8zgc

Human lysine O-link glycosylation complex, LH3/ColGalT1 with bound UDP-galactose

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 269.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zgc
沉积日期 deposition_date	2024-05-09
结构标题 title	Human lysine O-link glycosylation complex, LH3/ColGalT1 with bound UDP-galactose
关键词 keywords	complex, hydroxylase, glycosyltransferase, ER protein, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	76.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	75.37 Å
零角强度 I(0) i0	3863050000.00
分子量 molecular_weight	483090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	584870 Å³
包络体积 envelope_volume	1198800 Å³
水化壳体积 shell_volume	132550 Å³
包络直径 envelope_diameter	243.5 Å
壳层 Rg shell_rg	72.42 Å
包络 Rg envelope_rg	73.36 Å
形状 Rg shape_rg	75.51 Å
总 Rg total_rg	74.86 Å
总原子数 total_atoms	34210
残基数 n_residues	5172
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	269.6 Å
Rg (实空间) rg_real	80.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.82 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5320e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	77.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3868000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9166
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	94.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.369
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.051
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0800
最高正则化参数 α highest_alpha	132000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.878; Stabil: 0.867; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Multifunctional procollagen lysine hydroxylase and glycosyltransferase LH3
分子量 formula_weight	89776.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.4,2.4.1.50,2.4.1.66
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	34210

MTSSGPGPRFLLLLPLLLPPAASASDRPRGRDPVNPEKLLVITVATAETEGYLRFLRSAEFFNYTVRTLGLGEEWRGGDVARTVGGGQKVRWLKKEMEKYADREDMIIMFVDSYDVILAGSPTELLKKFVQSGSRLLFSAESFCWPEWGLAEQYPEVGTGKRFLNSGGFIGFATTIHQIVRQWKYKDDDDDQLFYTRLYLDPGLREKLSLNLDHKSRIFQNLNGALDEVVLKFDRNRVRIRNVAYDTLPIVVHGNGPTKLQLNYLGNYVPNGWTPEGGCGFCNQDRRTLPGGQPPPRVFLAVFVEQPTPFLPRFLQRLLLLDYPPDRVTLFLHNNEVFHEPHIADSWPQLQDHFSAVKLVGPEEALSPGEARDMAMDLCRQDPECEFYFSLDADAVLTNLQTLRILIEENRKVIAPMLSRHGKLWSNFWGALSPDEYYARSEDYVELVQRKRVGVWNVPYISQAYVIRGDTLRMELPQRDVFSGSDTDPDMAFCKSFRDKGIFLHLSNQHEFGRLLATSRYDTEHLHPDLWQIFDNPVDWKEQYIHENYSRALEGEGIVEQPCPDVYWFPLLSEQMCDELVAEMEHYGQWSGGRHEDSRLAGGYENVPTVDIHMKQVGYEDQWLQLLRTYVGPMTESLFPGYHTKARAVMNFVVRYRPDEQPSLRPHHDSSTFTLNVALNHKGLDYEGGGCRFLRYDCVISSPRKGWALLHPGRLTHYHEGLPTTWGTRYIMVSFVDPAAAENLYFQGDYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDKHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Procollagen galactosyltransferase 1
分子量 formula_weight	74976.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,W,X

MKTIIALSYIFCLVFAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKSALEVLFQGPGRAAPPGADAYFPEERWSPESPLQAPRVLIALLARNAAHALPTTLGALERLRHPRERTALWVATDHNMDNTSTVLREWLVAVKSLYHSVEWRPAEEPRSYPDEEGPKHWSDSRYEHVMKLRQAALKSARDMWADYILFVDADNLILNPDTLSLLIAENKTVVAPMLDSRAAYSNFWCGMTSQGYYKRTPAYIPIRKRDRRGCFAVPMVHSTFLIDLRKAASRNLAFYPPHPDYTWSFDDIIVFAFSCKQAEVQMYVCNKEEYGFLPVPLRAHSTLQDEAESFMHVQLEVMVKHPPAEPSRFISAPTKTPDKMGFDEVFMINLRRRQDRRERMLRALQAQEIECRLVEAVDGKAMNTSQVEALGIQMLPGYRDPYHGRPLTKGELGCFLSHYNIWKEVVDRGLQKSLVFEDDLRFEIFFKRRLMNLMRDVEREGLDWDLIYVGRKRMQVEHPEKAVPRVRNLVEADYSYWTLAYVISLQGARKLLAAEPLSKMLPVDEFLPVMFDKHPVSEYKAHFSLRNLHAFSVEPLLIYPTHYTGDDGYVSDTETSVVWNNEHVKTDWDRAKSQKMREQQALSREAKNSDVLQSPLDSAARDELAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-OXOGLUTARIC ACID
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 9 non-polymer

描述 description	GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	566.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.580 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	427054

fit	/app/data/saxs_computation/zg/8zgc/8zgc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zg/8zgc/8zgc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zg/8zgc/8zgc.dat

Human lysine O-link glycosylation complex, LH3/ColGalT1 with bound UDP-galactose

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)