9c9w

Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 3-beta-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 3	Tudor domain-containing protein 3 × 2 （Q9H7E2） ;DNA (5'-D(PCPAPGPAPTPCPAPGPAPAPTPGPAPAPTPAPTPAPCPTPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPTPGPGPAPGPTPTPCPAPTPGPTPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 DNA (38-MER) × 1 MANGANESE (II) ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP3B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–612； UniProt 1–611 作者链 C； PDB构建体 2–612； UniProt 1–611

Tudor domain-containing protein 3

Homo sapiens

UniProt Q9H7E2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 3	DNA topoisomerase 3-beta-1 × 1 （O95985） DNA topoisomerase 3-beta-1 × 1 （O95985） ;DNA (5'-D(PCPAPGPAPTPCPAPGPAPAPTPGPAPAPTPAPTPAPCPTPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPTPGPGPAPGPTPTPCPAPTPGPTPGPAPTPGPC)-3') ; × 1 DNA (38-MER) × 1 MANGANESE (II) ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDRD3_HUMAN
Isoform	Q9H7E2-3
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 D； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c9w
沉积日期 deposition_date	2024-06-16
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble
关键词 keywords	Topoisomerase, DNA, Supercoiling, ISOMERASE-DNA complex; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9c9w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.04 Å
Rg（电子密度）	46.63 Å
总 Rg	46.77 Å
原子数	13761
残基数	1625
排除体积	240150 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9c9w__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 3-beta-1
分子量 formula_weight	69037.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13761

VMKTVLMVAEKPSLAQSIAKILSRGSLSSHKGLNGACSVHEYTGTFAGQPVRFKMTSVCGHVMTLDFLGKYNKWDKVDPAELFSQAPTEKKEANPKLNMVKFLQVEGRGCDYIVLWLDCDKEGENICFEVLDAVLPVMNKAHGGEKTVFRARFSSITDTDICNAMACLGEPDHNEALSVDARQELDLRIGCAFTRFQTKYFQGKYGDLDSSLISFGPCQTPTLGFCVERHDKIQSFKPETYWVLQAKVNTDKDRSLLLDWDRVRVFDREIAQMFLNMTKLEKEAQVEATSRKEKAKQRPLALNTVEMLRVASSSLGMGPQHAMQTAERLYTQGYISYPRTETTHYPENFDLKGSLRQQANHPYWADTVKRLLAEGINRPRKGHDAGDHPPITPMKSATEAELGGDAWRLYEYITRHFIATVSHDCKYLQSTISFRIGPELFTCSGKTVLSPGFTEVMPWQSVPLEESLPTCQRGDAFPVGEVKMLEKQTNPPDYLTEAELITLMEKHGIGTDASIPVHINNICQRNYVTVESGRRLKPTNLGIVLVHGYYKIDAELVLPTIRSAVEKQLNLIAQGKADYRQVLGHTLDVFKRKFHYFVDSIAGMDELMEVSF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tudor domain-containing protein 3
分子量 formula_weight	17429.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAQVAGAALSQAGWYLSDEGIEACTSSPDKVNVNDIILIALNTDLRTIGKKFLPSDINSGKVEKLEGPCVLQIQKIRNVAAPKDNEESQAAPRMLRLQMTDGHISCTAVEFSYMSKISLNTPPGTKVKLSGIVDIKNGFLLLNDSNTTVLGGEVEHLIEKW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 3-beta-1
分子量 formula_weight	69117.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPGPAPTPCPAPGPAPAPTPGPAPAPTPAPTPAPCPTPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7089.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CAGATCAGAATGAATATACTAAA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPGPAPGPTPTPCPAPTPGPTPGPAPTPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5890.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATTGGAGTTCATGTGATGC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (38-MER)
分子量 formula_weight	12379.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GCATCACATGAACTCCNNNNGTGTTCAATTCATTCTGATCTG

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63358

Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 3-beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tudor domain-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9c9w__assembly_1__model_1

9c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

9c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA topoisomerase 3-beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tudor domain-containing protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9c9w__assembly_1__model_1

9c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

9c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)