9e3l

Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

Bordetella pertussis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–269	未记录	Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9E3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6RO0 CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT. 提交 2019-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–269（269 aa）链 G 1–269（269 aa）	突变：R9K, E129G 突变：R9K, E129G	GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；278 K；Spontaneous crystallization in plastic bottles	分辨率 2.13 Å R-free 0.260
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9E3K Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T1SR96_BORPT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

Islet-activating protein S2

Bordetella pertussis

UniProt A0A0E8DFW5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–226	未记录	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9E3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6RO0 CRYSTAL STRUCTURE OF GENETICALLY DETOXIFIED PERTUSSIS TOXIN GDPT. 提交 2019-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–226（226 aa）链 H 1–226（226 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；278 K；Spontaneous crystallization in plastic bottles	分辨率 2.13 Å R-free 0.260
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9E3K Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 B 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	A0A0E8DFW5_BORPT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

Pertussis toxin subunit 3

Bordetella pertussis

UniProt P04979

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–227	未记录	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9E3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 29–227（199 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 29–227（199 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 32–227（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 32–227（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 32–227（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 I 32–227（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–227（227 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 1–227（227 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9E3K Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 C 1–227（227 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 29–227（199 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	TOX3_BORPE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–227； UniProt 1–227

Pertussis toxin subunit 4

Bordetella pertussis

UniProt P0A3R5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–152 链 E； UniProt 1–152	未记录	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 5 × 1 （P04981） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9E3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 43–152（110 aa）链 E 43–152（110 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 43–152（110 aa）链 K 43–152（110 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 43–152（110 aa）链 E 43–152（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 43–152（110 aa）链 K 43–152（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9E3K Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–152（152 aa）链 E 1–152（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 43–152（110 aa）链 E 43–152（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX4_BORPE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152 作者链 E； PDB构建体 1–152； UniProt 1–152

Pertussis toxin subunit 5

Bordetella pertussis

UniProt P04981

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–133	未记录	Pertussis toxin subunit 1 × 1 （T1SR96） Islet-activating protein S2 × 1 （A0A0E8DFW5） Pertussis toxin subunit 3 × 1 （P04979） Pertussis toxin subunit 4 × 2 （P0A3R5） PERT-203 HC × 1 PERT-203 LC × 1 PERT-169 HC × 2 PERT-169 LC × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9E3L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 35–133（99 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1BCP BINARY COMPLEX OF PERTUSSIS TOXIN AND ATP 提交 1995-11-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 35–133（99 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.70 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 36–133（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PRT THE CRYSTAL STRUCTURE OF PERTUSSIS TOXIN 提交 1993-11-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 36–133（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 36–133（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
1PTO THE STRUCTURE OF A PERTUSSIS TOXIN-SUGAR COMPLEX AS A MODEL FOR RECEPTOR BINDING 提交 1994-03-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 36–133（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.50 Å
9E3H Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-61 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–133（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9E3J Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-171 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 F 1–133（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9E3K Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199 提交 2024-10-23	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–133（133 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9MR7 Genetiocally detoxified pertussis toxin in complex with hu1B7 Fab and hu11E6 Fab 提交 2025-01-07	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 F 35–133（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOX5_BORPE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e3l
沉积日期 deposition_date	2024-10-23
结构标题 title	Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203
关键词 keywords	PTx, mAb, Whooping, TOXIN, TOXIN-Immune System complex; TOXIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.91 Å
零角强度 I(0) i0	440405000.00
分子量 molecular_weight	169670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211590 Å³
包络体积 envelope_volume	284400 Å³
水化壳体积 shell_volume	59977 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.14 Å
包络 Rg envelope_rg	40.82 Å
形状 Rg shape_rg	40.92 Å
总 Rg total_rg	41.04 Å
总原子数 total_atoms	11931
残基数 n_residues	1548
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	440400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8870
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.423
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	38370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.937

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 1
分子量 formula_weight	30005.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11931

