9ld7

The capsid of mature phage N4

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 265.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ld7
沉积日期 deposition_date	2025-01-05
结构标题 title	The capsid of mature phage N4
关键词 keywords	Complex, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.40 Å
零角强度 I(0) i0	3250030000.00
分子量 molecular_weight	483130.0 kDa
排除体积 excluded_volume	605210 Å³
包络体积 envelope_volume	1060200 Å³
水化壳体积 shell_volume	117660 Å³
包络直径 envelope_diameter	300.0 Å
壳层 Rg shell_rg	66.73 Å
包络 Rg envelope_rg	78.56 Å
形状 Rg shape_rg	78.40 Å
总 Rg total_rg	78.20 Å
总原子数 total_atoms	33969
残基数 n_residues	4443
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	265.4 Å
Rg (实空间) rg_real	81.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3236000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8758
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.458
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.5980
最高正则化参数 α highest_alpha	212800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 0.863; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.085

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Major capsid protein
分子量 formula_weight	44074.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H,B,J,C,D,I,F,K
原子数 atom_count	33969

MLNYNAPTDGQKSSIDGANSDQMQTFFWLKKAIITARKEQYFMPLASVTNMPKHYGKTIKVYEYVPLLDDRNINDQGIDASGATIVNGNLYGSSKDIGNITSKLPLLTENGGRVNRVGFTRIAREGSIHKFGFFYEFTQESIDFDSDDGLMEHLSRELMNGATQITEAVLQKDLLAAAGTVLYAGAATSDATITGEGSTPSVVSYKNLMRLDQILTENRTPTQTTIITGSRMIDTKVIGATRVMYVGSELVPELKAMKDLFGNKAFIETQHYADAGTIMNGEVGSIDKFRIIQVPEMLHWAGAGAQATGANPGYRTSMVSGQEHYDVYPMLVVGDDSFTSIGFQTDGKSLKFTVMTKMPGKETADRNDPYGETGFSSIKWYYGILVKRPERLALIKTVAPL

Entity 2 polymer

描述 description	32 kDa protein
分子量 formula_weight	29205.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,L

MPVLKVMFHKDTNVATVLDASGSLSDGSVEVGTFHHPDETYPDSVTIYHGVRDLLYKRSAKDPSQTASYPNNIINMQVISIDMKATPRLILGTALPRVISTIEGKDVTWHVDVAGGKAPLTYKWQFKANTVGAAFADIDSGENPTAKTATLINHAVTAESAGTYKVIVTDANGTTIESSSLLVVGVQEPPEVASIVAYPSPLALSVADDITDGKTVKFSSLPAGSLIGTLSIKTQPDSGKATAEISGNVLTVKPVAAGDTTVVVTNGTKEVTVTVNVTE

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18940

fit	/app/data/saxs_computation/ld/9ld7/9ld7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ld/9ld7/9ld7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ld/9ld7/9ld7.dat

The capsid of mature phage N4

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)