SAXSdb — 9c9w

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9c9w
沉积日期 deposition_date	2024-06-16
最后修订 last_revision	2025-02-05
结构标题 title	Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble
关键词 keywords	Topoisomerase, DNA, Supercoiling, ISOMERASE-DNA complex; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.63 Å
零角强度 I(0) i0	683023000.00
分子量 molecular_weight	197520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	240150 Å³
包络体积 envelope_volume	386020 Å³
水化壳体积 shell_volume	71678 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.3 Å
壳层 Rg shell_rg	48.96 Å
包络 Rg envelope_rg	45.41 Å
形状 Rg shape_rg	46.61 Å
总 Rg total_rg	46.77 Å
总原子数 total_atoms	13761
残基数 n_residues	1625
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.8 Å
Rg (实空间) rg_real	46.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4170e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	683000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8569
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.382
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.217
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	42430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.725; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 3-beta-1
分子量 formula_weight	69037.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13761

VMKTVLMVAEKPSLAQSIAKILSRGSLSSHKGLNGACSVHEYTGTFAGQPVRFKMTSVCGHVMTLDFLGKYNKWDKVDPAELFSQAPTEKKEANPKLNMVKFLQVEGRGCDYIVLWLDCDKEGENICFEVLDAVLPVMNKAHGGEKTVFRARFSSITDTDICNAMACLGEPDHNEALSVDARQELDLRIGCAFTRFQTKYFQGKYGDLDSSLISFGPCQTPTLGFCVERHDKIQSFKPETYWVLQAKVNTDKDRSLLLDWDRVRVFDREIAQMFLNMTKLEKEAQVEATSRKEKAKQRPLALNTVEMLRVASSSLGMGPQHAMQTAERLYTQGYISYPRTETTHYPENFDLKGSLRQQANHPYWADTVKRLLAEGINRPRKGHDAGDHPPITPMKSATEAELGGDAWRLYEYITRHFIATVSHDCKYLQSTISFRIGPELFTCSGKTVLSPGFTEVMPWQSVPLEESLPTCQRGDAFPVGEVKMLEKQTNPPDYLTEAELITLMEKHGIGTDASIPVHINNICQRNYVTVESGRRLKPTNLGIVLVHGYYKIDAELVLPTIRSAVEKQLNLIAQGKADYRQVLGHTLDVFKRKFHYFVDSIAGMDELMEVSF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Tudor domain-containing protein 3
分子量 formula_weight	17429.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MAQVAGAALSQAGWYLSDEGIEACTSSPDKVNVNDIILIALNTDLRTIGKKFLPSDINSGKVEKLEGPCVLQIQKIRNVAAPKDNEESQAAPRMLRLQMTDGHISCTAVEFSYMSKISLNTPPGTKVKLSGIVDIKNGFLLLNDSNTTVLGGEVEHLIEKW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	DNA topoisomerase 3-beta-1
分子量 formula_weight	69117.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.6.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

VMKTVLMVAEKPSLAQSIAKILSRGSLSSHKGLNGACSVHEYTGTFAGQPVRFKMTSVCGHVMTLDFLGKYNKWDKVDPAELFSQAPTEKKEANPKLNMVKFLQVEGRGCDYIVLWLDCDKEGENICFEVLDAVLPVMNKAHGGEKTVFRARFSSITDTDICNAMACLGEPDHNEALSVDARQELDLRIGCAFTRFQTKYFQGKYGDLDSSLISFGPCQTPTLGFCVERHDKIQSFKPETYWVLQAKVNTDKDRSLLLDWDRVRVFDREIAQMFLNMTKLEKEAQVEATSRKEKAKQRPLALNTVEMLRVASSSLGMGPQHAMQTAERLYTQGYISYPRTETTHYPENFDLKGSLRQQANHPYWADTVKRLLAEGINRPRKGHDAGDHPPITPMKSATEAELGGDAWRLYEYITRHFIATVSHDCKYLQSTISFRIGPELFTCSGKTVLSPGFTEVMPWQSVPLEESLPTCQRGDAFPVGEVKMLEKQTNPPDYLTEAELITLMEKHGIGTDASIPVHINNICQRNYVTVESGRRLKPTNLGIVLVHGYYKIDAELVLPTIRSAVEKQLNLIAQGKADYRQVLGHTLDVFKRKFHYFVDSIAGMDELMEVSF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPAPGPAPTPCPAPGPAPAPTPGPAPAPTPAPTPAPCPTPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	7089.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CAGATCAGAATGAATATACTAAA

Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPTPGPGPAPGPTPTPCPAPTPGPTPGPAPTPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5890.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATTGGAGTTCATGTGATGC

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (38-MER)
分子量 formula_weight	12379.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

GCATCACATGAACTCCNNNNGTGTTCAATTCATTCTGATCTG

Entity 7 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.25 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	63358

fit	/app/data/saxs_computation/c9/9c9w/9c9w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c9/9c9w/9c9w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c9/9c9w/9c9w.dat

Dimerized human TOP3B-TDRD3 core complex with a DNA mismatch bubble

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)