9dch

Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Polycomb protein SUZ12 × 2 （Q15022） RBAP48 × 2 （Q09028） Zinc finger protein AEBP2 × 2 （Q6ZN18） Protein Jumonji × 2 （Q92833） Polycomb protein EED × 2 （O75530） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EZH2_HUMAN
Isoform	Q15910-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–750； UniProt 2–751 作者链 H； PDB构建体 1–750； UniProt 2–751

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 （Q15910） RBAP48 × 2 （Q09028） Zinc finger protein AEBP2 × 2 （Q6ZN18） Protein Jumonji × 2 （Q92833） Polycomb protein EED × 2 （O75530） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUZ12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–727； UniProt 1–739 作者链 I； PDB构建体 1–727； UniProt 1–739

RBAP48

Homo sapiens

UniProt Q09028

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 2 （Q15022） Zinc finger protein AEBP2 × 2 （Q6ZN18） Protein Jumonji × 2 （Q92833） Polycomb protein EED × 2 （O75530） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBBP4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425 作者链 K； PDB构建体 1–425； UniProt 1–425

Zinc finger protein AEBP2

Homo sapiens

UniProt Q6ZN18

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 2 （Q15022） RBAP48 × 2 （Q09028） Protein Jumonji × 2 （Q92833） Polycomb protein EED × 2 （O75530） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AEBP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–294； UniProt 210–503 作者链 M； PDB构建体 1–294； UniProt 210–503

Protein Jumonji

Homo sapiens

UniProt Q92833

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 2 （Q15022） RBAP48 × 2 （Q09028） Zinc finger protein AEBP2 × 2 （Q6ZN18） Polycomb protein EED × 2 （O75530） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	JARD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–332； UniProt 119–450 作者链 L； PDB构建体 1–332； UniProt 119–450

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 12 RNA 1	TERRAmut RNA × 1 Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 × 2 （Q15910） Polycomb protein SUZ12 × 2 （Q15022） RBAP48 × 2 （Q09028） Zinc finger protein AEBP2 × 2 （Q6ZN18） Protein Jumonji × 2 （Q92833） ZINC ION × 14	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EED_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441 作者链 J； PDB构建体 1–441； UniProt 1–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dch
沉积日期 deposition_date	2024-08-26
结构标题 title	Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer
关键词 keywords	PRC2, RNA, RNP complex, chromatin modifier, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9dch__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9dch__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9dch__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.63 Å
Rg（电子密度）	66.30 Å
总 Rg	65.70 Å
原子数	24433
残基数	3596
排除体积	419750 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9dch__assembly_1__model_1`	tridecameric （13）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TERRAmut RNA
分子量 formula_weight	3258.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G
原子数 atom_count	24433

UGAGUGUGAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
分子量 formula_weight	86017.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.356
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H

GQTGKKSEKGPVCWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFSSNRQKILERTEILNQEWKQRRIQPVHILTSVSSLRGTRECSVTSDLDFPTQVIPLKTLNAVASVPIMYSWSPLQQNFMVEDETVLHNIPYMGDEVLDQDGTFIEELIKNYDGKVHGDRECGFINDEIFVELVNALGQYNDDDDDDDGDDPEEREEKQKDLEDHRDDKESRPPRKFPSDKIFEAISSMFPDKGTAEELKEKYKELTEQQLPGALPPECTPNIDGPNAKSVQREQSLHSFHTLFCRRCFKYDCFLHRKCNYSFHATPNTYKRKNTETALDNKPCGPQCYQHLEGAKEFAAALTAERIKTPPKRPGGRRRGRLPNNSSRPSTPTINVLESKDTDSDREAGTETGGENNDKEEEEKKDETSSSSEANSRCQTPIKMKPNIEPPENVEWSGAEASMFRVLIGTYYDNFCAIARLIGTKTCRQVYEFRVKESSIIAPAPAEDVDTPPRKKKRKHRLWAAHCRKIQLKKDGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDSSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQNRFPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNEFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polycomb protein SUZ12
分子量 formula_weight	82353.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

