9ejw

MCMV immunoevasin m11 binding murine CD44

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ejw
沉积日期 deposition_date	2024-11-29
结构标题 title	MCMV immunoevasin m11 binding murine CD44
关键词 keywords	Immunoevasin, Complex, Cytomegalovirus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.82 Å
零角强度 I(0) i0	20819300.00
分子量 molecular_weight	33598.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41501 Å³
包络体积 envelope_volume	50722 Å³
水化壳体积 shell_volume	19855 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.74 Å
包络 Rg envelope_rg	21.99 Å
形状 Rg shape_rg	21.82 Å
总 Rg total_rg	22.57 Å
总原子数 total_atoms	2349
残基数 n_residues	286
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0820e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20820000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8922
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5779000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	CD44 antigen
分子量 formula_weight	17129.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2809

MNQIDLNVTCRYAGVFHVEKNGRYSISRTEAADLCQAFNSTLPTMDQMKLALSKGFETCRYGFIEGNVVIPRIHPNAICAANHTGVYILVTSNTSHYDTYCFNASAPPEEDCTSVTDLPNSFDGPVTITIVNRDGTRYSKKGEYRTHQEDIDAS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	M11 protein
分子量 formula_weight	16658.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

LEAARAPAPKTNNCTKFSYPGVSPGYCTERRDMKLITKFKNGTKVFSCPLLTDICVNARMSGVWCVNNSAIGSLFFTSTSHTPPMFHGFTPTHHRRLSGLWVDYQTGYLYVYPNATKKPEKEIYCTLTICITAITTRRPTSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Murid betaherpesvirus 1
通用名 common_name	Murine cytomegalovirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10366
宿主生物 host_organism	Baculoviridae

Entity 3 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	CYSTEINE
分子量 formula_weight	121.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	408

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	34.839 Å
晶胞边长 b length_b	105.768 Å
晶胞边长 c length_c	112.997 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	47.898 Å
R 因子 r_factor	0.1847
R_work r_work	0.1838
R_free r_free	0.2024

fit	/app/data/saxs_computation/ej/9ejw/9ejw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ej/9ejw/9ejw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ej/9ejw/9ejw.dat

MCMV immunoevasin m11 binding murine CD44

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)