complex, immune, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.24 Å
零角强度 I(0) i0	64105100.00
分子量 molecular_weight	66477.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84714 Å³
包络体积 envelope_volume	116210 Å³
水化壳体积 shell_volume	31774 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.92 Å
包络 Rg envelope_rg	31.84 Å
形状 Rg shape_rg	32.32 Å
总 Rg total_rg	32.45 Å
总原子数 total_atoms	4669
残基数 n_residues	595
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9004
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.280
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.588
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	11200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.940

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
分子量 formula_weight	18810.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b
原子数 atom_count	4669

MKWKALFTAAILQAQLPITEAQSFGLLDPKLCYLLDGILFIYGVILTALFLRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
分子量 formula_weight	18949.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MEHSTFLSGLVLATLLSQVSPFKIPIEELEDRVFVNCNTSITWVEGTVGTLLSDITRLDLGKRILDPRGIYRCNGTDIYKDKESTVQVHYRMCQSCVELDPATVAGIIVTDVIATLLLALGVFCFAGHETGRLSGAADTQALLRNDQVYQPLRDRDDAQYSHLGGNWARNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子量 formula_weight	23174.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,f

MQSGTHWRVLGLCLLSVGVWGQDGNEEMGGITQTPYKVSISGTTVILTCPQYPGSEILWQHNDKNIGGDEDDKNIGSDEDHLSLKEFSELEQSGYYVCYPRGSKPEDANFYLYLRARVCENCMEMDVMSVATIVIVDICITGGLLLLVYYWSKNRKAKAKPVTRGAGAGGRQRGQNKERPPPVPNPDYEPIRKGQRDLYSGLNQRRI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
分子量 formula_weight	20493.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MEQGKGLAVLILAIILLQGTLAQSIKGNHLVKVYDYQEDGSVLLTCDAEAKNITWFKDGKMIGFLTEDKKKWNLGSNAKDPRGMYQCKGSQNKSKPLQVYYRMCQNCIELNAATISGFLFAEIVSIFVLAVGVYFIAGQDGVRQSRASDKQTLLPNDQLYQPLKDREDDQYSHLQGNQLRRN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	TRA@ protein
分子量 formula_weight	32389.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MLFSSLLCVFVAFSYSGSSVAQKVTQAQSSVSMPVRKAVTLNCLYETSWWSYYIFWYKQLPSKEMIFLIRQGSDEQNAKSGRYSVNFKKAAKSVALTISALQLEDSAKYFCALGDPGGLNTDKLIFGKGTRVTVEPRSQPHTKPSVFVMKNGTNVACLVKEFYPKDIRINLVSSKKITEFDPAIVISPSGKYNAVKLGKYEDSNSVTCSVQHDNKTVHSTDFEVKTDSTDHVKPKETENTKQPSKSCHKPKAIVHTEKVNMMSLTVLGLRMLFAKTVAVNFLLTAKLFFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	CD3
分子量 formula_weight	37324.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MRVALVVLLAFLSPASQKSSNLEGGTKSVTRPTRSSAEITCDLTVINAFYIHWYLHQEGKAPQRLLYYDVSNSKDVLESGLSPGKYYTHTPRRWSWILILRNLIENDSGVYYCATWDRGNPKTHYYKKLFGSGTTLVVTDKQLDADVSPKPTIFLPSIAETKLQKAGTYLCLLEKFFPDVIKIHWQEKKSNTILGSQEGNTMKTNDTYMKFSWLTVPEESLDKEHRCIVRHENNKNGVDGEIIFPPIKTDVITMDPKDNASKDANDVITMDPKDNWSKDANDTLLLQLTNTSAYYTYLLLLLKSVVYFAIITCCLLRRTAFCCNGEKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.43 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1387252

fit	/app/data/saxs_computation/za/8za6/8za6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/za/8za6/8za6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/za/8za6/8za6.dat

Cryo-EM structure of the gdTCR-CD3 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)