9bjk

Inactive mu opioid receptor bound to Nb6, naloxone and NAM

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 96.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bjk
沉积日期 deposition_date	2024-04-25
结构标题 title	Inactive mu opioid receptor bound to Nb6, naloxone and NAM
关键词 keywords	G-protein coupled receptor, inactive, opioid, allosteric modulator, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.23 Å
零角强度 I(0) i0	19198900.00
分子量 molecular_weight	35755.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45663 Å³
包络体积 envelope_volume	57901 Å³
水化壳体积 shell_volume	21390 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.27 Å
包络 Rg envelope_rg	25.51 Å
形状 Rg shape_rg	24.31 Å
总 Rg total_rg	24.62 Å
总原子数 total_atoms	2525
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7475
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.682
峰度 Kurtosis kurtosis	0.138
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2777000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.474; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.358; Smooth: 0.934

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	kappa opioid receptor Nanobody 6
分子量 formula_weight	14730.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N
原子数 atom_count	2525

MAQVQLQESGGGLVQAGESLRLSCAASGTIFRLYDMGWYRRVSGNQRELVASITSGGSTKYGDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMSSLKPEDTAVYYCNAEYRTGIWEELLDGWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Mu-type opioid receptor
分子量 formula_weight	47920.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAMGPGNISDCSDPLAPASCSPAPGSWLNLSHVDGNQSDPCGPNRTGLGGSHSLCPQTGSPSMVTAITIMALYSIVCVVGLFGNFLVMYVIVRYTKMKTATNIYIFNLALADALATSTLPFQSVNYLMGTWPFGNILCKIVISIDYYNMFTSIFTLCTMSVDRYIAVCHPVKALDFRTPRNAKIVNVCNWILSSAIGLPVMFMATTKYRQGSIDCTLTFSHPTWYWENLLKICVFIFAFIMPVLIITVCYGLMILRLKSVRLLSGSREKDRNLRRITRMVLVVVAVFIVCWTPIHIYVIIKALITIPETTFQTVSWHFCIALGYTNSCLNPVLYAFLDENFKRCFREFCIPTSSTIEQQNSARIRQNTREHPSTANTVDRTNHQLENLEAETAPLPDIHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 non-polymer

描述 description	Naloxone
分子量 formula_weight	327.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	Nalpha-[({(1M)-1-[5-(benzyloxy)pyridin-3-yl]naphthalen-2-yl}sulfanyl)acetyl]-3-methoxy-N,4-dimethyl-L-phenylalaninamide
分子量 formula_weight	605.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.26 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	128613

fit	/app/data/saxs_computation/bj/9bjk/9bjk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bj/9bjk/9bjk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bj/9bjk/9bjk.dat

Inactive mu opioid receptor bound to Nb6, naloxone and NAM

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)