9e99

Cryo-EM reconstruction of Escherichia phage N4 capsid

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 225.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9e99
沉积日期 deposition_date	2024-11-07
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Cryo-EM reconstruction of Escherichia phage N4 capsid
关键词 keywords	Bacteriophage, capsid, Hoc-like decoration protein, Ig-like decoration protein, Schitoviridae, N4, enquatroviridae, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	73.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	73.61 Å
零角强度 I(0) i0	3235090000.00
分子量 molecular_weight	481740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	603490 Å³
包络体积 envelope_volume	964910 Å³
水化壳体积 shell_volume	114020 Å³
包络直径 envelope_diameter	302.2 Å
壳层 Rg shell_rg	64.51 Å
包络 Rg envelope_rg	73.96 Å
形状 Rg shape_rg	73.61 Å
总 Rg total_rg	73.44 Å
总原子数 total_atoms	65572
残基数 n_residues	4436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	225.1 Å
Rg (实空间) rg_real	72.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3222000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8388
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.441
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.435
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0300
最高正则化参数 α highest_alpha	232000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.039

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	44074.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I
原子数 atom_count	65572

MLNYNAPTDGQKSSIDGANSDQMQTFFWLKKAIITARKEQYFMPLASVTNMPKHYGKTIKVYEYVPLLDDRNINDQGIDASGATIVNGNLYGSSKDIGNITSKLPLLTENGGRVNRVGFTRIAREGSIHKFGFFYEFTQESIDFDSDDGLMEHLSRELMNGATQITEAVLQKDLLAAAGTVLYAGAATSDATITGEGSTPSVVSYKNLMRLDQILTENRTPTQTTIITGSRMIDTKVIGATRVMYVGSELVPELKAMKDLFGNKAFIETQHYADAGTIMNGEVGSIDKFRIIQVPEMLHWAGAGAQATGANPGYRTSMVSGQEHYDVYPMLVVGDDSFTSIGFQTDGKSLKFTVMTKMPGKETADRNDPYGETGFSSIKWYYGILVKRPERLALIKTVAPL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage N4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886925
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	32 kDa protein
分子量 formula_weight	29205.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

MPVLKVMFHKDTNVATVLDASGSLSDGSVEVGTFHHPDETYPDSVTIYHGVRDLLYKRSAKDPSQTASYPNNIINMQVISIDMKATPRLILGTALPRVISTIEGKDVTWHVDVAGGKAPLTYKWQFKANTVGAAFADIDSGENPTAKTATLINHAVTAESAGTYKVIVTDANGTTIESSSLLVVGVQEPPEVASIVAYPSPLALSVADDITDGKTVKFSSLPAGSLIGTLSIKTQPDSGKATAEISGNVLTVKPVAAGDTTVVVTNGTKEVTVTVNVTE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage N4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886925
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	157663

fit	/app/data/saxs_computation/e9/9e99/9e99.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e9/9e99/9e99.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e9/9e99/9e99.dat

Cryo-EM reconstruction of Escherichia phage N4 capsid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)