9dxd

attLmm bound serine integrase and RDF complex in the pre-rotation state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 202.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9dxd
沉积日期 deposition_date	2024-10-11
结构标题 title	attLmm bound serine integrase and RDF complex in the pre-rotation state
关键词 keywords	Viral protein, Integrase, Recombinase, Complex, Recombination Directionality Factor, Integration, Excision, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.73 Å
零角强度 I(0) i0	2226290000.00
分子量 molecular_weight	347540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	415740 Å³
包络体积 envelope_volume	688520 Å³
水化壳体积 shell_volume	104150 Å³
包络直径 envelope_diameter	209.6 Å
壳层 Rg shell_rg	56.56 Å
包络 Rg envelope_rg	55.60 Å
形状 Rg shape_rg	56.67 Å
总 Rg total_rg	56.89 Å
总原子数 total_atoms	46391
残基数 n_residues	2598
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	202.2 Å
Rg (实空间) rg_real	58.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2260e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2226000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6441
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.364
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.268
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	115100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.820

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Resolvase homolog YokA,SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YotN
分子量 formula_weight	71560.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,I,J,K,L
原子数 atom_count	46391

MELKNIVNSYNITNILGYLRRSRQDMEREKRTGEDTLTEQKELMNKILTAIEIPYELKMEIGSGESIDGRPVFKECLKDLEEGKYQAIAVKEITRLSRGSYSDAGQIVNLLQSKRLIIITPYKVYDPRNPVDMRQIRFELFMAREEFEMTRERMTGAKYTYAAQGKWISGLAPYGYQLNKKTSKLDPVEDEAKVVQLIFNIFLNGLNGKDYSYTAIASHLTNLQIPTPSGKKRWNQYTIKAILQNEVYIGTVKYKVREKTKDGKRTIRPEKEQIVVQDAHAPIIDKEQFQQSQVKIANKVPLLPNKDEFELSELAGVCTCSKCGEPLSKYESKRIRKNKDGTESVYHVKSLTCKKNKCTYVRYNDVENAILDYLSSLNDLNDSTLTKHINSMLSKYEDDNSNMKTKKQMSEHLSQKEKELKNKENFIFDKYESGIYSDELFLKRKAALDEEFKELQNAKNELNGLQDTQSEIDSNTVRNNINKIIDQYHIESSSEKKNELLRMVLKDVIVNMTQKRKGPIPAQFEITPILRFNFIFDLTATNSFHTSGSGGSGGSGGSGRSGTEPYQRYEELKKKTIKVVQKENYSIRYITQDEASNDLDEFYKQFAQHLLEAALERKAE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1386
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (34-MER)
分子量 formula_weight	10433.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,M

TTTTTTTTGTAGTAAGTATCTTAATATACAGCTT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (33-MER)
分子量 formula_weight	10161.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,N

AGCTGTATATTAAGATACTTACTACAAAAAAAA

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7656.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,O

CATGTCATTAATATCAGTACAGATT

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (24-MER)
分子量 formula_weight	7382.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,P

ATCTGTACTGATATTAATGACATG

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.16 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	210561

fit	/app/data/saxs_computation/dx/9dxd/9dxd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/9dxd/9dxd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/9dxd/9dxd.dat

attLmm bound serine integrase and RDF complex in the pre-rotation state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)