SAXSdb — 9ds1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ds1
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
最后修订 last_revision	2025-03-19
结构标题 title	Crystal structure of 241_2F04 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)
关键词 keywords	H1N1, Antibody, Hemagglutinin, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.18 Å
零角强度 I(0) i0	164253000.00
分子量 molecular_weight	104360.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129980 Å³
包络体积 envelope_volume	193460 Å³
水化壳体积 shell_volume	34233 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.2 Å
壳层 Rg shell_rg	48.42 Å
包络 Rg envelope_rg	50.13 Å
形状 Rg shape_rg	51.18 Å
总 Rg total_rg	51.07 Å
总原子数 total_atoms	7350
残基数 n_residues	934
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.2 Å
Rg (实空间) rg_real	50.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	164000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6683
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.774
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6319000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.477; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.244; Smooth: 0.011

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chai
分子量 formula_weight	36213.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7479

ADPGDTLCIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDKHNGKLCKLRGVAPLHLGKCNIAGWILGNPECESLSTASSWSYIVETPSSDNGTCYPGDFIDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKTSSWPNHDSNKGVTAACPHAGAKSFYKNLIWLVKKGNSYPKLSKSYINDKGKEVLVLWGIHHPSTSADQQSLYQNADTYVFVGGSRYSKKFKPEIAIRPKVRDQEGRMNYYWTLVEPGDKITFEATGNLVVPRYAFAMERNAGSGIIISDTPVHDCNTTCQTPKGAINTSLPFQNIHPITIGKCPKYVKSTKLRLATGLRNIPS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	19992.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWTGMVDGWYGYHHQNEQGSGYAADLKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNHLEKRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDYHDSNVKNLYEKVRSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDNTCMESVKNGTYDYPKYSEEAKLNREEIDS

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	241_2F04, Heavy chain
分子量 formula_weight	24169.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGFTFSKYAMNWVRQAPGKGLEWVSHISGSGISTYYADSVKGRFTISRDTSKNMLYLQMNSLRAEDTAIYYCAKDAISGQIWLQGTFDYWGQGTLVTVFNQIKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 polymer

描述 description	241_2F04, Light chain
分子量 formula_weight	23493.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQSVSSNLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGIPPRFSGSGSGTEFSLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWPPITFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	129

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.466 Å
晶胞边长 b length_b	129.466 Å
晶胞边长 c length_c	443.769 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	39.430 Å
R 因子 r_factor	0.2222
R_work r_work	0.2201
R_free r_free	0.2633

fit	/app/data/saxs_computation/ds/9ds1/9ds1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ds/9ds1/9ds1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ds/9ds1/9ds1.dat

Crystal structure of 241_2F04 Fab in complex with H1 HA from A/California/04/2009(H1N1)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)