8zhs

Structure of Mbp-Bte1 fusion protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 132.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zhs
沉积日期 deposition_date	2024-05-11
结构标题 title	Structure of Mbp-Bte1 fusion protein
关键词 keywords	antibacterial toxin, ANTITOXIN; ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.69 Å
零角强度 I(0) i0	254874000.00
分子量 molecular_weight	136220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	173070 Å³
包络体积 envelope_volume	227850 Å³
水化壳体积 shell_volume	50350 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.52 Å
包络 Rg envelope_rg	37.86 Å
形状 Rg shape_rg	38.65 Å
总 Rg total_rg	39.12 Å
总原子数 total_atoms	9621
残基数 n_residues	1214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	132.6 Å
Rg (实空间) rg_real	39.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	254900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6636
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.392
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	30110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.861

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,N-terminal Bte1
分子量 formula_weight	55985.7 kDa
突变 mutation	D108A/K109A/E198A/N199A/K265A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10039

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTAARAFAAAGKEIEIKKLPEFEAMVNAGNTTYTGLVEGIGYVYWTTETLYFIRTNPEQLWAIPKYQQIPFPYFQRKDAIIETKTLHTLHVLSKDELLKLDYDAYYAFYGIVEEMLKFIHRADAIKSYCEIPLPIIKSK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	C-terminal Bte1
分子量 formula_weight	12963.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

IGDGLSLISIIDEVGNGEYWSAAGDILLFAAGKTKLSPYMTVISLGTWMYETDLMQWRLACINYSDYKKTLIKYRELQKKFESGDKSVEEKMNECHKILNSHYIEMQKNLGNL

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	418

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.175 Å
晶胞边长 b length_b	253.874 Å
晶胞边长 c length_c	56.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	42.130 Å
R 因子 r_factor	0.1895
R_work r_work	0.1876
R_free r_free	0.2378

fit	/app/data/saxs_computation/zh/8zhs/8zhs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zh/8zhs/8zhs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zh/8zhs/8zhs.dat

Structure of Mbp-Bte1 fusion protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)