9cvm

;Structure of rat neuronal nitric oxide synthase R349A mutant bound with 4-methyl-5'-((methylamino)methyl)-[2,3'-bipyridin]-6-amine dihydrochloride ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cvm
沉积日期 deposition_date	2024-07-29
最后修订 last_revision	2025-04-30
结构标题 title	;Structure of rat neuronal nitric oxide synthase R349A mutant bound with 4-methyl-5'-((methylamino)methyl)-[2,3'-bipyridin]-6-amine dihydrochloride ;
关键词 keywords	nitric oxide synthase inhibitor binding, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.47 Å
零角强度 I(0) i0	73908100.00
分子量 molecular_weight	45254.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43915 Å³
包络体积 envelope_volume	71368 Å³
水化壳体积 shell_volume	26228 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.5 Å
壳层 Rg shell_rg	29.83 Å
包络 Rg envelope_rg	22.87 Å
形状 Rg shape_rg	22.47 Å
总 Rg total_rg	23.14 Å
总原子数 total_atoms	3422
残基数 n_residues	411
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.2 Å
Rg (实空间) rg_real	23.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.205
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.764; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitric oxide synthase, brain
分子量 formula_weight	48726.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.39
突变 mutation	R349A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3477

CPRFLKVKNWETDVVLTDTLHLKSTLETGCTEHICMGSIMLPSQHTRKPEDVATKDQLFPLAKEFLDQYYSSIKRFGSKAHMDRLEEVNKEIESTSTYQLKDTELIYGAKHAWRNASRCVGRIQWSKLQVFDARDCTTAHGMFNYICNHVKYATNKGNLRSAITIFPQRTDGKHDFRVWNSQLIRYAGYKQPDGSTLGDPANVQFTEICIQQGWKAPRGRFDVLPLLLQANGNDPELFQIPPELVLEVPIRHPKFDWFKDLGLKWYGLPAVSNMLLEIGGLEFSACPFSGWYMGTEIGVRDYCDNSRYNILEEVAKKMDLDMRKTSSLWKDQALVEINIAVLYSFQSDKVTIVDHHSATESFIKHMENEYRCRGGCPADWVWIVPPMSGSITPVFHQEMLNYRLTPSFEYQPDPWNTHVWKG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN
分子量 formula_weight	241.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2M)-4-methyl-5'-[(methylamino)methyl][2,3'-bipyridin]-6-amine
分子量 formula_weight	228.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.462 Å
晶胞边长 b length_b	113.007 Å
晶胞边长 c length_c	162.788 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.416 Å
R 因子 r_factor	0.2183
R_work r_work	0.2162
R_free r_free	0.2564

fit	/app/data/saxs_computation/cv/9cvm/9cvm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cv/9cvm/9cvm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cv/9cvm/9cvm.dat