9evj

Crystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1: complex with Mn2+ and UDP-Gal

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 155.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9evj
沉积日期 deposition_date	2024-03-30
结构标题 title	Crystal Structure of human Collagen Hydroxylysine Galactosyltransferase GLT25D1/COLGALT1: complex with Mn2+ and UDP-Gal
关键词 keywords	Collagen Biosynthesis; Extracellular Matrix; Post-translational modifications, Glycosyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.66 Å
零角强度 I(0) i0	236061000.00
分子量 molecular_weight	125120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156230 Å³
包络体积 envelope_volume	208880 Å³
水化壳体积 shell_volume	41287 Å³
包络直径 envelope_diameter	166.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.19 Å
包络 Rg envelope_rg	47.87 Å
形状 Rg shape_rg	47.66 Å
总 Rg total_rg	47.45 Å
总原子数 total_atoms	8787
残基数 n_residues	1058
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	155.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	235800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7008
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	32.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.641
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.364
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.521; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.523; Smooth: 0.022

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Procollagen galactosyltransferase 1
分子量 formula_weight	68589.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8923

GSAPPGADAYFPEERWSPESPLQAPRVLIALLARNAAHALPTTLGALERLRHPRERTALWVATDHNMDNTSTVLREWLVAVKSLYHSVEWRPAEEPRSYPDEEGPKHWSDSRYEHVMKLRQAALKSARDMWADYILFVDADNLILNPDTLSLLIAENKTVVAPMLDSRAAYSNFWCGMTSQGYYKRTPAYIPIRKRDRRGCFAVPMVHSTFLIDLRKAASRNLAFYPPHPDYTWSFDDIIVFAFSCKQAEVQMYVCNKEEYGFLPVPLRAHSTLQDEAESFMHVQLEVMVKHPPAEPSRFISAPTKTPDKMGFDEVFMINLRRRQDRRERMLRALQAQEIECRLVEAVDGKAMNTSQVEALGIQMLPGYRDPYHGRPLTKGELGCFLSHYNIWKEVVDRGLQKSLVFEDDLRFEIFFKRRLMNLMRDVEREGLDWDLIYVGRKRMQVEHPEKAVPRVRNLVEADYSYWTLAYVISLQGARKLLAAEPLSKMLPVDEFLPVMFDKHPVSEYKAHFSLRNLHAFSVEPLLIYPTHYTGDDGYVSDTETSVVWNNEHVKTDWDRAKSQKMREQQALSREAKNSDVLQSPLDSAAAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	GALACTOSE-URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	566.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	136

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	220.855 Å
晶胞边长 b length_b	220.855 Å
晶胞边长 c length_c	220.855 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	49.380 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1855
R_free r_free	0.2225

fit	/app/data/saxs_computation/ev/9evj/9evj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ev/9evj/9evj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ev/9evj/9evj.dat