9e7l

Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 173.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e7l
沉积日期 deposition_date	2024-11-02
结构标题 title	Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7
关键词 keywords	Vacuolar ATPase, Vo proton channel, lipid nanodisc, nanobody, PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.96 Å
零角强度 I(0) i0	2217460000.00
分子量 molecular_weight	414870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	527730 Å³
包络体积 envelope_volume	754650 Å³
水化壳体积 shell_volume	118200 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.67 Å
包络 Rg envelope_rg	50.96 Å
形状 Rg shape_rg	51.98 Å
总 Rg total_rg	52.05 Å
总原子数 total_atoms	58708
残基数 n_residues	3839
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	173.6 Å
Rg (实空间) rg_real	52.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0150e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2218000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8709
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	172500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.794

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d
分子量 formula_weight	39822.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	58708

MEGVYFNIDNGFIEGVVRGYRNGLLSNNQYINLTQCDTLEDLKLQLSSTDYGNFLSSVSSESLTTSLIQEYASSKLYHEFNYIRDQSSGSTRKFMDYITYGYMIDNVALMITGTIHDRDKGEILQRCHPLGWFDTLPTLSVATDLESLYETVLVDTPLAPYFKNCFDTAEELDDMNIEIIRNKLYKAYLEDFYNFVTEEIPEPAKECMQTLLGFEADRRSINIALNSLQSSDIDPDLKSDLLPNIGKLYPLATFHLAQAQDFEGVRAALANVYEYRGFLETGNLEDHFYQLEMELCRDAFTQQFAISTVWAWMKSKEQEVRNITWIAECIAQNQRERINNYISVY

Entity 2 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c'' ;
分子量 formula_weight	22610.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MNKESKDDDMSLGKFSFSHFLYYLVLIVVIVYGLYKLFTGHGSDINFGKFLLRTSPYMWANLGIALCVGLSVVGAAWGIFITGSSMIGAGVRAPRITTKNLISIIFCEVVAIYGLIIAIVFSSKLTVATAENMYSKSNLYTGYSLFWAGITVGASNLICGIAVGITGATAAISDAADSALFVKILVIEIFGSILGLLGLIVGLLMAGKASEFQ

Entity 3 polymer

描述 description	;V-type proton ATPase subunit c' ;
分子量 formula_weight	17046.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSTQLASNIYAPLYAPFFGFAGCAAAMVLSCLGAAIGTAKSGIGIAGIGTFKPELIMKSLIPVVMSGILAIYGLVVAVLIAGNLSPTEDYTLFNGFMHLSCGLCVGFACLSSGYAIGMVGDVGVRKYMHQPRLFVGIVLILIFSEVLGLYGMIVALILNTRGSE

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody 2WVA7
分子量 formula_weight	14916.4 kDa
突变 mutation	N-terminal pelB leader sequence
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,W,V,U,T,S,R,Q

QVQLQESGGGLVEIGGSLRLSCAASGTLFTFNTMAWYRQAPGKQREFIATITSGGNTNYADSVQGRFTISRGNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCNARTMTGPFDYWGQGTQVTVSSAAAYPYDVPDYGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit c
分子量 formula_weight	16357.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J,K,L,E

MTELCPVYAPFFGAIGCASAIIFTSLGAAYGTAKSGVGICATCVLRPDLLFKNIVPVIMAGIIAIYGLVVSVLVCYSLGQKQALYTGFIQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGSSQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALLLNSRATQDVVC

Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit e
分子量 formula_weight	8387.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSSFYTVVGVFIVVSAMSVLFWIMAPKNNQAVWRSTVILTLAMMFLMWAITFLCQLHPLVAPRRSDLRPEFAE

Entity 7 polymer

描述 description	V0 assembly protein 1
分子量 formula_weight	29694.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MVFGQLYALFIFTLSCCISKTVQADSSKESSSFISFDKESNWDTISTISSTADVISSVDSAIAVFEFDNFSLLDNLMIDEEYPFFNRFFANDVSLTVHDDSPLNISQSLSPIMEQFTVDELPESASDLLYEYSLDDKSIVLFKFTSDAYDLKKLDEFIDSCLSFLEDKSGDNLTVVINSLGWAFEDEDGDDEYATEETLSHHDNNKGKEGDDDILSSIWTEGLLMCLIVSALLLFILIVALSWISNLDITYGALEKSTNPIKKNN

Entity 8 polymer

描述 description	Yeast V-ATPase subunit f
分子量 formula_weight	9369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MRPVVSTGKAWCCTVLSAFGVVILSVIAHLFNTNHESFVGSINDPEDGPAVAHTVYLAALVYLVFFVFCGFQVYLARRKPSIELR

Entity 9 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit a, vacuolar isoform
分子量 formula_weight	95625.5 kDa
突变 mutation	C-terminal calmodulin binding peptide
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MAEKEEAIFRSAEMALVQFYIPQEISRDSAYTLGQLGLVQFRDLNSKVRAFQRTFVNEIRRLDNVERQYRYFYSLLKKHDIKLYEGDTDKYLDGSGELYVPPSGSVIDDYVRNASYLEERLIQMEDATDQIEVQKNDLEQYRFILQSGDEFFLKGDNTDSTSYMDEDMIDANGENIAAAIGASVNYVTGVIARDKVATLEQILWRVLRGNLFFKTVEIEQPVYDVKTREYKHKNAFIVFSHGDLIIKRIRKIAESLDANLYDVDSSNEGRSQQLAKVNKNLSDLYTVLKTTSTTLESELYAIAKELDSWFQDVTREKAIFEILNKSNYDTNRKILIAEGWIPRDELATLQARLGEMIARLGIDVPSIIQVLDTNHTPPTFHRTNKFTAGFQSICDCYGIAQYREINAGLPTIVTFPFMFAIMFGDMGHGFLMTLAALSLVLNEKKINKMKRGEIFDMAFTGRYIILLMGVFSMYTGFLYNDIFSKTMTIFKSGWKWPDHWKKGESITATSVGTYPIGLDWAWHGTENALLFSNSYKMKLSILMGFIHMTYSYFFSLANHLYFNSMIDIIGNFIPGLLFMQGIFGYLSVCIVYKWAVDWVKDGKPAPGLLNMLINMFLSPGTIDDELYPHQAKVQVFLLLMALVCIPWLLLVKPLHFKFTHKKKSHEPLPSTEADASSEDLEAQQLISAMDADDAEEEEVGSGSHGEDFGDIMIHQVIHTIEFCLNCVSHTASYLRLWALSLAHAQLSSVLWTMTIQIAFGFRGFVGVFMTVALFAMWFALTCAVLVLMEGTSAMLHSLRLHWVESMSKFFVGEGLPYEPFAFEYKDMEVAVASASSSASS

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.33 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53956

fit	/app/data/saxs_computation/e7/9e7l/9e7l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e7/9e7l/9e7l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e7/9e7l/9e7l.dat

Yeast V-ATPase Vo proton channel bound to nanobody 2WVA7

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)