9eo1

;Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 99.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9eo1
沉积日期 deposition_date	2024-03-14
结构标题 title	;Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate ;
关键词 keywords	DNA BINDING PROTEIN, FAN1; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.27 Å
零角强度 I(0) i0	152230000.00
分子量 molecular_weight	85744.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102110 Å³
包络体积 envelope_volume	138010 Å³
水化壳体积 shell_volume	38611 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.95 Å
包络 Rg envelope_rg	29.98 Å
形状 Rg shape_rg	30.22 Å
总 Rg total_rg	30.93 Å
总原子数 total_atoms	5957
残基数 n_residues	639
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6800
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	10410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.040; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fanconi-associated nuclease 1
分子量 formula_weight	72629.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.-,3.1.4.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5957

HPYYLRSFLVVLKTVLENEDDMLLFDEQEKGIVTKFYQLSATGQKLYVRLFQRKLSWIKMTKLEYEEIALDLTPVIEELTNAGFLQTESELQELSEVLELLSAPELKSLAKTFHLVNPNGQKQQLVDAFLKLAKQRSVCTWGKNKPGIGAVILKRAKALAGQSVRICKGPRAVFSRILLLFSLTDSMEDEDAACGGQGQLSTVLLVNLGRMEFPSYTINRKTHIFQDRDDLIRYAAATHMLSDISSAMANGNWEEAKELAQCAKRDWNRLKNHPSLRCHEDLPLFLRCFTVGWIYTRILSRFVEILQRLHMYEEAVRELESLLSQRIYCPDSRGRWWDRLALNLHQHLKRLEPTIKCITEGLADPEVRTGHRLSLYQRAVRLRESPSCKKFKHLFQQLPEMAVQDVKHVTITGRLCPQRGMCKSVFVMEAGEAADPTTVLCSVEELALAHYRRSGFDQGIHGEGSTFSTLYGLLLWDIIFMDGIPDVFRNACQAFPLDLCTDSFFTSRRPALEARLQLIHDAPEESLRAWVAATWHEQEGRVASLVSWDRFTSLQQAQDLVSCLGGPVLSGVCRHLAADFRHCRGGLPDLVVWNSQSRHFKLVEVKGPNDRLSHKQMIWLAELQKLGAEVEVCHVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (continuous)
分子量 formula_weight	9731.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCAGGTCTCGTCCGCGCCACTCGTGTCCAGCG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	DNA (pre-nick)
分子量 formula_weight	4320.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GACACGAGTGGCTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	DNA (post-nick)
分子量 formula_weight	5277.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TGCGGACGAGACCTGGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	379066

fit	/app/data/saxs_computation/eo/9eo1/9eo1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/9eo1/9eo1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/9eo1/9eo1.dat

;Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)