MAPQKHGGGGGGFGGSAAVAAATASGGKSGGGSCGGGGSYSASSSSSAAAAAGAAVLPVKKPKMEHVQADHELFLQAFEKPTQIYRFLRTRNLIAPIFLHRTLTYMSHRNSRTNIKRKTFKVDDMLSKVEKMKGEQESHSLSAHLQLTFTGFFHKNDKPSPNSENEQNSVTLEVLLVKVCHKKRKDVSCPIRQVPTGKKQVPLNPDLNQTKPGNFPSLAVSSNEFEPSNSHMVKSYSLLFRVTRPGRREFNGMINGETNENIDVNEELPARRKRNREDGEKTFVAQMTVFDKNRRLQLLDGEYEVAMQEMEECPISKKRATWETILDGKRLPPFETFSQGPTLQFTLRWTGETNDKSTAPIAKPLATRNSESLHQENKPGSVKPTQTIAVKESLTTDLQTRKEKDTPNENRQKLRIFYQFLYNNNTRQQTEARDDLHCPWCTLNCRKLYSLLKHLKLCHSRFIFNYVYHPKGARIDVSINECYDGSYAGNPQDIHRQPGFAFSRNGPVKRTPITHILVCRPKRTKASMSEFLESEDGEVEQQRTYSSGHNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDSEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNLCRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEKALETDSVSGVSKQSKKQKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RBAP48
分子量 formula_weight	47709.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,K

MADKEAAFDDAVEERVINEEYKIWKKNTPFLYDLVMTHALEWPSLTAQWLPDVTRPEGKDFSIHRLVLGTHTSDEQNHLVIASVQLPNDDAQFDASHYDSEKGEFGGFGSVSGKIEIEIKINHEGEVNRARYMPQNPCIIATKTPSSDVLVFDYTKHPSKPDPSGECNPDLRLRGHQKEGYGLSWNPNLSGHLLSASDDHTICLWDISAVPKEGKVVDAKTIFTGHTAVVEDVSWHLLHESLFGSVADDQKLMIWDTRSNNTSKPSHSVDAHTAEVNCLSFNPYSEFILATGSADKTVALWDLRNLKLKLHSFESHKDEIFQVQWSPHNETILASSGTDRRLNVWDLSKIGEEQSPEDAEDGPPELLFIHGGHTAKISDFSWNPNEPWVICSVSEDNIMQVWQMAENIYNDEDPEGSVDPEGQGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Zinc finger protein AEBP2
分子量 formula_weight	32881.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,M

SSDGEPLSRMDSEDSISSTIMDVDSTISSGRSTPAMMNGQGSTTSSSKNIAYNCCWDQCQACFNSSPDLADHIRSIHVDGQRGGVFVCLWKGCKVYNTPSTSQSWLQRHMLTHSGDKPFKCVVGGCNASFASQGGLARHVPTHFSQQNSSKVSSQPKAKEESPSKAGMNKRRKLKNKRRRSLPRPHDFFDAQTLDAIRHRAICFNLSAHIESLGKGHSVVFHSTVIAKRKEDSGKIKLLLHWMPEDILPDVWVNESERHQLKTKVVHLSKLPKDTALLLDPNIYRTMPQKRLKR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Protein Jumonji
分子量 formula_weight	36021.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L

QSQPNSPSTTPVKIVEPLLPPPATQISDLSKRKPKTEDFLTFLCLRGSPALPNSMVYFGSSQDEEEVEEEDDETEDVKTATNNASSSCQSTPRKGKTHKHVHNGHVFNGSSRSTREKEPVQKHKSKEATPAKEKHSDHRADSRREQASANHPAAAPSTGSSAKGLAATHHHPPLHRSAQDLRKQVSKVNGVTRMSSLGAGVTSAKKMREVRPSPSKTVKYTATVTKGAVTYTKAKRELVKDTKPNHHKPSSAVNHTISGKTESSNAKTRKQVLSLGGASKSTGPAVNGLKVSGRLNPKSCTKEVGGRQLREGLQLREGLRNSKRRLEEAHQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Polycomb protein EED
分子量 formula_weight	50267.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J

MSEREVSTAPAGTDMPAAKKQKLSSDENSNPDLSGDENDDAVSIESGTNTERPDTPTNTPNAPGRKSWGKGKWKSKKCKYSFKCVNSLKEDHNQPLFGVQFNWHSKEGDPLVFATVGSNRVTLYECHSQGEIRLLQSYVDADADENFYTCAWTYDSNTSHPLLAVAGSRGIIRIINPITMQCIKHYVGHGNAINELKFHPRDPNLLLSVSKDHALRLWNIQTDTLVAIFGGVEGHRDEVLSADYDLLGEKIMSCGMDHSLKLWRINSKRMMNAIKESYDYNPNKTNRPFISQKIHFPDFSTRDIHRNYVDCVRWLGDLILSKSCENAIVCWKPGKMEDDIDKIKPSESNVTILGRFDYSQCDIWYMRFSMDFWQKMLALGNQVGKLYVWDLEVEDPHKAKCTTLTHHKCGAAIRQTSFSRDSSILIAVCDDASIWRWDRLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

▶

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	120658

Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RBAP48

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zinc finger protein AEBP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Jumonji

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9dch__assembly_1__model_1

9dch__assembly_1__model_1 | I(q)

9dch__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)