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9e3k

Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 133.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

Bordetella pertussis

UniProt T1SR96

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–269 未记录 Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-199 HC × 2 PERT-199 LC × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RO0 CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT. 提交 2019-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–269（269 aa）
链 G 1–269（269 aa）
突变：R9K, E129G 突变：R9K, E129G GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；278 K；Spontaneous crystallization in plastic bottles
分辨率 2.13 Å R-free 0.260
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E3L Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–269（269 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T1SR96_BORPT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

Islet-activating protein S2

Bordetella pertussis

UniProt A0A0E8DFW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–226 未记录 Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-199 HC × 2 PERT-199 LC × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6RO0 CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT. 提交 2019-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–226（226 aa）
链 H 1–226（226 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；278 K；Spontaneous crystallization in plastic bottles
分辨率 2.13 Å R-free 0.260
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–226（226 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–226（226 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E3L Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 B 1–226（226 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0E8DFW5_BORPT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

Pertussis toxin subunit 3

Bordetella pertussis

UniProt P04979

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–227 未记录 Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-199 HC × 2 PERT-199 LC × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 29–227（199 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 29–227（199 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 32–227（196 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 32–227（196 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 32–227（196 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 32–227（196 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 1–227（227 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–227（227 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E3L Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 C 1–227（227 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 C 29–227（199 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOX3_BORPE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

Pertussis toxin subunit 4

Bordetella pertussis

UniProt P0A3R5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–152 链 E； UniProt 1–152 未记录 Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-199 HC × 2 PERT-199 LC × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 43–152（110 aa）
链 E 43–152（110 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 43–152（110 aa）
链 K 43–152（110 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 43–152（110 aa）
链 E 43–152（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 43–152（110 aa）
链 K 43–152（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 D 1–152（152 aa）
链 E 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–152（152 aa）
链 E 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E3L Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 D 1–152（152 aa）
链 E 1–152（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 43–152（110 aa）
链 E 43–152（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOX4_BORPE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Pertussis toxin subunit 5

Bordetella pertussis

UniProt P04981

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–133 未记录 Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） PERT-199 HC × 2 PERT-199 LC × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E3K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 35–133（99 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 35–133（99 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0
分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 36–133（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 36–133（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 36–133（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 36–133（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 F 1–133（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–133（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E3L Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203 提交 2024-10-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 F 1–133（133 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 35–133（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TOX5_BORPE
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e3k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e3k
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e3k
沉积日期 deposition_date2024-10-23
结构标题 titleCryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
关键词 keywordsPTx, mAb, Whooping, TOXIN, TOXIN-Immune System complex; TOXIN/Immune System
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.00 Å
零角强度 I(0) i0317744000.00
分子量 molecular_weight142640.0 kDa
排除体积 excluded_volume177850 ų
包络体积 envelope_volume229050 ų
水化壳体积 shell_volume52869 ų
包络直径 envelope_diameter145.8 Å
壳层 Rg shell_rg41.67 Å
包络 Rg envelope_rg37.20 Å
形状 Rg shape_rg37.04 Å
总 Rg total_rg37.19 Å
总原子数 total_atoms10021
残基数 n_residues1300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.0 Å
Rg (实空间) rg_real37.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal317700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8528
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.4 Å
偏度 Skewness skewness0.504
峰度 Kurtosis kurtosis0.090
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44760000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.905
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)