9d5j

Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d5j
沉积日期 deposition_date	2024-08-13
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand
关键词 keywords	Adenosine Deaminase, dsRNA, Complex, RNA editing, deoxyinosine, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.14 Å
零角强度 I(0) i0	273252000.00
分子量 molecular_weight	115350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	137170 Å³
包络体积 envelope_volume	179180 Å³
水化壳体积 shell_volume	45956 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.7 Å
壳层 Rg shell_rg	39.34 Å
包络 Rg envelope_rg	32.14 Å
形状 Rg shape_rg	32.14 Å
总 Rg total_rg	32.62 Å
总原子数 total_atoms	8004
残基数 n_residues	901
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	32.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	273300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9033
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1
分子量 formula_weight	53932.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.37
突变 mutation	E488Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8019

ASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMILNELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVVVDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLHLDQTPSRQPIPSEGLQLHLPQVLADAVSRLVLGKFGDLTDNFSSPHARRKVLAGVVMTTGTDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGLALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNKDDQKRSIFQKSERGGFRLKENVQFHLYISTSPCGDARIFSPHEPILEEPADRHPNRKARGQLRTKIESGQGTIPVRSNASIQTWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAMYQRISNIEDLPPLYTLNKPLLSGISNAEARQPGKAPNFSVNWTVGDSAIEVINATTGKDELGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHLLRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFIKAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 2 polymer

描述 description	RNA Top Strand Containing 8-azanebularine (8AZ)
分子量 formula_weight	10355.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCUCGCGAUGCGXGAGGGCUCUGAUAGCUACG

Entity 3 polymer

描述 description	RNA Bottom Strand containing deoxyinosine complementary to a guanosine adjacent to the target site
分子量 formula_weight	10198.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	D

CGUAGCUAUCAGAGCCCCCCIGCAUCGCGAGC

Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	174.694 Å
晶胞边长 b length_b	63.130 Å
晶胞边长 c length_c	141.778 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.600 Å
R 因子 r_factor	0.1904
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2347

fit	/app/data/saxs_computation/d5/9d5j/9d5j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d5/9d5j/9d5j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d5/9d5j/9d5j.dat

Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)