9e3l

Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

Bordetella pertussis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T1SR96_BORPT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

Islet-activating protein S2

Bordetella pertussis

UniProt A0A0E8DFW5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0E8DFW5_BORPT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

Pertussis toxin subunit 3

Bordetella pertussis

UniProt P04979

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX3_BORPE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

Pertussis toxin subunit 4

Bordetella pertussis

UniProt P0A3R5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX4_BORPE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Pertussis toxin subunit 5

Bordetella pertussis

UniProt P04981

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX5_BORPE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e3l
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
结构标题 title	Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203
关键词 keywords	PTx, mAb, Whooping, TOXIN, TOXIN-Immune System complex; TOXIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9e3l__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9e3l__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9e3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.99 Å
Rg（电子密度）	40.91 Å
总 Rg	41.04 Å
原子数	11931
残基数	1548
排除体积	211590 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9e3l__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 1
分子量 formula_weight	30005.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11931

MRCTRAIRQTARTGWLTWLAILAVTAPVTSPAWADDPPATVYRYDSRPPEDVFQNGFTAWGNNDNVLEHLTGRSCQVGSSNSAFVSTSSSRRYTEVYLEHRMQEAVEAERAGRGTGHFIGYIYEVRADNNFYGAASSYFEYVDTYGDNAGRILAGALATYQSEYLAHRRIPPENIRRVTRVYHNGITGETTTTEYSNARYVSQQTRANPNPYTSRRSVASIVGTLVRMAPVVGACMARQAESSEAMAAWSERAGEAMVLVYYESIAYSF

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Islet-activating protein S2
分子量 formula_weight	24856.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPIDRKTLCHLLSVLPLALLGSHVARASTPGIVIPPQEQITQHGSPYGRCANKTRALTVAELRGSGDLQEYLRHVTRGWSIFALYDGTYLGGEYGGVIKDGTPGGAFDLKTTFCIMTTRNTGQPATDHYYSNVTATRLLSSTNSRLCAVFVRSGQPVIGACTSPYDGKYWSMYSRLRKMLYLIYVAGISVRVHVSKEEQYYDYEDATFETYALTGISICNPGSSLC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 3
分子量 formula_weight	25012.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLINNKKLLHHILPILVLALLGMRTAQAVAPGIVIPPKALFTQQGGAYGRCPNGTRALTVAELRGNAELQTYLRQITPGWSIYGLYDGTYLGQAYGGIIKDAPPGAGFIYRETFCITTIYKTGQPAADHYYSKVTATRLLASTNSRLCAVFVRDGQSVIGACASPYEGRYRDMYDALRRLLYMIYMSGLAVRVHVSKEEQYYDYEDATFQTYALTGISLCNPAASIC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 4
分子量 formula_weight	16566.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MLRRFPTRTTAPGQGGARRSRVRALAWLLASGAMTHLSPALADVPYVLVKTNMVVTSVAMKPYEVTPTRMLVCGIAAKLGAAASSPDAHVPFCFGKDLKRPGSSPMEVMLRAVFMQQRPLRMFLGPKQLTFEGKPALELIRMVECSGKQDCP

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 5
分子量 formula_weight	14513.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MQRQAGLPLKANPMHTIASILLSVLGIYSPADVAGLPTHLYKNFTVQELALKLKGKNQEFCLTAFMSGRSLVRACLSDAGHEHDTWFDTMLGFAISAYALKSRIALTVEDSPYPGTPGDLLELQICPLNGYCE

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PERT-203 HC
分子量 formula_weight	24581.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNDWWSWVRQSPGKGLEWIGESYHSGGTNYNPSLTSRVTISVDQSKNHFSLRLSSVTAADTAVYFCARRTIGNYDISTGYYTPAVFFDSWGQGILVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PERT-203 LC
分子量 formula_weight	24143.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNTYNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSHRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSLQTPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLRSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	PERT-169 HC
分子量 formula_weight	24570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

QVQLVQAGGEVKKPGTSVNVSCKASVYTFTNYYLHWVRQAPGQGLEWMGVMNPSGGKTIYAQKFQGRVTTTRDTSTSTVYMELRSLRSEDTAVYYCARGLYYGDSSGYFGAGEFDHWGQGTLVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	PERT-169 LC
分子量 formula_weight	22848.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

QAVVTQEPSLTVSPGGTVTLTCGSSTGAVTSGHYPFWLQQKPGQAPRTLIYDTSNKHSWTPARFSASLLGGKAALTLSGAQPEDEAEYYCLLSYSGARRVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	123270

Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Islet-activating protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pertussis toxin subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pertussis toxin subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pertussis toxin subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9e3l__assembly_1__model_1

9e3l__assembly_1__model_1 | I(q)

9e3l__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)