9ass

Crystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S. aureus

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutrophil elastase

物种未注明

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–247 未记录 Extracellular Adherence Protein × 1 (Q99QS1) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.01 M zinc sulfate heptahydrate 0.1M MES (pH 6.5) 25% (v/v) peg-550MME 分辨率 1.75 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–218; UniProt 30–247

Extracellular Adherence Protein

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50

UniProt Q99QS1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 372–476 未记录 Neutrophil elastase × 1 (P08246) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.01 M zinc sulfate heptahydrate 0.1M MES (pH 6.5) 25% (v/v) peg-550MME 分辨率 1.75 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、36 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MAP_STAAM
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–108; UniProt 372–476

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ass

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ass
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ass
沉积日期 deposition_date2024-02-26
结构标题 titleCrystal Structure of Neutrophil Elastase Inhibited by Eap4 from S. aureus
关键词 keywordsPROTEASE INHIBITOR, IMMUNE EVASION, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.80
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.87
零角强度 I(0) i021553700.00
分子量 molecular_weight35668.0 kDa
排除体积 excluded_volume44970 ų
包络体积 envelope_volume52701 ų
水化壳体积 shell_volume22009 ų
包络直径 envelope_diameter69.5
壳层 Rg shell_rg26.46
包络 Rg envelope_rg20.16
形状 Rg shape_rg19.85
总 Rg total_rg20.83
总原子数 total_atoms2505
残基数 n_residues316
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.7
Rg (实空间) rg_real20.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real2.1550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8044
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.9
偏度 Skewness skewness0.274
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10130000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.818; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)