Protein BUNDLE SHEATH DEFECTIVE 2, chloroplastic
Arabidopsis thaliana
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 16 PDB 声明:16-meric(16) 与蛋白拷贝数一致 | 链 1; UniProt 1–136 链 2; UniProt 1–136 链 3; UniProt 1–136 链 4; UniProt 1–136 | 未记录 | Rubisco large subunit × 8 Rubisco small subunit × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;20 mM Tris pH 8.0 50 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 2.90 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9CI2 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6EKB Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
57–136(80 aa)
|
突变:K56M | ZN ZINC ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;291 K;20 % PEG 10,000, 8 % ethylene glycol and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.216 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 B1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 B8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 10 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 T1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 T8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 D1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 D8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 F1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 F8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 H1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 H8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 J1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 J8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 L1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 L8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 N1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 N8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 P1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 P8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 9 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 16 PDB 声明:hexadecameric |
链 R1
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R2
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R3
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R4
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R5
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R6
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R7
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
链 R8
57–136(80 aa)
片段:mature protein, residues 53-136
|
突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M 突变:K56M | ZN ZINC ION × 16 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.274 |
| 8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric |
链 F
57–136(80 aa)
链 G
57–136(80 aa)
链 H
57–136(80 aa)
链 I
57–136(80 aa)
链 O
57–136(80 aa)
链 P
57–136(80 aa)
链 Q
57–136(80 aa)
链 R
57–136(80 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 19 PDB 声明:nonadecameric |
链 C
57–136(80 aa)
链 L
57–136(80 aa)
链 M
57–136(80 aa)
链 N
57–136(80 aa)
链 O
57–136(80 aa)
链 P
57–136(80 aa)
链 Q
57–136(80 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
共 4 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | BSD2_ARATH |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 1; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 2; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 3; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 4; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 |