MRCTRAIRQTARTGWLTWLAILAVTAPVTSPAWADDPPATVYRYDSRPPEDVFQNGFTAWGNNDNVLEHLTGRSCQVGSSNSAFVSTSSSRRYTEVYLEHRMQEAVEAERAGRGTGHFIGYIYEVRADNNFYGAASSYFEYVDTYGDNAGRILAGALATYQSEYLAHRRIPPENIRRVTRVYHNGITGETTTTEYSNARYVSQQTRANPNPYTSRRSVASIVGTLVRMAPVVGACMARQAESSEAMAAWSERAGEAMVLVYYESIAYSF

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Islet-activating protein S2
分子量 formula_weight	24856.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MPIDRKTLCHLLSVLPLALLGSHVARASTPGIVIPPQEQITQHGSPYGRCANKTRALTVAELRGSGDLQEYLRHVTRGWSIFALYDGTYLGGEYGGVIKDGTPGGAFDLKTTFCIMTTRNTGQPATDHYYSNVTATRLLSSTNSRLCAVFVRSGQPVIGACTSPYDGKYWSMYSRLRKMLYLIYVAGISVRVHVSKEEQYYDYEDATFETYALTGISICNPGSSLC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 3
分子量 formula_weight	25012.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MLINNKKLLHHILPILVLALLGMRTAQAVAPGIVIPPKALFTQQGGAYGRCPNGTRALTVAELRGNAELQTYLRQITPGWSIYGLYDGTYLGQAYGGIIKDAPPGAGFIYRETFCITTIYKTGQPAADHYYSKVTATRLLASTNSRLCAVFVRDGQSVIGACASPYEGRYRDMYDALRRLLYMIYMSGLAVRVHVSKEEQYYDYEDATFQTYALTGISLCNPAASIC

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 4
分子量 formula_weight	16566.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MLRRFPTRTTAPGQGGARRSRVRALAWLLASGAMTHLSPALADVPYVLVKTNMVVTSVAMKPYEVTPTRMLVCGIAAKLGAAASSPDAHVPFCFGKDLKRPGSSPMEVMLRAVFMQQRPLRMFLGPKQLTFEGKPALELIRMVECSGKQDCP

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pertussis toxin subunit 5
分子量 formula_weight	14513.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MQRQAGLPLKANPMHTIASILLSVLGIYSPADVAGLPTHLYKNFTVQELALKLKGKNQEFCLTAFMSGRSLVRACLSDAGHEHDTWFDTMLGFAISAYALKSRIALTVEDSPYPGTPGDLLELQICPLNGYCE

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	520
宿主生物 host_organism	Bordetella pertussis

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	PERT-203 HC
分子量 formula_weight	24581.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNDWWSWVRQSPGKGLEWIGESYHSGGTNYNPSLTSRVTISVDQSKNHFSLRLSSVTAADTAVYFCARRTIGNYDISTGYYTPAVFFDSWGQGILVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	PERT-203 LC
分子量 formula_weight	24143.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DIVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLLHSNTYNYLDWYLQKPGQSPQLLIYLGSHRASGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQSLQTPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLRSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	PERT-169 HC
分子量 formula_weight	24570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

QVQLVQAGGEVKKPGTSVNVSCKASVYTFTNYYLHWVRQAPGQGLEWMGVMNPSGGKTIYAQKFQGRVTTTRDTSTSTVYMELRSLRSEDTAVYYCARGLYYGDSSGYFGAGEFDHWGQGTLVIVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	PERT-169 LC
分子量 formula_weight	22848.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

QAVVTQEPSLTVSPGGTVTLTCGSSTGAVTSGHYPFWLQQKPGQAPRTLIYDTSNKHSWTPARFSASLLGGKAALTLSGAQPEDEAEYYCLLSYSGARRVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	123270

fit	/app/data/saxs_computation/e3/9e3l/9e3l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e3/9e3l/9e3l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e3/9e3l/9e3l.dat

Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-169 and PERT-203

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pertussis toxin subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Islet-activating protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pertussis toxin subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pertussis toxin subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pertussis toxin subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)