9cmm

Two protofilament structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GMPCPP

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 204.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cmm
沉积日期 deposition_date	2024-07-15
结构标题 title	Two protofilament structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GMPCPP
关键词 keywords	human microtubule, tubulin isoforms, cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.21 Å
零角强度 I(0) i0	2260690000.00
分子量 molecular_weight	388310.0 kDa
排除体积 excluded_volume	480590 Å³
包络体积 envelope_volume	646570 Å³
水化壳体积 shell_volume	93477 Å³
包络直径 envelope_diameter	209.4 Å
壳层 Rg shell_rg	58.69 Å
包络 Rg envelope_rg	57.54 Å
形状 Rg shape_rg	58.22 Å
总 Rg total_rg	58.19 Å
总原子数 total_atoms	27249
残基数 n_residues	3464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	204.3 Å
Rg (实空间) rg_real	58.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2610e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2259000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8466
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	127300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.719

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49717.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,Q
原子数 atom_count	27249

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGTYHGDSDLQLDRISVYYNEATGGKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKEAESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQVFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMAVTFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEEEDFGEEAEEEA

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1B chain
分子量 formula_weight	50204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,I,C,E

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1279335

fit	/app/data/saxs_computation/cm/9cmm/9cmm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cm/9cmm/9cmm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cm/9cmm/9cmm.dat

Two protofilament structure of alpha1B and betaI/IVb microtubule bound to GMPCPP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)