9etj

Mouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.2 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9etj
沉积日期 deposition_date	2024-03-26
最后修订 last_revision	2024-12-11
结构标题 title	Mouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E
关键词 keywords	CNPase, myelin, nanobody, single-domain antibody, complex, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.95 Å
零角强度 I(0) i0	327787000.00
分子量 molecular_weight	148770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186920 Å³
包络体积 envelope_volume	255690 Å³
水化壳体积 shell_volume	56726 Å³
包络直径 envelope_diameter	116.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.29 Å
包络 Rg envelope_rg	35.78 Å
形状 Rg shape_rg	36.93 Å
总 Rg total_rg	37.52 Å
总原子数 total_atoms	20778
残基数 n_residues	1340
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	327800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9063
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.582
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22320000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.953

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	;2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase ;
分子量 formula_weight	24236.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,E,G
原子数 atom_count	20778

GLEKDFLPLYFGWFLTKKSSETLRKAGQVFLEELGNHKAFKKELRHFISGDEPKEKLELVSYFGKRPPGVLHCTTKFCDYGKAAGAEEYAQQEVVKRSYGKAFKLSISALFVTPKTAGAQVVLTDQELQLWPSDLDKPSASEGLPPGSRAHVTLGCAADVQPVQTGLDLLDILQQVKGGSQGEAVGELPRGKLYSLGKGRWMLSLTKKMEVKAIFTGYYG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Chains: C,D,F,H
分子量 formula_weight	14361.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,F,H

EVQLEESGGGLVQPGGSLRLSCAVSGITLDDFGIGWFRQAPGKEREGVACISPGYEHIYYADSAKGRFTISRDNAKNTVYLQMNNLKPWDTGVYYCAADNDLPDRLWGGSDWSDPSPYDYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.730 Å
晶胞边长 b length_b	118.250 Å
晶胞边长 c length_c	122.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	47.950 Å
R 因子 r_factor	0.2542
R_work r_work	0.2521
R_free r_free	0.3044

fit	/app/data/saxs_computation/et/9etj/9etj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/et/9etj/9etj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/et/9etj/9etj.dat

Mouse CNPase catalytic domain with nanobody 10E

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)