9e7k

Crystal structure of the UCH37 RPN13 DEUBAD complex bound to an inhibitory nanobody in the canonical ubiquitin binding site

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7k
沉积日期 deposition_date	2024-11-01
最后修订 last_revision	2025-09-03
结构标题 title	Crystal structure of the UCH37 RPN13 DEUBAD complex bound to an inhibitory nanobody in the canonical ubiquitin binding site
关键词 keywords	Ubiquitin C-terminal Hydrolase, nanobody inhibitor, UCH37, RPN13, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.18 Å
零角强度 I(0) i0	47129600.00
分子量 molecular_weight	52423.0 kDa
排除体积 excluded_volume	65329 Å³
包络体积 envelope_volume	82000 Å³
水化壳体积 shell_volume	27781 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.77 Å
包络 Rg envelope_rg	25.33 Å
形状 Rg shape_rg	25.17 Å
总 Rg total_rg	25.96 Å
总原子数 total_atoms	3686
残基数 n_residues	485
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	47130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8961
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.252
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.438
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8588000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.991

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 3 of Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L5
分子量 formula_weight	37523.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3769

MTGNAGEWCLMESDPGVFTELIKGFGCRGAQVEEIWSLEPENFEKLKPVHGLIFLFKWQPGEEPAGSVVQDSRLDTIFFAKQVINNACATQAIVSVLLNCTHQDVHLGETLSEFKEFSQSFDAAMKGLALSNSDVIRQVHNSFARQQMFEFDTKTSAKEEDAFHFVSYVPVNGRLYELDGLREGPIDLGACNQDDWISAVRPVIEKRIQKYSEGEIRFNLMAIVSDRKMIYEQKIAELQRQLAEEPMDTDQGNSMLSAIQSEVAKNQMLIEEEVQKLKRYKIENIRRKHNYLPFIMELLKTLAEHQQLIPLVEKAKEKQNAKKAQETK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Nb-cS1
分子量 formula_weight	14970.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMQVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGYISRPRTMGWYRQAPGKEREFVAIISNGAITNYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAAGRNIWHAYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Camelidae mixed library
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1579311
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Proteasomal ubiquitin receptor ADRM1
分子量 formula_weight	12953.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSMSILATMNVPAGPAGGQQVDLASVLTPEIMAPILANADVQERLLPYLPSGESLPQTADEIQNTLTSPQFQQALGMFSAALASGQLGPLMCQFGLPAEAVEAANKGDVEAFAKAMQNNAKPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	178.634 Å
晶胞边长 b length_b	190.732 Å
晶胞边长 c length_c	45.560 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	37.310 Å
R 因子 r_factor	0.2363
R_work r_work	0.2346
R_free r_free	0.2705

fit	/app/data/saxs_computation/e7/9e7k/9e7k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/9e7k/9e7k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/9e7k/9e7k.dat

Crystal structure of the UCH37 RPN13 DEUBAD complex bound to an inhibitory nanobody in the canonical ubiquitin binding site

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)