9c96

Cryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 82.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c96
沉积日期 deposition_date	2024-06-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.
关键词 keywords	Antigen processing and presentation, TAP binding protein related, MHC-I, Chaperone, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.86 Å
零角强度 I(0) i0	73848800.00
分子量 molecular_weight	66465.0 kDa
排除体积 excluded_volume	82853 Å³
包络体积 envelope_volume	104590 Å³
水化壳体积 shell_volume	33074 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.73 Å
包络 Rg envelope_rg	25.98 Å
形状 Rg shape_rg	25.84 Å
总 Rg total_rg	26.74 Å
总原子数 total_atoms	4687
残基数 n_residues	595
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73850000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.498
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.963

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen
分子量 formula_weight	32128.6 kDa
突变 mutation	G121C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4687

MGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDCKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11582.0 kDa
突变 mutation	H31C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFCPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Tapasin-related protein
分子量 formula_weight	41191.5 kDa
突变 mutation	C94S, S104F, K211L,R270Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KPHPAEGQWRAVDVVLDCFLVKDGAHRGALASSEDRARASLVLKQVPVLDDGSLEDFTDFQGGTLAQDDPPIIFEASVDLVQIPQAEALLHADSSGKEVTCEIFRYFLQMTETTVKTAAWFMANVQVSGGGPSISLVMKTPRVAKNEVLWHPTLNLPLSPQGTVRTAVEFQVMTQTQSLSFLLGSSASLDCGFSMAPGLDLISVEWRLQHLGRGQLVYSWTAGQGQAVRKGATLEPAQLGMARDASLTLPGLTIQDEGTYICQITTSLYQAQQIIQLNIQASPKVRLSLANEALLPTLICDIAGYYPLDVVVTWTREELGGSPAQVSGASFSSLRQSVAGTYSISSSLTAEPGSAGATYTCQVTHISLEEPLGASTQVVPPERR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	LYS-ILE-LEU-GLY-PHE-VAL
分子量 formula_weight	824.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

KILGFVF

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	88714

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c96/9c96.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c96/9c96.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c96/9c96.dat

Cryo-EM structure of TAP binding protein related (TAPBPR) in complex with HLA-A*02:01 bound to a suboptimal peptide.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)