9d5j

Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 DNA 1 RNA 1	RNA Top Strand Containing 8-azanebularine (8AZ) × 1 RNA Bottom Strand containing deoxyinosine complementary to a guanosine adjacent to the target site × 1 INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 ZINC ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RED1_HUMAN
Isoform	P78563-4
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–487； UniProt 243–729 作者链 B； PDB构建体 1–487； UniProt 243–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d5j
沉积日期 deposition_date	2024-08-13
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand
关键词 keywords	Adenosine Deaminase, dsRNA, Complex, RNA editing, deoxyinosine, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9d5j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9d5j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9d5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.78 Å
Rg（电子密度）	32.14 Å
总 Rg	32.62 Å
原子数	8004
残基数	901
排除体积	137170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9d5j__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1
分子量 formula_weight	53932.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.37
突变 mutation	E488Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8019

ASLAQPPLPVLPPFPPPSGKNPVMILNELRPGLKYDFLSESGESHAKSFVMSVVVDGQFFEGSGRNKKLAKARAAQSALAAIFNLHLDQTPSRQPIPSEGLQLHLPQVLADAVSRLVLGKFGDLTDNFSSPHARRKVLAGVVMTTGTDVKDAKVISVSTGTKCINGEYMSDRGLALNDCHAEIISRRSLLRFLYTQLELYLNNKDDQKRSIFQKSERGGFRLKENVQFHLYISTSPCGDARIFSPHEPILEEPADRHPNRKARGQLRTKIESGQGTIPVRSNASIQTWDGVLQGERLLTMSCSDKIARWNVVGIQGSLLSIFVEPIYFSSIILGSLYHGDHLSRAMYQRISNIEDLPPLYTLNKPLLSGISNAEARQPGKAPNFSVNWTVGDSAIEVINATTGKDELGRASRLCKHALYCRWMRVHGKVPSHLLRSKITKPNVYHESKLAAKEYQAAKARLFTAFIKAGLGAWVEKPTEQDQFSLTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA Top Strand Containing 8-azanebularine (8AZ)
分子量 formula_weight	10355.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCUCGCGAUGCGXGAGGGCUCUGAUAGCUACG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA Bottom Strand containing deoxyinosine complementary to a guanosine adjacent to the target site
分子量 formula_weight	10198.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	D

CGUAGCUAUCAGAGCCCCCCIGCAUCGCGAGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
分子量 formula_weight	660.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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晶胞边长 a length_a	174.694 Å
晶胞边长 b length_b	63.130 Å
晶胞边长 c length_c	141.778 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.600 Å
R 因子 r_factor	0.1904
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2347

Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9d5j__assembly_1__model_1

9d5j__assembly_1__model_1 | I(q)

9d5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2-RD) bound to dsRNA containing deoxyinosine at the -1 position of the guide strand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 4 of Double-stranded RNA-specific editase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9d5j__assembly_1__model_1

9d5j__assembly_1__model_1 | I(q)

9d5j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)